至正二十七年（1367年）十月，明太祖朱元璋命徐达、常遇春举兵北伐。明洪武元年（1368年）闰七月，惠宗命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，出大都健德门逃往上都。八月二日，大都被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国，元朝在中原的统治结束。除蒙古故地以外，山西、甘肃地区的扩廓帖木儿（即王保保），辽东的纳哈出，云南的把匝剌瓦尔密，都在各自的辖地策应元惠宗。而北元保留元朝的国号与制度，与高丽等仍旧保持着政治上、经济上的联系，并欲夺回大都重回中原。

至正二十八年（1368年）十月初，扩廓帖木儿在韩店（今山西长治南）大胜明军，元惠宗大喜之下封其为齐王，并于当年冬天令其从山西出兵夺回大都。军行途中，北元后方据地太原（今山西太原）被明将徐达突袭，扩廓帖木儿慌忙回师救援，又被明军袭破大营、折兵四万，率仅余的十八骑逃入甘肃，而山西则被明军占据。

次年春夏，中书右丞相也速几次进攻通州，均被明军击退，明军乘势北进上都，元惠宗不得不率部北退至应昌（今内蒙古自治区赤峰市克什克腾旗达里诺尔西南的达尔罕苏木），宗王庆孙、同平章事鼎住被明军追及擒杀，一万将士被俘，上都陷落。但蒙古贵族扩廓帖木儿等仍一直图谋恢复统治，多次向明朝发动进攻，明朝也欲彻底消灭北元政权。

至正二十九年（1369年），徐达在沈儿峪（今甘肃定西县东南六十余里宁远乡道口沟）大破扩廓帖木儿，擒获北元文武僚属一千八百六十余人，扩廓帖木儿仅挟妻、子数人逃亡和林（今蒙古国鄂尔浑河上游东岸哈尔和林）。明将李文忠等率东路军出居庸关，直克应昌，当时元惠宗已离世，其孙子买的里八剌及后妃、诸王、官吏等多人被俘、解往京师。太子爱猷识理达腊仅以数十骑北逃和林，与扩廓帖木儿会和后，在和林即皇帝位，称必里克图汗，年号宣光。北元退居和林后，明廷开始对其实施招抚，为元惠宗加谥号为顺帝、遣使祭悼，同时致书劝降纳哈出，并在此后多次劝北元归附，但爱猷识理达腊不为所动。

宣光元年（1371年），十五万明军兵分三路，继续追击北元。中路徐达从雁门关出发向和林进发，东路李文忠由居庸关出发进逼应昌，西路冯胜由金兰（今甘肃兰州市）出发进围甘肃。结果，中路、东路均败，仅冯胜所率的西路军，在永昌（今甘肃省金昌市永昌县）、扫林山（今内蒙古额济纳旗境内）等地击败元军，明军整体受挫严重并于此后暂停深入草原作战，双方在边境地区不断发生拉锯式的冲突。

为进一步击溃北元，朱元璋吸取教训，采用尺进寸取的方针，逐渐向辽东和青海方向进取，得地后设卫进行管理，并将沿边百姓迁入内地，实行坚壁清野，另佐以怀柔招抚政策。宣光五年（1375年），扩廓帖木儿、纳哈出接连进攻明地，均以失败而告终，同年扩廓帖木儿病死，其后，北元将帅或死或降。

鉴于北方边境形势逐渐转好，明朝开始积极经营东北和西北，以压迫北元的左右两翼并多次扫荡与之接邻的大片地区。宣光八年（1378年）爱猷识理达腊离世，其弟（一说为子）脱古思帖木儿继任为北元大汗，称乌萨哈尔汗，年号天元，并在此后拒绝明廷的多次招降。

天元二年（1380年），明将沐英又率师北讨，俘获其国公脱火赤、枢密知院爱足、平章完者不花等，余众多归降明朝。但据守云南的梁王把匝剌瓦尔密仍与北元遥相呼应，两次杀害明廷的劝降使节。次年七月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为副将军，远征云南，把匝剌瓦尔密兵败后见大势已去，带着妻、子一同投滇池自杀，云南随之平定。

此后，明廷又将驻扎金山（今辽宁省昌图金山堡一带）袭扰辽东的纳哈出势力视作掣肘之患。天元九年（1387年），朱元璋以冯胜为大将军，与傅友德、蓝玉等率兵二十万出征东北，步步为营进逼金山，纳哈出深感不安，接受了明朝召降，被朱元璋封为海西侯，而辽东也归属明廷，北元与高丽的联系亦被阻绝。

天元十年（1388年）三月，明将蓝玉率师十五万北进沙漠，欲进击脱古思帖木儿营帐灭亡北元。明军一路搜索行军至捕鱼儿海（今贝尔湖）时，距离脱古思帖木儿营地不过百余里路程。但脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。而明军前锋则在探知详情后，借助风沙掩藏行踪对其发起突然袭击，太尉蛮子很快战败被杀，脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。

行至土剌河（今蒙古国境内之土拉河）一带，其部将阿里不哥后裔也速迭儿在瓦剌首领乌格齐哈什哈的帮助下发动政变，缢杀了脱古思帖木儿，夺走了元朝传国玉玺并自立为汗，号卓里克图汗，捏怯来、失烈门无奈之中，南下投降明朝。多数蒙古部落宣布脱离其而独立，北元陷入分裂，此后不再有年号。

明洪武二十四年（1391年），也速迭儿病逝，其子恩克即位，被之前支持也速迭儿的乌格齐哈什哈视作傀儡，在位三年后被杀。恩克死后，瓦剌蒙古与东蒙古正统派拥立脱古思帖木儿次子额勒伯克为大汗，号尼古哷苏克齐汗。

