1960年3月1日，营团地下铁标志确定。

1961年3月28日，营团地下铁日比谷线首段（南千住站至仲御徒町站）开通，成为东京第4条开通运营的地铁线路。

1962年3月23日，营团地下铁荻洼线全线开通，成为东京第5条开通运营的地铁线路。

1964年12月23日，营团地下铁东西线首段（高田马场站至九段下站）开通，成为东京第6条开通运营的地铁线路。

1969年3月29日，东西线全线通车，成为日本第一条跨县运营的地铁，也是第一条实行大站快车运营方式的营团地下铁线路；12月20日，营团地下铁千代田线首段（北千住站至大手町站）开通，是东京第7条开通运营的地铁线路。

1972年4月1日，营团地下铁荻洼线并入营团地下铁丸之内线。

1974年10月30日，营团地下铁有乐町线首段（池袋站至银座一丁目站）开通，是东京第9条开通的地铁线路。

1978年8月1日，营团地下铁半藏门线首段（涩谷站至青山一丁目站）开通，是东京第10条开通运营的地铁线路。

1986年7月12日，营团地下铁博物馆建成开放。

1988年1月1日，营团地下铁车站及列车内开始全面禁烟。

1991年11月29日，营团地下铁南北线首段（赤羽岩渊站至驹込站）开通，是东京第12条开通运营的地铁线。

1995年，奥姆真理教发动恐怖袭击（沙林毒气事件），营团地下铁丸之内线、日比谷线、千代田线及三条线路所在的换乘车站霞关站遭受攻击；事件造成12人死亡，5510人受伤，并使上述线路于当日停运。

2000年10月14日，营团地下铁开通IC卡进站乘车业务。

2004年，帝都高速度交通营团实施企业化改革，改组为东京地下铁株式会社（Tokyo Metro），东京地下铁株式会社承运了所有原帝都高速度交通营团所运营的东京地下铁线路。

2008年，东京地下铁副都心线开通，成为东京地下铁株式会社成立后承运的首条新开通的路线，也是东京第14条开通运营的地铁线路。

2020年，东京地下铁日比谷线虎之门之丘站开通运营。

2023年11月26日，面向中国旅客，日本东京地铁已支持微信购票服务。

2019年，东京地下铁年乘客量达到27.6亿人次，日均客流量为755万人次。

以下为2019年东京地下铁各车站日均客运量排名。

2019年，东京地下铁共有2716节列车参与运营，以下为各线路运营车型及编组。

东京地下铁所有线路均采用CS-ATC系统运营，设有一座总指挥中心，统一管理车辆、车站等设施。

东京地下铁每座车站的入口处都有车站圆形标识、线路名称、车站名称、以及东京地下铁的符号。车站圆形标识由英文字母、阿拉伯数字和带有颜色的外圈构成；其中，英文字母代表所在线路，阿拉伯数字代表所在线路中该车站的编号，有颜色的外圈表示地铁线路的颜色。东京地下铁的符号表明了该车站的运营机构。搭乘东京地下铁前，乘客需记住地铁站名、站点号码和线路代表色（圆形外圈颜色），以便乘车。

东京地下铁每条线路都由不同的颜色及英文字母代表，其代表字母通常为线路英文名称的首字母。例如，银座线（Ginza Line）的代表颜色为橙色，代表字母为G。

进入东京地下铁车站后，乘客可依据上方的导示系统进行乘车。导示系统由图示、箭头、及文字（日文、英文）组成。黄色的指示牌表示出口的方向，蓝色的导示标志用作换乘方向的指引。乘客需按照箭头所指方向进行乘车。

每座东京地下铁车站都有触控式自动售票机，乘客需到自动售票机处购买普通车票、回数券、1日通票、PASMO卡等车票，也可以为PASMO及Suica等IC卡充值。在自动售票机中，除购买月票外，其余车票均不可使用银行卡购买。乘客也可在部分车站的定期票售票处及车站事务所购买部分通票及回数券。具体车票种类、车票价格、购票方法见下文。

