由此可见，帝国主义国家退回庚款是附加了条件的，资金使用受对方的严格控制。

1931年4月8日在南京召开了第一次中英庚款董事会，购料委员会亦于同日在伦敦成立。其他美、法、意、荷、比等国也仿效英国先后与中国政府协议或换文确定了退回庚子赔款的办法。这样，又陆续建立了一些分别管理各国退回庚款的董事会。

1933年国民政府、行政院“为谋各庚款管理机关的集中、合作”设立了各庚款管理机关的联席会议，委派参事张平群为秘书办理其事，规定每年10月开例会一次，“讨论下年度预算及用途之重要原则”。

据1941年11月《管理中英庚款董事会工作报告》和1944年《中英庚款董事会十三年财务处理概况》介绍：“英庚款应退回之总额为英金1118万余镑”，“自董事会成立至民国27年底（1931—1938年底）实际收到退回之庚款连伦敦购料委员会料款部分在内共计736.9万余镑，约占金额2/3弱。”“自民国28年（1939年）起，财政部停付海关担保的赔款，庚款收入即告中止”。国民党中央政治会议规定了庚款支配标准：“铁道事业可借全部庚款2/3，其余1/3中导淮事业可借40%，广东治河可借20%，基本工业电气事业及黄河水利可借12.33%。借用利息一律周息五厘。本身不能生利之事业由国库负担利息”。因此，《工作报告》强调，“本会之工作即以上述已收到之736.9万余镑，按支配标准运用於生产事业之投资与教育文化事业之补助及提倡”。

这笔基金的大部分在抗战前已陆续借出，主要投资于铁路、公路、电讯等交通运输事业。当时的津浦、胶济、陇海、北宁、平汉、京沪、沪杭甬、京赣、浙赣、粤汉、湘桂铁路、南京的轮渡以及叙昆、滇缅公路的兴建与整理均使用了庚款。尤其是粤汉路的投资最大的株洲至韶关新建工程，湘鄂段、广韶段的整理，全部依靠庚款完成。还为招商局购置了四艘海轮,建设了国际无线电台、九省长途电话网和西北、西南无线电话网等。其次为水利工程，经庚款协助完成的有黄河堵口，广东西江基围修理工程，导淮之邵伯淮阴刘涧三闸并张福河疏浚工程。再次为电气事业，如首都电厂、电工器材厂、昆明电厂。曾筹备过硫酸錏厂、炼钢厂、中央机械制造厂、温溪造纸公司等，因抗战爆发而无法进行。

对于文化教育事业的补助，“支配总额仅1800万元（1941年时国币）”。

主要用於：

1、保护文物古迹。整理影印了敦煌经卷和居延汉简。“建设中央博物馆和中央图书馆。在南京撤退前博物馆已兴工，图书馆已勘定地址”。“于南京沦陷前，垫付运费派人抢运了故宫博物院的古文物13000余箱西上。”

2、补助高等教育与研究机关。“大概分为建筑、设备、讲座三项，全国专科以上学校研究机关，无论省立、国立、私立，曾受庚款补助者七十余家，达600万元以上，约占总数1800万元的35%。”

3、考送留英公费生。“先后办理七届共148人”，“第八届因欧战紧张而停止”。

4、补助特种教育事业。“曾与教育部南京市政府合办中央工业职业学校”，“在湖南补助农业职业学校两校，抗战前受补助而筹设助产学校已达十四省”。

5、对“人”的补助。“抗战开始北方大学教授迁徙，而各处科学人员亦被疏散，大学新毕业青年更难寻找适当工作”，为适应需要办理了三件事：一、在内地各大学设置讲座，以期安定北方一部分教授三十余人。二、协助科学人员，救济被疏散人员百余人。三、设置科学研究助理救济大学新毕业青年七十余人。

6、自办事业单位。“在遵义设中国蚕桑研究所，北碚设地理研究所”。“兰州设甘肃科学教育馆，肃州设河西中学，西宁设湟川中学，安顺设黔江中学”。

此外，按照中英两国换文规定，从庚款中提取了46.5万英镑补助香港大学及伦敦各大学中国委员会，4万英镑为外交部大楼建筑费，2万英镑为北平慈善医院基金。还付给英使馆职员瑞纳酬金500英镑。

中英庚款董事会办公大楼现为南京市鼓楼区政府在地。