额勒伯克在位五年期间，重用瓦剌蒙古出身的浩海达裕。明建文元年（1399年），受浩海达裕怂恿，额勒伯克杀掉弟弟哈尔古楚克都古楞特穆尔鸿台吉，将已怀孕的弟媳鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉占为己有。鄂勒哲依图鸿郭斡妣吉为了给丈夫报仇，实施离间计，利用额勒伯克杀掉浩海达裕。额勒伯克意识到中计之后，将女儿萨穆尔公主嫁给浩海达裕的儿子巴图拉（即马哈木），以他为丞相，并令其统管瓦剌四部，引起瓦剌大领主乌格齐哈什哈不满，遂起兵将额勒伯克杀害，额勒伯克的儿子本雅失里在父亲被杀后逃往中亚帖木儿帝国避难。乌格齐哈什哈遂拥立阿里不哥后裔坤帖木儿为大汗，蒙古高原诸部落从此不得不暂时屈服于瓦剌部的统治之下。

明建文四年（1402年），巴图拉势力逐渐强盛起来，兴兵消灭乌格齐哈什哈，并将其所立的坤帖木儿杀害，脱古思帖木儿旧部阿鲁台等人乘机与瓦剌决裂，拥立窝阔台庶子合丹后裔鬼力赤为大汗，同时组成了以马儿哈咱为太师右丞相，也孙台为太傅左丞相，阿鲁台为太保、枢密院知院的汗廷内阁。但阿鲁台与鬼力赤和他的旧臣太师右丞相马儿哈咱、太傅左丞相也孙台之间却矛盾渐生，最终马儿哈咱回到了瓦剌故地，也孙台被阿鲁台所杀。阿鲁台则和鬼力赤一起徙居海剌儿河（今内蒙古呼伦贝尔市海拉尔河），恢复了东部蒙古故土。

明永乐六年（1408年），额勒伯克之子本雅失里欲率军征讨鬼力赤以复兴北元，大军还未至，阿鲁台就因与鬼力赤矛盾激化，将鬼力赤杀害，并拥立本雅失里为北元大汗，阿鲁台为太师。因本雅失里是“元之遗裔”，得到了蒙古各部的大力支持 。

永乐七年(1409年)，明成祖朱棣派遣都指挥使金塔卜歹、给事中郭骥对蒙古各部进行招抚，封瓦剌部首领巴图拉为顺宁王、太平为贤义王、把秃孛罗为安乐王。本雅失里拒绝接受招抚，并杀掉了明朝使臣郭骥，发兵进犯明朝边境。明朝怒而联合瓦剌攻打本雅失里。永乐八年（1410年），朱棣亲率50万大军讨伐，本雅失里率部西走，被瓦剌巴图拉杀害，并拥立阿里不哥后裔答里巴为汗。阿鲁台向东奔逃途中，也被明军击败，不得不遣使向明朝朝贡马匹以示和好。永乐十一年（1413 年），明朝封阿鲁台为和宁王。为了在政治上与瓦剌抗衡，阿鲁台以“元裔已绝”为由，拥立科尔沁首领阿岱为大汗，自任太师。

永乐十二年（1414年），明朝大举进攻瓦剌，瓦剌损失惨重。阿鲁台趁机西征瓦剌，杀掉巴图拉以及他所拥立的大汗答里巴，俘虏了巴图拉的儿子脱欢。因脱欢之母是额勒伯克可汗的女儿萨穆尔公主，阿鲁台仅将其囚禁。而瓦剌则重新拥立阿里不哥后裔额色库为汗，号斡亦剌歹汗。明永乐十六年（1418年），阿鲁台将脱欢放归瓦剌，令其统领巴图拉余部，而脱欢也开始慢慢兼并瓦剌各部。

明永乐二十年（1422年）起，明朝接连三次攻打蒙古东部汗廷，脱欢趁机起兵，将阿鲁台及其拥立的阿岱汗攻杀，灭亡了东汗廷。脱欢也由此控制北元朝廷，因额色库可汗已死，脱欢另拥立脱脱不花为汗。

明正统四年（1439年），脱欢逝世，其子也先继任太师，继续控制北元朝廷。 也先控制北元朝廷时期，率军攻破了哈密，捉拿了哈密国王和太后。又和沙州、赤斤蒙古诸卫联姻以加强实力。接着，又攻破兀良哈，威胁明朝的属国朝鲜王朝。正统十四年（1449年）六月，也先南征明朝边境，在土木堡大败明军，俘虏朱祁镇，进围北京。十一月，明军打退瓦剌军多次进攻，也先率军退居塞外，并于次年释放已被明廷遥尊为太上皇的朱祁镇南归。

明景泰二年（1451年），也先杀脱脱不花，立阿噶巴尔济为汗，两年后，阿噶巴尔济也被也先所杀。也先在此后自称“大元田盛大可汗”，建年号“添元”，成为第一个非孛儿只斤黄金家族的可汗。 阿噶巴尔济之子哈尔固楚克台吉在逃亡路上遇害，留有遗腹子巴彦蒙克。明景泰五年（1454年），也先被平章阿剌知院暗杀身亡，喀喇沁部孛来又杀了阿剌知院，夺去了也先的母、妻以及玉玺，瓦剌部自此逐渐衰落。

明景泰五年（1454年），孛来与翁牛特部毛里孩一起拥立脱脱不花幼子马可古儿吉思为汗，号“乌珂克图汗”，毛里孩和孛来则同为太师，共掌朝政。明天顺五年（1461年），孛来以“太师淮王”的名义与明朝议和，并两次遣使臣至北京，与明朝缓和关系，却与毛里孩以及乌珂克图汗马可古儿吉思的政见相悖，明成化元年（1465年），因君臣矛盾激化，孛来杀掉乌珂克图汗，同年八月，毛里孩以替乌珂克图汗复仇为名，兴兵讨伐孛来，并于当年冬杀掉孛来，立脱脱不花的次子脱古思猛可为可汗，号“摩伦汗”。

