云南左卫、云南右卫、云南前卫、大理卫、楚雄卫、临安卫、景东卫、曲靖卫、洱海卫、永昌卫（旧为金齿军民指挥使司）、蒙化卫、平夷卫、赵州卫、六凉卫、云南中卫、云南后卫已下后设、广南卫、大罗卫、澜沧卫（以澜沧军民指挥使司改）、腾冲卫（以腾冲军民指挥使司改）、安宁千户所、宜良千户所、易门千户所、杨林堡千户所、十八寨千户所、通海前前千户所、通海右右千户所、定远千户所、马隆千户所、姚安千户所、姚安中屯千户所、武定千户所、木密关千户所、镇安千户所（旧为金齿千户所，万历十三年改，驻守猛淋）、镇姚千户所（旧为永昌千户所，万历十三年改，驻守老姚关）、永平前前千户所、永平后后千户所、腾冲千户所、新安千户所、凤梧千户所