1954年，试验组改名为试验室。

1955年夏，正式挂牌为水力发电建设总局科学试验所。

1956年国家设立电力部工业部，在水力发电建设总局科学试验所的基础上成立了电力工业部水电科学研究院。

1957年下半年，电力部水电科学研究院的人员从东郊定福庄迁到木樨地新址办公。

1957年12月，中国科学院、水利部、电力工业部、交通部达成协议，正式决定中国科学院水工研究室与水利部北京水利科学研究院合并为中国科学院水利部水利科学研究院，由中国科学院与水利部共同领导，并与清华大学合作。

1958年，国家部委机构进行调整，水利部与电力工业部合并成立水利电力部。

1958年6月，电力工业部水电科学研究院与中国科学院、水利部水利科学研究院正式合并，于1959年6月更名为中国科学院、水利电力部水利水电科学研究院。

1972年，前水科院和电科院少数人在实验工厂下合为科研连。

1973年，水电部建水利电力研究所，下设水利研究室。

1976年，水利研究室改成水利调度研究所。

1978年4月，水利水电科学研究院恢复重建，先属中国科学院和水利电力部双重领导，后改属中国科学院、水利部和电力工业部三重领导。

1994年9月，水利水电科学研究院更名为中国水利水电科学研究院。

截至2015年底，全院在职职工1438人，拥有中国科学院院士1人、中国工程院院士5人，具有正高级专业技术职务256人、副高级专业技术职务445人。

中国科学院院士（专职）：陈祖煜

中国工程院院士（专职）：陈厚群、陈志恺、韩其为、王浩、朱伯芳

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院设有5个院属企业、41个挂靠单位（其中国内专业委员会24个、期刊杂志编辑部11个）、13个非营利科研机构、1个国家重点实验室、2个水利部重点实验室、4个国家级研究中心、7个水利部研究中心/应用中心/收藏馆。

院属企业：北京中水科工程总公司、北京爱德服务总公司、北京中水科水电科技开发有限公司、北京中水科海利工程技术有限公司、天津水利电力机电研究所、北京中水润科认证有限责任公司

挂靠单位：国际泥沙研究培训中心、中国大坝工程学会秘书处、中国灌溉排水国家委员会秘书处、世界泥沙研究学会秘书处、中国水利工程研究协会秘书处、全球水伙伴中国委员会秘书处

非营利科研机构：水资源研究所、防洪抗旱减灾研究所、水环境研究所、水利研究所、工程抗震研究中心、岩土工程研究所、结构材料研究所、泥沙研究所、水力学研究所、遥感技术应用开发中心、牧区水利科学研究所（京外）、水利史研究所、水电可持续发展研究中心

国家重点实验室：流域水循环模拟与调控国家重点实验室

水利部重点实验室：水利部水沙科学与江河治理重点实验室、水利部水工程建设与安全重点实验室

国家级研究中心：国家能源水能高效利用与大坝安全技术研发中心、国家节水灌溉北京工程技术研究中心、国家农业灌排设备质量监督检验中心、国家水电可持续发展研究中心

水利部研究中心/应用中心/收藏馆：水利部防洪抗旱减灾工程技术中心、水利部水资源与水生态工程技术研究中心、水利部水土保持生态工程技术研究中心、水利部草地水土保持生态研究中心、水利部水环境监测评价研究中心、水利部遥感技术应用中心、水利部江河水利志收藏馆

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院大型高速水流减压箱、大型三向六自由度模拟地震振动台、离心模拟试验机、水力机械模型通用试验台、水质色谱-质谱联机仪等仪器设备，以及一大批自主开发的水利水电计算机软件和大型高性能的并行计算平台。

截至2009年12月，图书馆收集图书期刊15万余册，其中外文期刊占50%，缩微和视听资料7万余种，与中国以外约100个单位建立了图书期刊交流关系，技术资料室收集科技资料7万余种，与中国内地300多个单位建立了交换关系；收集技术档案3000余项，共6000余件。