明成化二年（1466年），毛里孩又弑杀摩伦汗，并遣使与明朝通好，自此，北元蒙古大汗之位十年无主。明成化五年（1469年），科尔沁部齐王勃鲁乃、少师阿罗出以为摩伦汗报仇为名，杀死了毛里孩。毛里孩死后，东蒙古各势力如勃鲁乃势力、阿罗出势力、乜克力部的癿加思兰和亦思马因势力以及脱脱不花幼弟满都鲁的势力、此前遭也先杀害的阿噶巴尔济之子哈尔固楚克台吉的遗腹子巴彦蒙克的势力等。他们为争夺权势相互倾轧，北元由此内乱不断，而癿加思兰势力在各个势力中较为强盛。

明成化十一年（1475年），癿加思兰拥立满都鲁为大汗，巴彦蒙克被封为博勒呼济农（明朝称之为孛罗忽，相当于副汗）。次年，在权臣亦思马因等人的离间下，满都鲁与巴彦蒙克反目，最终，满都鲁为亦思马因击败，忧愤而死，满都鲁可汗夫人满都海在此后管理朝政，但朝政大权却落在太师癿加思兰之手。明成化十五年（1479年），权臣亦思马因害死癿加思兰，自任太师，满都海权衡利弊后，则立济农巴彦蒙克之子巴图孟克为大汗，号“达延汗”。而满都海则在之后辅助其稳定政权，以剪除权臣、恢复孛儿只斤黄金家族的势力。

明成化二十二年（1486年），达延汗灭掉太师亦思马因，并于次年开始亲政，鉴于太师擅权、蒙古各部争乱的局面频出，他废除了元朝遗留下来的太师、丞相等官职，实施成吉思汗时代的济农制度。明正德元年（1506年），达延汗征服鄂尔多斯部、土默特部、永谢布部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部、科尔沁部以及兀良哈三卫等蒙古部落。明正德五年（1510年），达延汗统一蒙古本部。

在实现统一过程中，他把分散的各领主重组为六个万户（蒙古语作ulus，音译为兀鲁思），分为左右两翼。达延汗自己驻帐于察哈尔（今内蒙古、河北、山西交界一带），统率左翼察哈尔、喀尔喀、兀良哈等三万户；其第三子巴尔斯博罗特驻帐于鄂尔多斯（今内蒙古鄂尔多斯），统率右翼鄂尔多斯、永谢布、土默特等三万户。同时进行社会改革，并取得了较好的成效，从根本上改变了以往汗权旁落的局面，其统治时期也被史称为达延汗中兴。

明正德十二年（1517年），达延汗逝世，因其长子图鲁博罗特已逝，大汗之位应由达延汗长孙博迪继承。但其三子济农巴尔斯博罗特借口博迪台吉年幼，自立为蒙古大汗，号赛音阿拉克汗。两年以后，巴尔斯博罗特被逼迫退位，博迪在朝臣支持下，登上了蒙古大汗的宝座，号“阿剌克汗”。然而，巴尔斯博罗特所统率的右翼势力并不愿听从其号令，巴尔斯博罗特之子阿勒坦（即俺答汗）也逐渐篡领了他所率的左翼察哈尔部的部分势力。

明嘉靖二十六年（1547年），博迪离世，其子达赉逊即汗位，号“库登汗”，因畏惧阿勒坦势力，举部东迁，从此左右翼分廷而治，而其东迁后，属地兀良哈被右翼势力瓜分。

明嘉靖三十四年（1555年），达赉逊率左翼万户南征，以夺取兀良哈三卫，进而获得与明朝贡市的经济利益，但并未取得最终胜利。此后约两年，达赉逊离世，其子图们（即土蛮）即汗位，号“札萨克图汗”，驻帐于察哈尔万户，颁布《图们汗法典》控制左翼诸部，力图统一蒙古各部。其在位期间，多次联合左右翼蒙古诸部，入侵明朝辽东、蓟镇（今河北迁西县西北）等地索取市赏、掠夺人畜。

随着札萨克图汗势力的增强，明朝通过军事打击等手段，于隆庆五年（1571年），和阿勒坦汗达成了封贡及互市协议，册封阿勒坦汗为顺义王。 明万历四年（1576年），札萨克图汗图们遣使邀请第三世达赖喇嘛索南嘉措到其部传教，因达赖喇嘛途中入寂未遂。

明万历二十年（1592年），图们病逝，其子布延继承汗位，号“彻辰汗”，其在位期间，延续其父的政治举措，多次袭扰明朝，并重获脱脱不花时失去的金印。万历三十二年（1604年），彻辰汗离世，由于其长子离世，汗位由长孙林丹巴图尔继承，号“呼图克图汗”（即林丹汗），林丹汗即位后，察哈尔有了很大的发展，并修建了瓦察尔图查干浩特城（又称“白城”，在今内蒙古自治区赤峰市境内）作为整个蒙古的政治、军事、经济、文化中心。

万历三十六年（1608年），建州女真与乌拉部开战，在林丹汗首肯下，科尔沁部与乌拉部联军，共同打退了建州女真。万历四十四年(1616年)，努尔哈赤建立后金政权，并于明万历四十七年（1619年）大败明军，取得了萨尔浒之战的胜利。林丹汗怕后金崛起后影响其统治，便趁后金攻打明朝之际，率军攻占了广宁城（今辽宁省锦州市北镇）。明朝随后想借助林丹汗势力牵制女真，为其提供大量市赏，林丹汗也欲调动蒙古各部一起抵御女真。

