正统七年(1442年)，恢复。

天顺元年（1457年），罢。

成化十二年（1476年），恢复建制。

成化十三年(1477年)，罢。

成化十六年（1480年），恢复。

正德二年(1507年)，罢。

正德五年(1510年)，恢复建制。

嘉靖三十八年(1559年)，四川巡抚所属的东川府改属。

隆庆二年(1568年)，四川巡抚所属建昌府、贵州巡抚所属毕节卫归属。

（注：清·张廷玉等，《明史》（卷73）：“巡抚云南兼建昌、毕节等处地方赞理军务兼督川、贵粮饷一员。正统九年，命侍郎参赞军务。十年，设镇抚。天顺元年罢。成化十二年复设。嘉靖三十年，加兼理军务。四十三年，改赞理。隆庆二年，兼抚建昌、毕节等处。”）

◆林天擎（1659年—1660年）

◆袁懋功（1660年—1667年）

◆李天浴（1668年—1671年）

◆朱国治（1671年—1673年）

◆李天浴（1679年—1680年）

◆伊辟（1680年—1681年）

◆王继文（1681年—1686年）

◆石琳（1686年—1689年）

◆王继文（1689年—1694年）

◆石文晟（1694年—1704年）

◆佟毓秀（1704年—1706年）

◆郭瑮（1706年—1710年）

◆吴存礼（1710年—1714年）

◆施世纶（1714年—1715年）

◆甘国璧（1715年—1720年）

◆杨名时（1720年—1725年）

◆鄂尔泰（1725年—1726年）

◆朱纲（1727年—1728年）

◆常赉（1728年）

◆沈廷正（1728年—1730年）

◆张允随（1730年—1747年）

◆图尔炳阿（1747年—1749年）

◆岳濬（1749年—1750年）

◆图尔炳阿（1750年）

◆爱必达（1750年—1755年）

◆郭一裕（1755年—1757年）

◆刘藻（1757年—1764年）

◆常钧（1764年—1766年）

◆汤聘（1766年—1767年）

◆鄂宁（1767年—1768年）

◆明德（1768年—1770年）

◆喀宁阿（1769年）

◆彰宝（1769年）

◆诺穆亲（1770年—1772年）

◆李湖（1772年—1775年）

◆李瀚（1775年）

◆裴宗锡（1775年）

◆图思德（1775年—1777年）

◆裴宗锡（1777年—1779年）

◆孙士毅（1779年—1780年）

◆颜希深（1780年）

◆刘秉恬（1780年—1786年）

◆谭尚忠（1786年—1793年）

◆冯光熊（1793年—1795年）

◆姚棻（1795年）

◆江兰（1795年—1799年）

◆初彭龄（1799年—1800年）

◆伊桑阿（1800年）

◆孙曰秉（1800年—1801年）

◆永保（1801年—1808年）

◆章煦（1808年—1819年）

◆同兴（1809年—1810年）

◆孙玉庭（1810年—1815年）

◆陈若霖（1815年—1817年）

◆李尧栋（1817年—1819年）

◆李銮宜（1817年）

◆史致光（1819年—1820年）

◆韩克均（1820年—1825年）

◆伊里布（1825年—1835年）

◆何煊（1835年—1837年）

◆颜伯焘（1837年—1840年）

◆张澧中（1840年—1843年）

◆吴其濬（1843年—1844年）

◆惠吉（1844年）

◆郑祖琛（1844年）

◆梁萼涵（1844年—1846年）

◆陆建瀛（1846年）

◆张日晸（1846年）

◆徐广缙（1846年）

◆程矞采（1846年—1849年）

◆张日晸（1849年—1850年）

◆张亮基（1850年—1852年）

◆黄宗汉（1852年）

◆吴振棫（1852年—1854年）

◆舒兴阿（1854年—1857年）

◆桑春荣（1857年—1858年）

◆张亮基（1858年）

◆徐之铭（1858年—1863年）

◆贾洪诏（1863年—1864年）

◆林鸿年（1864年—1866年）

◆刘岳昭（1866年—1868年）

◆岑毓英（1868年—1876年）

◆文格（1876年）

◆潘鼎新（1876年—1877年）

◆杜瑞联（1877年—1883年）

◆唐炯（1883年—1884年）

◆张凯嵩（1884年—1886年）

◆谭钧培（1886年—1894年）

◆嵩蕃（1894年—1895年）

◆魏光焘（1895年）

◆黄槐森（1895年—1897年）

◆裕祥（1897年—1898年）

◆丁振铎（1898年—1901年）

◆李经羲（1901年—1902年）

◆林绍年（1902年—1904年）