乘客需选择带有绿色箭头的自动检票机，将车票插入该机口后，请于前方取回车票入站。

乘客使用PASMO卡进站时，需将卡片轻触蓝色感应区，面板上即会显示“IC”标志。如果读卡正常时则会发出“哔”的声音。

乘客需依照标识上的路线和方向指示寻找乘车站台。标识会显示方向和编号及车站名称以及主要停留站名。请务必确认月台号码并在正确的月台上候车。

在部分车站内，不同线路的列车可能会停靠在同一站台，乘客需注意列车前部的显示屏，显示屏上标有该列车的终点站。

乘车时旅客可以在车门上方查看列车所在位置及剩余站数等信息。

如因坐过站或是别的原因而导致票价不足，需在自动补票机处补票。补票机设置于自动检票口附近。将车票插入补票机后，会显示出不足金额。补票后，拿取新车票，将它插入检票口后便可通过。

下车后，乘客可在地铁信息看板查询出口编号及最近的车站出口，以便出站。

出了检票口后，可在检票口附近的黄色看板上阅读车站周边资讯及最近的车站出口。所有看板皆含有日文及英文两种语言标示。

在东京地下铁线路间换乘时，有时需要出检票口换乘，旅客需从橘黄色的换乘专用检票机通过，并于30分钟内完成转车，否则需要购买新的车票。若使用PASMO卡转车超过30分钟进站时，将会被自动扣除新的车费。如果没有使用橘黄色检票机，车票将被普通检票机收去，此时需联系车站工作人员。以下为需要出检票口换乘的车站：

站内转乘：上野站、三越前站、大手町站、池袋站、饭田桥站、九段下站

站外转乘：日比谷站<=>有乐町站、淡路町站<=>新御茶之水站、上野广小路站<=>仲御徒町站、涩谷站

其他换乘站点的信息将在下文具体介绍。

使用普通车票时，出站检票后将不退还车票（如果需要出站换乘，切勿通过普通检票口，需通过橘黄色换乘专用检票口；如果换乘时通过了普通检票口，普通车票将不会被退还，此时需立即联系车站工作人员取出车票）。一日通票会在检票后退回，乘客需取出车票。

以下为东京地下铁车站内其他标识。

1. 普通车票：使用该类车票可乘坐东京地下铁或都营地下铁线路一次，出站即作废（需出站换乘时不算）。该类车票在所有东京地下铁车站的自动售票机中均有售卖，共分为170日元、200日元、250日元、290日元和320日元五种面值类型，乘客需根据所乘坐地铁的距离选择不同面值的车票。普通车票的价格只在东京地下铁的车站中有效，由都营地下铁管理的车站中出站时，需到人工窗口补齐差价。

2. 回数券：使用该类车票可在规定时间内乘坐东京地下铁或都营地下铁线路一定次数（已车票类型为准）。该类车票在所有东京地下铁车站的自动售票机和部分月票售票处中售卖，共分为普通回数券、回避高峰时段回数券、周末节假日优惠回数券三种。使用普通回数券可在三个月内乘坐东京地下铁线路11次，使用回避高峰时段回数券可在三个月内的工作日平峰时段（100:00～16:00）、星期六、日、节假日及每年12月30日、31日、1月2日、3日乘坐东京地下铁线路12次，使用周末节假日优惠回数券可在三个月内的每周六、日、节假日及12月30日、31日、1月2日、3日乘坐东京地下铁线路14次。回数券的价格只在东京地下铁的车站中有效，由都营地下铁管理的车站中出站时，需到人工窗口补齐差价。

3. 东京地下铁24小时车票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地下铁线路）无限次。该类车票分为预售票和当日票，预售票在大部分东京地下铁定期票售票处中售卖，当日票在所有东京地下铁车站自动售票机中售卖。预售票在6个月内可以使用，自第一次使用时开始计时24小时使用期限。

4. 东京地下铁24小时车票学生票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地下铁线路）无限次。只有以户外学习等教育旅行（游学）为目的的学生才可使用该类车票。游学团队需向旅行社的教育旅行分店申请该车票。