但由于林丹汗急于求成，动辄以武力威逼蒙古各部，再加上后金对其他部落的威逼利诱，北元诸部陆续归降后金。林丹汗无法与后金在正面争雄，想要征服一向不听从己令的北元右翼，并借此夺取右翼从明朝处得来的市赏来增强自己的力量。明崇祯元年（1628年）秋，林丹汗在挨不哈（今内蒙古达尔罕茂明安联合旗查哈干哈达苏木境内的艾不盖河）击败右翼蒙古诸部，在宣大塞外站稳了脚跟。但被其击败的右翼势力却转而投向后金。希都日古在《试论林丹汗西征的后果及其败亡》一文中认为，林丹汗西撤后，后金既可以无所顾忌地进攻明朝，又可以追击蒙古，掌握了整个战局的主动权。而大量右翼蒙古部落投金，也大大加强了后金的力量。

明崇祯五年（1632年）四月，后金军远征林丹汗部，毫无防备的林丹汗闻讯率领所属十万之众逃至鄂尔多斯。明崇祯七年（1634年）夏天，林丹汗因病去世。 除其子额哲为中心的皇室汗廷外，其他各部全部投向后金。明崇祯八年（1635年）四月， 林丹汗三福晋苏泰与其子额哲奉传国玉玺出降后金，北元正式宣告灭亡。察哈尔部被清廷安置在义州（今辽宁义县），分为八旗，左右翼各领四旗。而额哲被封为察哈尔亲王，并娶了清太宗皇太极的次女固伦温庄长公主马喀塔。清崇德六年（1641年），额哲病故，其弟阿布鼐代掌察哈尔，并于清顺治二年（1645年）迎娶了额哲遗孀马喀塔。

至正二十八年（1368年），元惠宗退处上都后，仍有很大一部分蒙古贵族和汉族地主阶级的支持他，其实际控制范围除蒙古故地以外，还有山西、甘肃、辽东、云南等地。至正三十年（1370年）三月，沈儿峪之役后，北元精锐损失几尽，元惠宗病死应昌。明朝占据了北元的陕西行省及甘肃、辽阳行省，还有中书省直辖的部分地区，扫荡了北部包括上都、应昌在内的东自小凌河流域的红罗山，西至兰州的沿边诸城镇。当时居地或封地在北元陕西行省、甘肃行省南部、腹里（即中书省直辖地区）所属的上都路、兴和路、德宁路、净州路、集宁路、应昌路、全宁路、砂井总管府、大同路及辽阳行省大宁路、辽东半岛等地的诸王、军民大部分南来或遣使降明。

宣光元年（1371年），爱猷识理达腊即位后，北元仍据有岭北行省、甘肃行省及辽阳行省北部，还有南面的云南行省。次年，明朝三路北征失败后，北元军乘胜南下，迫近明边。东南至永平（今河北省保定市境内）、瑞州(今辽宁绥中西南)等地。正南接武州(今山西神池东北)、朔州(今山西朔县)以及蔚州(今河北蔚县)、弘州(今河北张家口弘州阳原)、怀柔（今北京怀柔区）等地。西南进攻庆阳（今甘肃庆阳）、会宁（今甘肃省白银市会宁县）、河州(今甘肃省临夏回族自治州)及保安(今陕西省延安市志丹县)等地，并重新占据兴和(今河北张北县)、亦集乃(今内蒙额济纳旗)等地。

宣光三年（1373年）三月，明朝出击兴和、怀柔、丰州(今内蒙古呼和浩特市东白塔村)、红罗山(今小凌河上游一带)、大宁（今内蒙古宁城县境）全宁(今内蒙古翁牛特旗)、高州(今内蒙古赤峰市东北)、亦集乃路(今甘肃玉门市西北金)等处，北元疆域也由此收缩。

宣光七年（1377年），北元的辖地东至高丽，西至中亚，在天山以南还有哈密（今新疆哈密）等地，尽有元朝岭北行省及辽阳行省、甘肃行省的部分地区。其疆域四至，北、西、东三面基本与元朝相同，南面与明朝的疆界没有具体记载。

天元九年（1387年），北元汉地尽失后，退居金山（今辽宁省昌图金山堡一带），此时尚有黑山（今大兴安岭）、捕鱼儿海（今贝尔湖）、哈剌那海（今科布多一带）三个游牧根据地。

也先在位期间，北元势力扩展，其统治范围，西起额尔齐斯河上游，北连安格拉河以南、叶尼塞河上游，东至克鲁伦河下游及呼伦贝尔草原一带。明嘉靖二十六年（1547年），北元察哈尔部居于宣府(治所在今河北宣化)之北，其活动中心约相当于应昌府 (今内蒙古克什克腾旗达来湖附近)，但是向南活动地域经常到达辽河上游流域。明天启七年（1627年），林丹汗率部西撤，北元疆域由此东起辽西，西至甘肃。在北元灭亡前，各部全部投降后金，所据仅有其子额哲所在汗廷。

元廷北徙之后，元惠宗退处上都，仍控制着由中书省所直辖的冀宁分省、晋宁分省、大同分省，由宣政院所管辖的三个宣慰使司都元帅府，以及五个行中书省，分别为岭北行省、辽阳行省、甘肃行省、陕西行省、云南行省。

岱总汗脱脱不花统治时期，太师淮王也先于沙州、罕东、赤斤蒙古三卫重置甘肃行省。

达延汗统治时期，划分东蒙古为察哈尔兀鲁思、兀良哈兀鲁思、喀尔喀兀鲁思、鄂尔多斯兀鲁思、永谢布兀鲁思、土默特兀鲁思。西蒙古为准噶尔兀鲁思、杜尔伯特兀鲁思、和硕特兀鲁思、土尔扈特兀鲁思。科尔沁兀鲁思和兀良哈三卫并立于东西蒙古。

至正二十九年（1369年），占城、安南、高丽入贡明朝，北元与三国的宗藩关系正式结束。但高丽国并未完全同北元断绝关系，而是采取了“骑墙”的政策，实行两面外交。宣光七年（1377年）二月，元昭宗诏封王禑为高丽国王，高丽国开始使用北元“宣光”年号。宣光八年（1378年），高丽又停“宣光”年号，复行“洪武”年号。直到天元六年（1384年）明军切断北元与高丽之间的交通前，高丽国一直首鼠两端。

