顺治十六年（1659）铸八旗都统印信二十四颗，由各都统掌管以办理本旗事务；康熙五十三年（1714）将都统印信收回交部，改铸左、右翼印信各一颗，按翼办理各旗事务，但皆未建立公所。雍正元年（1723）正月，始设八旗都统衙门八所，改铸八旗都统印信八颗（原两翼印收回交部），满洲、蒙古、汉军三旗同设一衙门，共用一印信（由满洲都统掌管）。四年，改为满洲、蒙古、汉军每旗各给一印，分设二十四个都统衙门，各在该都统、副都统的总领之下，办理本旗军政、民政事务。其内部机构，雍正中设左司、右司、银库等，设置掌关防参领、章京等分办二司事务，右司并兼管银库。雍正十三年裁左、右二司，银库改由印房参领管理。乾隆六年（1741）定八旗印房、俸饷房、马册房官制，各设协理事务参领、佐领、章京、骁骑校等职。此外，尚设有户口房、派差房、督催所、档案库、米局等内部机构，以及随印房行走散秩官、随旗行走散秩官等职官，分办各项事务。其办理八旗共同事务的机构和职官，有值年旗公署及管理旧营房大臣、管理新营房大臣、管理官房大臣、稽察宝坻等处驻防大臣、左右翼铁匠局、左右翼世职官学、汉军清文义学、十五善射处等。