截至2011年，中国水利水电科学研究院数字图书馆可提供千余册电子图书，包括《人民日报》在内的10种电子报纸的在线阅读，可提供150多种优秀科普期刊的在线阅读，可提供总计831种优秀文学期刊的在线阅读，可提供10349部国内外精品视频的在线播放和下载等多项功能。

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院主持承担了一大批国家级重大科技攻关项目和省部级重点科研项目，承担了国内几乎所有重大水利水电工程关键技术问题的研究任务，还在国内外开展了一系列的工程技术咨询、评估和技术服务等科研工作。截至2015年底，全院共获得国家科技进步奖95项、省部级奖励574项，主编或参编国家和行业标准376项。

《中国水利水电科学研究院学报》为水利部主管、中国水利水电科学研究院主办的综合性学术刊物，于2003年6月创刊，为双月刊。主要刊登水利水电宏观决策研究、应用基础研究及工程应用方面的科技论文、专题综述和工程技术总结等。被北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（2014年版）收录，曾被评为Caj-cd规范获奖期刊。

《水电站机电技术》创办于1978年6月的《水电机电安装技术》，1985年起网刊更名为《水电站机电技术》。该刊为双月刊，由中华人民共和国水利部主管，中国水利水电科学研究院、中国水力发电工程学会、全国水利水电机电技术信息网主办，中国水力发电工程学会控制设备专委会、中国水力发电工程学会水力机械专委会、中国电机工程学会水电设备专委会、中国水力发电工程学会计算机应用专委会协办。为国家图书馆、各省市图书馆、科技信息所馆藏资料；被万方数据、维普资讯、中国学术期刊网络出版总库、CNKI系列数据库、中文科技资料目录（《水利水电》和《电工文摘》）等收录。

20世纪50年代起，研究院就开始研究生的培养，是国务院学位办首批授予的“水利工程”一级学科培养单位。

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院设有2个一级学科博士后流动站、8个二级学科博士和硕士学位授予专业。

博士后流动站：水利工程、土木工程

二级学科博士、硕士点：岩土工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、水工结构工程、水利水电工程、水环境学、水信息学、水灾害与水安全

截至2015年底，中国水利水电科学研究院共有研究生导师217人，其中博士生导师83人，硕士生导师134人。在读研究生251人，其中博士生149人、硕士生102人；“西部之光”访问学者等6人。

学术型、全日制博士研究生，学制3年。学术型、全日制硕士研究生，学制2.5年。研究生可申请国家奖学金、潘家铮水电奖学金、张光斗优秀学生奖学金等奖励。

2016年11月，研究生部对研究生发表的科学引文索引（SCI）检索11篇、工程索引（EI）检索8篇、会议论文引文（CPCI）检索2篇、中文核心检索7篇论文奖励共257740元。

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院具有工程咨询甲级（水利工程、水电）、乙级（新能源、生态建设和环境工程）资格证书、水文与水资源调查评价甲级资质证书、建设项目环境影响评价甲级资质证书、建设项目水资源论证甲级资质证书、水土保持监测甲级资格证书、水土保持方案编制甲级资格证书、水利工程质量检测甲级资质（岩土类、混凝土工程类、量测类）、文物保护工程勘察设计甲级资质等证书；通过了国家计量认证、ISO9001质量管理体系认证等，被遴选为国家发改委、北京市政府固定资产投资项目咨询评估机构以及水利部水利水电建设工程蓄水安全鉴定、大中型水闸安全评价和水土保持设施验收技术评估单位。

据2017年1月中国水利水电科学研究院官网显示，研究院是联合国教科文组织和中国政府合属的国际泥沙研究培训中心、世界水土保持协会、国际大坝委员会中国委员会、国际灌排委员会中国委员会、国际水利与环境工程学会、全球水伙伴中国委员会等秘书处挂靠单位。有2位资深专家曾任重要涉水国际组织主席，多位资深专家在国际专业组织内担任重要职务，与国际重要学术团体、中国以外著名科学研究机构和知名大学建立了交流与合作机制。

研究院院徽是由水利工程大坝抽象、艺术化形成的图案。

院徽上IWHR是中国水利水电科学研究院的英文简称。

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