北元初期，基本上保持了元朝的统治制度，在中央实施三省六部制，即在蒙古大汗之下，设中书省、枢密院、御史台三个重要机构，总理政治、军事、监察事宜。三公当中，太师地位较为重要，需兼任中书省右相，掌握实权。

中书省长官为中书令，中书令以下，设右丞相两人、左丞相一人，丞相为实任的宰相，下设“平章政事”、“右左丞”、“参知政事”为副相，且“右”在“左”之上。中书省下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，置尚书、侍郎分理政务。但见于史载的北元尚书仅有兵部尚书。

枢密院分理军事，实任长官以“知枢密院事”（即知院）为首，但北元的知院已由元代的六个人变为四个人，知院下设“同知院事”、“副枢”、“签院”、“院判”、“参议”等若干人。

负责监察的“御史台”以御史大夫为首，御史中丞为次官，下设“御史中”负责执法，“侍御史”负责弹劾百官，“治书御史”负责办理文件。御史台之下设“殿中司”和“察院”。其中殿中司由“殿中侍御史”统领，主管纠察朝廷百官。察院设“监察御史”若干人，有谏言政治得失的职责。

此外在中央还设有“宣政院”，它管理全国佛教事宜，可直接统领吐蕃的财务和军事。北元分裂后，逐渐起用蒙古旧制，明成化二十三年（1487年），达延汗亲政后，废除元朝时的太师、丞相官制，实施济农制度和左右翼制，即以大汗为最高首领，统领左翼各部，以济农为副汗，统领右翼。

官职设置

元廷北徙之后，政治体制是沿用元朝的官制。太师一职在元朝并无多大实权，且时常空缺。14世纪中叶以后，北元汗权日益衰弱，太师开始逐渐控制汗廷的实权。有时太师直接兼任中书省右丞相（蒙古尚右，右丞相高于左丞相），在蒙古政治生活中处于举足轻重的地位。瓦剌部的脱欢、也先父子任太师时，就曾兼任中书省右丞相。他们大权在握，任命自己的亲信担任枢密院知院和御史台大夫，几乎垄断了汗廷的行政、军事和监察，大汗实际上被架空。

达延汗统治时期，撤销了中书省、枢密院和御史台三个机构，废除了太师、丞相、知院和御史台等元朝官职。重新恢复了蒙古传统的济农、那颜等官职。

元代的晋王是镇守蒙古本土，管领成吉思汗四斡鲁朵的最高军政长官；北元时期的济农是掌管右翼，坐镇鄂尔多斯万户，守护成吉思汗八白室的副汗。作为蒙古政权最高领袖的大汗，统领左翼各部，驻帐察哈尔万户；济农则作为副汗，统领右翼诸部，并直接领有成吉思汗八白室所在的鄂尔多斯万户，负责八白室的守卫和祭祀活动。可以说，北元时期的济农制度正是对元代以晋王为代表的亲王镇守漠北、代表大汗实行统治的制度传统的一种继承。

札萨克图汗统治时期，为了加强汗权的统治，对汗廷的权力作了广泛的再分配。先后任用察哈尔万户的阿穆岱洪台吉、喀尔喀万户的卫征苏巴海、鄂尔多斯万户的切尽黄台吉、土默特万户的扯力克洪台吉和永谢布万户的火落赤等实权人物，担任重要职务“札萨克”，辅佐大汗处理重大政务，史称蒙古五执政理事。同时又利用藏传佛教噶玛派加强其权威。这些措施对加强各部之间的联系，以统一的法令协调各部的行动起了一定作用，曾对明朝、女真、甘青各族和瓦剌部构成威胁，但由于右翼势力强大，阿拉坦汗等首领并不服从其指挥，故未能统一蒙古各部。速把亥、切尽黄台吉相继去世后，也未重新任命其他执政大臣。札萨克图汗去世后，此事亦告终。

林丹汗统治时期，为加强左右翼的地方行政体制，命却热斯塔布囊为管理右翼的特命大臣，驻防赵城（今呼和浩特），任命锡尔呼台吉为管理左翼的特命大臣。力图以武力统一蒙古，对抗后金。

元代地方实施行省制，各行省长官为“平章政事”。北元沿用元代旧制，但北迁后官封滥行，以行枢密院和宣慰司等机构为多，其地方行政机构除辽阳、甘肃、岭北等省的机构和官职为实存外，其余均为虚衔。

达延汗统一蒙古之后，于东蒙古置六兀鲁思（即万户），将其作为地方最高行政机构，废除异宗领主，由其11个儿子分领诸部，作为世袭领主，并对子孙实行逐层分封，诸子再把领地和属民向自己的儿孙们分封，令其每人掌管一个鄂托克（蒙古语作otog，译作疆域、领地），而鄂托克也成为北元中后期的基本行政单位。鄂托克内，以户为单位，组成十户、二十户、四十户和百户。十户长称阿尔班尼阿哈，二十户长称收楞额，四十户长称得木齐，百户长称达鲁噶，均由鄂托克领主任命。

行政机构

元廷北徙初期，地方最高行政机构依旧是行中书省。据《明太祖实录》所记，天元十年（1388年）脱古思帖木儿败亡后，自辽东行省降明的部分官吏名单中有“陕西行省右丞阿里沙、岭北行省参政学罗、辽阳行省左丞末方、河南行省左丞必刺秃、甘肃行省右丞哈刺、海西宣慰司同知剌八蒸、大宁路同知张德林、山东宣慰司同知也提、河东宣慰司同知帖木儿不花”等带有地方行政官衔的人名。其职衔有两种可能，一为故元官职，一为北元新任命的官职。以上都是元代北方诸省的官员。据考古发现，现存北元中书礼部所造的地方官铜印有三枚。即宣光二年（1372年）五月造的“陕西四川蒙古军都万户府印”，天元元年（1379年）二月所造“永昌等处行枢密院断事官印”，天元五年（1383年）六月造的“甘肃省左右司之印”。显然，这些行政建置仍存。其中岭北、甘肃、辽阳、云南行省的建置是有辖地的，而其他行省的地方建置，应当属于侨郡性质。

