2001年4月，经中华人民共和国教育部批复西南农业大学、四川畜牧兽医学院和中国农业科学院柑桔研究所合并组建新西南农业大学。

2005年7月，随原西南农业大学进入与原西南农业大学和西南师范大学合并组建的西南大学，实行西南大学与中国农科院共建，保留“中国农业科学院柑桔研究所”名称，亦称西南大学柑桔研究所。

2013年12月31日，西南大学柑桔研究所体制机制改革方案宣布实施。

2022年1月，西南大学柑桔研究所获批建设国家数字种植业（柑橘）创新分中心。

截至2022年10月，西南大学柑桔研究所拥有在职职工165人。其中科技人员87人，行政管理人员33人，技术工人45人。包括教育部创新团队1个；重庆英才计划-创新创业示范团队2个；科研人员中，具有高级专业技术职务的60人，有博士学位的50人（含7名归国博士），其中包括国家级领军人才2人；农业部突出贡献青年专家1人，国家现代农业产业技术体系岗位科学家7人，教育部新世纪优秀人才1人；中国农科院二、三级学科岗位杰出人才11人，重庆市市级人才14人。

国家级青年人才获得者：曹孟籍

重庆市杰出青年科学基金获得者：曹孟籍

重庆高校“十五”十佳科技创新人才：周常勇

截至2022年10月，西南大学柑桔研究所下设9个研究中心，拥有国家级研究中心6个，部级研究中心3个，农业部重点实验室2个，中国农业科学院重点实验室1个，重庆市重点实验室2个，重庆市研究中心2个以及其它机构2个。

国家级研究中心：国家柑桔工程技术研究中心、国家柑桔品种改良中心、国家柑桔苗木脱毒中心、国家果树种质重庆柑桔圃、国家柑桔加工技术研发分中心、国家柑桔野外观测台站

农业部、教育部研究中心：农业部柑桔及苗木质量监督检验测试中心、农业部数字种植业（柑桔）分中心、柑桔教育部工程研究中心

农业部重点实验室：农业部柑桔病虫害防控功能研究室、农业部柑桔栽培与耕作功能研究室

中国农业科学院重点实验室：中国农业科学院柑桔学重点开放实验室

重庆市重点实验室：柑桔学重庆市市级重点实验室、重庆市植物病害生物学重点实验室

重庆市研究中心：重庆市柑桔危险性有害生物检测鉴定中心、重庆市柑桔工程技术研究中心

其它机构：“芸香谷”星创天地、重庆市柑桔产业技术联盟

所属研究中心：资源与育种中心、品种改良中心、栽培与生理中心、栽培与智能化中心、脱毒中心、病虫害绿色防控中心、加工与品控物流中心、柑桔及苗木质检中心、南方果树信息资源研究室

截至2021年2月，西南大学柑桔研究所拥有等离子发射光谱质谱仪、紫外分光光度计、原子吸收分光光度计、离子色谱、氨基酸分析仪、液相色谱、气相色谱质谱联用仪和色差仪等仪器设备。

截至2022年12月，西南大学柑桔研究所利用西南大学图书馆的资源，拥有纸质文献473.13万册。电子图书443万册、电子期刊175万册、音视频36万小时、学位论文1098万篇。

从1988年以来，西南大学柑桔研究所先后与100多个单位签订科技咨询、技术服务、技术合作协议和技术转让合同130余份，还与澳门恒河集团、汇源集团、三峡建设集团、赣南果业集团、湖南熙可公司和可口可乐（中国）公司等果业龙头企业进行技术合作，为企业提供技术咨询、人员培训、项目可行性研究、项目初步设计和果园规划等技术服务。

2022年8月4日，奉节县与西南大学柑桔研究所正式签约合作。

2023年5月23日，信丰县人民政府与西南大学柑桔研究所签署战略合作框架协议。

2023年12月7日，乐山市科学技术局与西南大学柑桔研究所正式签订科技合作框架协议。

在品种资源收集评价和利用工作方面，通过全国柑桔栽培品种和野生资源调查收集，建立起“国家果树种质重庆柑桔圃”，已经保存柑桔类种质资源1268份，涵盖柑桔亚科植物中10属25种14变种；此外，在“国家柑桔苗木脱毒中心”的无病毒良种库已保存396个优新品种原种材料。初步建成了柑桔种质收集、保存、鉴定和评价利用的研究体系，在柑桔分类、系统演化、分子进化、种质创新及其理论基础以及基因发掘利用等方面进行深入研究。

在柑桔育种工作方面，主要致力于引种、选种、杂交育种、辐照育种、基因工程育种和航天育种，培育具有自主知识产权的柑桔（含砧木）优新品种；开展柑桔遗传育种领域的基础和应用基础研究，探索柑桔重要性状遗传规律，创新育种技术；开发和利用分子标记、转基因产品及其检测技术。

在柑桔栽培与生理研究方面，系统开展柑桔大小年结果、花芽分化机理及其调控、保花保果、营养诊断、缺素症矫治与精准施肥、菌根调查与筛选、水肥一体化灌溉施肥、水分生理与节水灌溉、产地环境与生态修复、果园水土保持、果品质量控制、精准管理、远程决策、良好农业规范（GAP）管理模式、果园规划设计、留树贮藏等领域的研究或技术开发。

在柑桔病虫害防治研究方面，着重研究病毒病和类似病毒病害、真菌病害及线虫病，调查鉴定在中国国内发生分布情况，筛选柑桔抗病品种，开展柑桔病害分子检测与分子病理学、无病毒良种苗木繁育体系技术、非疫区建设关键技术、危险性有害生物预警与控制等研究。在柑桔虫害方面，着重研究螨、蚧类害虫的生物学特性、发生规律及综合防治技术。开展柑桔虫害与分子昆虫学、天敌资源与开发利用、生物源农药研发和新农药筛选等研究。保存182种柑桔害虫标本，22种病害标本，62种害虫天敌标本。