5. 东京地下铁PASMO一日通票：使用该类车票可在一个月内自行指定一日乘坐所有东京地下铁线路（不包括都营地下铁线路）无限次。该车票在大部分东京地下铁的粉色售票机和月票售票处中售卖。

6. 东京地下铁、都营地下铁一日通票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁和都营地下铁线路无限次。该类车票分为预售票和当日票，预售票在大部分东京地下铁定期票售票处和都营地下铁车站事务所中售卖，当日票在所有东京地下铁、都营地下铁车站的自动售票机中售卖。预售票在6个月内可以使用，自第一次使用时开始计时24小时使用期限。

7. 东京地下铁、都营地下铁PASMO一日通票：使用该类车票可在一个月内自行指定一日乘坐所有东京地下铁和都营地下铁线路无限次。该车票在大部分东京地下铁的粉色售票机和月票售票处中售卖。

8. 东京环游通票：使用该类车票可在24小时内乘坐所有东京地下铁、都营地下铁、都营电车、都营巴士（有人数限制的巴士等除外）、日暮里－舍人线全区间以及JR线东京都内区间线路无限次。该类车票在东京地下铁、都营地下铁各车站的自动售票机中售卖，自购买起开始计时。

9. PASMO（IC卡）：PASMO是东京地下铁检票口读卡器可识别的IC卡，可用于所有东京地下铁线路（包括东京地下铁和都营地下铁）、所有东京私铁线路、所有东京公交线路、以及东京首都圈内的所有JR（铁路）线路。PASMO卡也可用作消费。该卡可在所有东京地下铁车站的售票机、车站办公室、月票售票处购买和充值。

10. 东京地下铁通票（Tokyo Subway Ticket）：使用该类车票可在一定时间内乘坐所有东京地下铁和都营地下铁线路无限次。该类车票共分为24小时通票、48小时通票、72小时通票三种，仅限旅日外籍游客使用，可在东京成田国际机场、东京国际机场（羽田机场）、部分地铁站、部分景点的旅客服务中心、部分酒店内购买，购买时需出示护照以证明外籍身份。

购票前，乘客需首先在东京地下铁车站内找到自动售票机。以下为购买东京地下铁普通车票的方法。

方法一

1. 乘客通过车站自动售票机旁价目表查询行程所需价格。（注意：如果目的地车站为都营地下铁车站，此价格不准确，需在换乘时到人工窗口补齐差价）

2. 点击自动售票机画面右上方的”English”按钮，将介面语言切换成英文。

2. 点击“Ticket”按钮，购买普通车票。

3. 选择步骤一查询到的相应行程价格。

4. 向自动售票机内投入硬币或纸币。

5. 取走车票及找零。

方法二

1. 乘客无需查看价目表，在完成切换语言并点击Ticket按钮后，点击“Search by station name”按钮。

2. 输入目的地车站英文名称。

3. 选择正确的目的地车站名称。

4. 在自动售票机中塞入硬币或纸币。

5. 取走车票及找零。

方法三

1. 乘客无需查看价目表，在完成切换语言并点击Ticket按钮后，点击“Search by station number”按钮。

2. 选择目的地车站所在的线路名称。

3. 选择目的地车站名称。

5. 在自动售票机中塞入相应硬币或纸币。

6. 取走车票及找零。

其他

除普通车票外，乘客可仍然使用自动售票机购买回数券、1日通票、PASMO卡等车票，也可以为PASMO及Suica等IC卡充值。

截至2020年9月，东京地下铁共有换乘车站24座；其中，四线换乘车站2座，三线换乘车站6座，二线换乘车站16座。

东京地下铁的标志由左侧的图案与右侧的日语文字组成。其左侧的图案形如心脏，并配有天蓝色的背景，寓意东京地下铁会真诚、热情、诚心诚意地为乘客服务；右侧的日语文字意为“东京地下铁”，配有深蓝色背景，简单明了地说明了该标志所代表的事物，其“东京”二字使用日语汉字书写，更加突出了东京地下铁与日本东京密不可分的关系。