达延汗统一蒙古之后，于东蒙古置六兀鲁思，兀鲁思成为地方最高行政机构。由大汗领左翼三兀鲁思，驻帐于察哈尔兀鲁思，统治察哈尔万户、喀尔喀兀鲁思和兀良哈兀鲁思；分封济农领右翼三兀鲁思，驻帐于鄂尔多斯兀鲁思，统治鄂尔多斯兀鲁思、土默特兀鲁思、永谢布兀鲁思。废除赛特等异宗领主，由达延汗11个儿子分领诸部，作为世袭领主。达延汗卒后，兀良哈兀鲁思反叛，兵败，被其他五兀鲁思分解。

达延汗统一蒙古之前，爱马克仍然是北元社会基本的社会组织，拥有爱马克的人不仅是大汗、诸王、公主、外戚和勋臣，还有很多官员。达延汗统一蒙古之后，对子孙实行逐层分封，分封给诸子每人一个兀鲁思，诸子再把领地和属民向自己的儿孙们分封，每人掌管一个鄂托克。这样，汗廷、兀鲁思、鄂托克就形成了金字塔式的封建等级制度。所以，北元中后期，鄂托克取代了爱马克的名称，成为蒙古社会组织的基层组织，也是北元最基本的行政单位。如喀尔喀兀鲁思、土默特兀鲁思下辖12个鄂托克，察哈尔兀鲁思下辖8个鄂托克，永谢布兀鲁思下辖7个鄂托克，科尔沁兀鲁思下辖13个鄂托克。 鄂托克内，以户为最基本单位，然后又组成十户、二十户、四十户和百户。十户长称阿尔班尼阿哈，二十户长称收楞额，四十户长称得木齐，百户长亦称达鲁噶，由鄂托克领主宰桑任命。东蒙古六兀鲁思、西蒙古四兀鲁思、科尔沁兀鲁思均由数量不等的鄂托克组成。

法典

北元建立初期，虽已失去昔日的武力，但仍希图恢复大元帝国，实现社会稳定发展。为此，曾指定法典《旧察津毕其格》，但没有流传下来，其制定年代也不详。北元的第二部法典为札萨克图汗指定的《图们汗法典》，其制法目的，是为了重新统一蒙古各部、消除割据局面、重振已经旁落的皇权，但没有实现。

土默特部阿勒坦汗制定的《阿勒坦汗法典》，规定“宗教法规”，并与明朝签定通商互市《规矩条约》。奇格在《“北元”时期的蒙古法》一文中认为，阿勒坦汗的立法活动，对北元社会的政治、经济、宗教、文化等各方面都产生了深远的影响，促进了蒙、藏、汉各民族的团结互助和经济文化交流。

《喀尔喀七旗法典》俗称“白法典”或“桦皮典章”，是喀尔喀蒙古七旗封建主从1603年到1639 年间陆续制定颁布的18个法规。该法典试图采取以法制国、以教安民的手段，来求取各自为政的分裂政权繁荣长存，但由于封建主内部的不和，这部法典没能很好施行。

审判

北元司法审判以纠问方式为主，当事人双方均须主动接受司法官的纠举审判，司法官也必须主动搜集证据，并根据证据定案止争。诸证据当中，以口供定罪较为普遍。

《喀尔喀七旗法典》中规定，无辜者可以澄清，并免于刑罚，若矢口否认其罪的，且通过证人证据来证明其过失。证人作证前要进行“入誓”仪式，发誓不会说谎，同时作伪证会罚牲“一九”，如果作证属实，则会奖励其牲畜“一九”或奖励其食用15%的牲畜。参与审判的人不能威逼证人，若以此造成伪证的要处罚责任人牲畜“二九”。对因过失渎职造成冤假错案的审判官予以免职处罚。

《喀尔喀七旗法典》还规定，三代以内血亲不得充当证人，同行的伙伴、额力齐与车夫、牧场的邻居、求宿者与接纳者、挚友等，不得充当证人。以免“亲亲相隐”，造成证言的歪曲、不公。

此外，文书契约、物证都可以当做证据，其物证包括作案凶器、赃物、遗失物就地留证等，对于偷盗犯罪需要“见物定罪”，比如当收留走散的牲畜时，收留的人必须要将其毛或鬃尾毛埋在发现牲畜的地方，失主如果说其故意偷盗时，以此物证说明该牲畜的来源，而失主则要支付收留者因管理产生的费用或补偿。

刑罚

北元有一种叫做罚畜刑的刑罚，它起源于成吉思汗时期，是古代蒙古族立法中一个独特的刑罚方式。以处罚犯罪者一定数量的牛、马、羊、骆驼等牲畜代替身体刑。其中，《阿勒坦汗法典》中罚畜刑被广泛采用，其实施罚畜刑时，主要以罚“九畜”和“五畜”为处罚单位，又以处罚“九畜”居多，如一九、五九等。且该法典首次对所处罚的“九畜”和“五畜”的组合方式做了详细的规定，主要为牛、马、绵羊和山羊，在极少情况下也会罚较为贵重的骆驼。包朝鲁门在《蒙古族古代独特刑罚制—罚畜刑研究》一文中认为，北元时期是古代蒙古族立法发展的较快时期，罚畜刑的发展标志着当时蒙古族立法技术的进步。

北元时期，凡是遇到较为重大的政治、军事等事件，蒙古各部落首领一般就会举行会盟（蒙语语作Cigulagan），以协商和解决问题。比如北元可汗的汗位继承、称号封授一般都要在会盟上进行。