在贮藏加工研究方面，系统开展柑桔果实采后生理、采前处理及采后商品化处理、贮藏期包装方法、防腐保鲜剂筛选、产地高效节能贮藏、通风贮藏、制冷贮藏、湿冷贮藏、柑桔适宜加工品种筛选、加工新产品和新工艺、加工副产物资源化综合利用、加工技术与装备等研究。

在柑桔质量安全与标准研究方面，主要开展柑桔全程质量安全控制技术、质量安全检测技术、质量安全标准、溯源检测技术、新型分离介质及其在农药检测中的应用等研究，有关国家标准、行业标准的制（修）订以及柑桔苗木、鲜果及加工品质量等监督检验工作。

在宏观发展与信息研究方面，开展全国柑桔生产区划、良种区划和生态区划研究，国家和区域柑桔发展规划编制，产业信息资源研究，专业信息数据库及其检索系统研究开发，专业期刊编辑出版，研究所门户网站建设，智能化专家决策支持系统研究与建立，多维柑桔数据模型与虚拟技术研究，柑桔信息监测与速报系统研究与建立，柑桔现代教育和远程培训系统研究与建立等。

截至2021年6月，西南大学柑桔研究所先后获得各项研究成果150余项（其中国家级奖励成果10项，部省级奖励成果51项），专利10项（“十五”以来，获得科研成果12项，申请专利6项，新品种审定5个，制（修）订国家和行业标准15项）；编著和参加编著科技著作100余部，发表论文1800余篇（“十五期间，发表论文341篇，出版专著14部）。

截至2022年10月，西南大学柑桔研究所获各项研究成果219余项（其中国家级奖励成果11项，部省级奖励成果76项，院/市级奖项33项）；出版著作120余部，发表论文2830余篇；审定及授权品种35项；获得授权专利160余项，软件著作权30余项。

《中国南方果树》由中华人民共和国农业农村部主管，中国农业科学院柑桔研究所主办。该刊是在柑桔研究所1972年创办的内部刊物《柑桔科技通讯》。1979年5月经中华人民共和国国家科学技术委员会批准公开发行，刊名为《中国柑桔》；1996年1月经中华人民共和国国家科学技术委员会批准，更名为《中国南方果树》。是全国中文核心期刊；中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）；农林领域高质量科技期刊T3类期刊；科技期刊世界影响力指数收录期刊；中国农林核心期刊；中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊。

《中国果业信息》由中华人民共和国农业农村部主管，中国农业科学院柑桔研究所主办。该刊是在柑桔研究所1985年创办的内部刊物《柑桔科技文摘》的基础上发展而形成的。1994年1月经中华人民共和国国家科学技术委员会批准公开发行，刊名为《柑桔科技与市场信息》；1999年更名为《柑桔与亚热带果树信息》；2005年7月更名为《中国果业信息》。《中国核心期刊（遴选）数据库》收录期刊；《中国期刊全文数据库》全文收录期刊；《中国学术期刊综合评价数据库》统计源期刊；《中文科技期刊数据库》收录期刊。中邮阅读网、博看网、长江文库、钛学术平台全文收录期刊。主要栏目有“视点”“记者调查”“果业万里行”“产业论坛”“产销纵横”“统计分析”“资讯·国际动态”“资讯·国内动态”“科技动态·试验” “科技动态·技术” “科技动态·品种”等。

截至2021年6月，西南大学柑桔研究所拥有一级学科博士学位授权点3个、一级学科硕士学位授权点9个、二级学科博士学位授权点3个、二级学科硕士学位授权点9个。

一级学科博士学位授权点：植物病理学、果树学和农产品加工、贮藏工程

一级学科硕士学位授权点：植物病理学、作物遗传育种学、作物种质资源学、果树学、农产品加工与贮藏工程、土壤学、微生物学、植物学、细胞生物学

二级学科博士学位授权点：植物病理学、果树学和农产品加工、贮藏工程

二级学科硕士学位授权点：植物病理学、作物遗传育种学、作物种质资源学、果树学、农产品加工与贮藏工程、土壤学、微生物学、植物学、细胞生物学

截至2021年6月，西南大学柑桔研究所拥有博士生导师5人，硕士生导师26人，招收研究生228人，其中硕士202人，博士26人，博士后6人。

西南大学柑桔研究所的所徽为“天圆地方”，反映中柑所人“壹志嘉树”，以推进柑桔科技进步、产业发展为立所根本之严谨风格和博大胸怀；核心的圆形简洁勾画出“柑桔”、形象反映出中柑所专注柑桔科研的行业特征；而围绕主体的弧线代表了科技，象征着中柑所人“修远求索”的治学态度，求真务实的科研精神；星形元素立意中柑所人志在建立一个“方圆”宇宙之间柑桔科研领域的一颗的明星，闪闪发光，惠泽全人类。

立所精神：壹志嘉树，修远求索

释义：“壹志嘉树，修远求索”，分别选自中国历史上第一位伟大的爱国诗人屈原《橘颂》和《离骚》中的名句。这八个字是五十年来柑桔所人传承积淀下来的优良传统、精神风貌及办所理念的高度浓缩和凝炼提升，并与中国数千年博大精深的文化底蕴和人文精神相互交融辉映，寓意深远。

2019年12月23日，西南大学柑桔研究所研究生志愿服务队赴状元小学开展了以“传播科普文化、弘扬科技精神”为主题的科普进校园活动。