由刘荣煌翻译的前苏联学者Б.Я.符拉基米尔佐夫所作的《蒙古社会制度史》认为，会盟是一种具有一定随机性的议事机制，其参与者主要是大小部落贵族首领，组成人员极不固定且根据自己意愿主动加入会盟，但却是北元大汗、各万户及部落首领参与社会政治生活最重要的途径，也是各万户、部落之间协调关系、解决问题、化解纠纷的有效机制。

北元后期的会盟制度发生变化，规定参加者和主盟者需是汗、台吉等黄金家族成员。异姓封建主虽然可以成为汗、台吉的亲家一一塔布囊，并在各封地内参与政务，但是处于从属地位。惟有西部相对独立的卫拉特贵族例外。

明正德元年（1506年），达延汗统一蒙古，将东部蒙古置六土绵，由大汗领左翼三土绵，驻帐于察哈尔土绵，统治察哈尔土绵、喀尔喀土棉和兀良哈土绵；分封济农领右翼三土绵，驻帐于鄂尔多斯土绵，统治鄂尔多斯土绵、土默特土绵、永谢布土绵。达延汗保留了东道诸王的往流四土绵，即好儿趁土绵（科尔沁土绵）、也可万户、察罕万户、山阳万户（兀者万户），使之同六土绵并立于蒙古。瓦剌部四土绵为准噶尔土绵、杜尔伯特土绵、和硕特土绵、土尔扈特土绵，名义上受大汗统帅。

明廷在给蒙古大封建主封王锡印时，对其部所署大小头目也分别量授一定的职衔。所授官职，即左都督、右都督、都督同知、都督佥事，都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事，指挥使、指挥同知、指挥佥事，正千户、副千户，百户、所镇抚。其品级为正一品到从六品。

明隆庆年间，明廷对右翼蒙古首领的授职出现了新的形式，即各色将军名号，这是前代所无的。综合史料记载，被授予将军虚阶的一般是在明蒙封贡关系中发挥重要作用或有较大影响的人员，其中顺义王阿勒坦汗子孙中最多。鄂尔多斯和哈剌嗔诸部首领封授将军者较少，这应是三大部落通贡互市之权统一由顺义王掌控所致。

元廷北徙之后，蒙古地区处于分裂、割据和战乱状态，社会结构亦随之发生急剧变化。元代军政、军民一体并兼有领地性质的万户、千户制，在政体上演变为兀鲁思和鄂托克，在军事组织上演变为土绵和库里叶。库里叶相当于过去的千户，是由鄂托克成员中壮丁组成的军队。百人头目称召兔（百户长），千人头目称明安兔（千户长）。一般由鄂托克的台吉或宰桑兼任，或由土绵诺延（那颜）另行委任。其职责是领兵作战，或出征或防御敌人的侵袭，并受土绵诺延的调遣。若干和硕联合在一起，构成土绵，土绵相当于过去的万户，带领土绵军队的长官，即称为土绵诺延。

林丹汗即位后，在阿巴海哈喇山中建查干浩特，将察哈尔本部分为左右两翼六个万户，即阿哈万户、窦土门万户、高尔万户、哈纳万户、中军万户与阿喇克绰特万户。

北元建立之初，中央设枢密院负责军事，太师权力较大，与成吉思汗时代的千户相当的“爱马克”是蒙古社会基本的军事、行政、经济单位。达延汗统一蒙古后，大汗拥有最高军事权，济农作为副汗驻扎右翼代大汗行使军事权，鄂托克也逐渐取代了爱马克的地位，而其建立起的兀鲁思则相当于万户。

察哈尔万户是由成吉思汗时代的怯薛军演变而来的，他们既是宫廷侍卫，又是跟随大汗出征的主力军。成吉思汗之后的窝阔台汗，继承了护卫军制度，亦称中军万户。元代也始终沿袭着这一制度，一般由皇太子或亲信大臣右丞相直接节制。元廷北迁之后，仍保留其旧制。明正统三年（1438年）岱总汗脱脱不花即位时，“八鄂托克察哈尔”万户就基本形成。特别是到了达延汗时代，在划分军事行政建置时，亦依照成吉思汗的旧例，建立了自己的护卫军，中央察哈尔万户。自此，察哈尔这一称谓由原来泛指大汗身边的怯薛或宿卫的泛称，正式成为大汗驻帐的中央部落的名称。

明人郑晓编写的《吾学编·皇明北虏考》中对当时蒙古各部的军队有具体的记述：“察哈尔万户，有军队5大营，5万人。喀尔喀3营、科尔沁1营，共6万人。永谢布10营、鄂尔多斯7营，共7万人。土默特8营，4万人。哈刺嗔1营，3万。哈连1营，2万人。卫拉特5万人”。

北元存续期间，对外实施积极防御的军事策略，出现了诸多军事家，如脱欢、也先、达延汗、满都海、阿勒坦汗等，历代大汗乃至太师在军事上都较有才略。其武器装备有专业的军工手工业者生产，一般为铁制品，武器一般有钢刀、铁矛、钩枪箭、盔甲兵器等，其中刀最受北元军士喜爱。另有军需铁制品如马嚼、鞍蹬、火镰、剪、凿、钳、镰、斧、锤、羊毛剪、锉、锯等等。

北元初期，由于明朝对其实施经济封锁，将大批塞外从事农业、手工业的居民迁入塞内，禁止汉人出塞，加之北元内部纷乱不断，其农业破坏殆尽，手工业、商业、畜牧业也随之衰落。除兀良哈等少数地方之外，北元退回到单一的游牧经济。以至一些长期得不到粮食的蒙古人“得粟不知炊而食也”。达延汗之后，社会趋向安定，各领主划地而牧，北元的经济也开始多元发展。

北元初期，畜牧业退化，人们多以渔猎采集为生，达延汗统一蒙古各部后，创造了比较安定的社会环境，畜牧业生产才得以恢复与发展。北元蒙古族主要牧养马、牛、骆驼、绵羊、山羊等五畜，其中以养马和养牛为最为普遍。马除了用于乘骑、作战之外，也是同中原进行交换的主要畜种。骆驼为五畜之冠，属于贵重牲畜。牛、羊则是满足日常生活所需要的肉、脂、乳、毛、皮等畜产品的主要来源。

而北元较大的部落察哈尔部也逐渐形成了成套的畜牧生产经验，涵盖牲畜的选种、交配、抓膘、驯马、接羔等。土默特部还制定了用以促进畜牧业发展的法令。令大小封建主分散牧养，以避免畜群过于集中而导致草场不足。而领主的大批牲畜一般采取两种方式放牧，一种是由领主的牧奴放牧或由属民以服役的形式专门为领主放牧；一种是领主将牲畜交给属民牧养，属民可以分得少量擎生的幼畜以及乳、羊毛等畜产品。

杨绍猷在《明代蒙古地区经济文化的变化》一文中认为，后一种领主的牲畜放牧方式是初级的“放苏鲁克”制度，使无畜或少畜的属民从中得到一些利益，提高了生产的积极性。阿勒坦汗也曾将这种放牧制度适用于来投靠他的无业蒙古人和汉人。既解决了逃亡汉人的生计，也增加了领主们的财富。牧场仍有冬夏之分，为保护冬季牧场，部众会翻山越岭到远方放牧。在土默特地区还采取了棚养和圈养等方式，有利于抵御自然灾害和防治疫病。

北元初期，为单一的游牧经济，人们主要从事狩猎、捕渔、采集行业。通过狩猎得到的兽肉是食物的主要来源，兽皮则制成各种衣帽、褥垫，白狐皮等还可制成贵重皮裘供贵族使用。此外，北元还会将这些珍贵皮毛销往中原地区，以换取必要的生活用品。

在大河、大湖区捕渔也是一种生产活动，由于鱼网不是违禁物品，北元往往向明朝购买或要求赐予，兀良哈三卫地区除了捕鱼外，还会采集野生植物食用。比如沙葱、沙芦菔、野韭等。

为维持渔猎采集，《阿勒坦汗法典》制定了保护野生动物的七项规定，禁止非围猎期猎杀野驴、野马、黄羊、犴达罕、鹿、野猪、马鹿、青羊、麝、奔孢、貉、獾、早獭，违者要罚不同数量的牲畜；猎兔满五只也要受罚，惟捕杀小鱼、老鹰、乌鸦、喜鹊的无罪，狼、狐等也不在禁列。

北元初期，农业荒芜，北元自达延汗以后，社会的安定，各领主画地而牧。而明嘉靖初年(1522年—1566年)后，大批反抗明朝统治的汉族兵民逃入北元，这些汉族兵民原以粮食蔬菜为生，在无法得到内地粮食供应的情况下，开始动手开荒种地、修筑房舍。

北元蒙古封建主受到启发，于是决定采取招募或掠夺汉族人口的方式在丰州滩（又称敕勒川，即今内蒙古呼和浩特平原）兴办农业，以解决粮食问题，并对其耕种纳租。经过多年开发，土默特地区的农业迅速发展，种出了苹果、樱桃、香瓜、西瓜、南瓜、柠檬、黄瓜，葱以及其他各种蔬菜。

北元前期，蒙古家庭手工业虽然延续下来，但由于缺乏原料，工匠日渐减少，只能生产一些如马鞍、弓矢、毡裘、木轮车和其他牧业用具，生活用品几乎不能生产。

在汉族军民到北元后，阿勒坦汗等封建主利用其手工技术，并在通过从明朝夺取、走私铁器等手段解决原料问题，开始发展手工业。在与明朝议和后，又从互市中交换大批原料并要求明朝官方提供援助等获取手工业需要的原料。其中，土默特部

经过多年经营，土默特等地区形成了庞大的手工业队伍，不仅能加工农牧产品，也能制造各种武器、农牧工具及生活用品。还有一批娴熟的建筑工匠，修建了大量房舍、寺庙以及大板升城、库库河屯(今内蒙古呼和浩特)等城镇，到嘉靖末隆庆初，北元丰州宫室遍布，城镇成为手工业中心。拥有造纸、烧砖、冶锻、造兵器、制首饰及各种用具的手工作坊和匠户，有了出售手工业品的市场。

北元初期，与明朝的商贸往来中断，随着土默特部等地手工业技术的发展，北元商业也得以发展。土木堡之变后，明朝迫于压力允许在边境地区开设“马市”和“月市”作为双方的法定贸易，蒙古封建主们以进贡形式向内地输入大量的马匹、畜产品代而获得绸缎、棉布、农产品、生活用品、货币等。此外，北元又开辟了马市、茶市、木市。贸易分官方市场和民间市场。其中民间市场的范围更广阔，相互交易的产品种类也多样。北元阿勒坦汗还曾与西藏、维吾尔等地各民族发展经济贸易往来，获得了可观的经济利益。

北元时期，封建主曾向牧民征收牲畜作为赋税（即阿勒巴），征收标准以出计入，而不是量入为出。并将牧民应支纳的牲畜，按一定数量和价格折算成若干纳税单位“宝得”，每个宝得税额由封建主确定，分为定期的“伊儒音宝得”和临时的“图斯哈林宝得”。高文德主编的《中国少数民族史大辞典》认为，定期的“伊儒音宝得”也没有确切帐目，且数额不定，容易造成富者轻，贫者重的极不公平的情况。

北元统治阶层经历了“元顺帝改钞”的动乱，为政期间对发行“纸币”态度谨慎，又很难获取白银，也没有足够货币信用供给，除发行少量纸币（制式不可査）外，还通过贸易换取黄金制钱，甚至明朝纸币作为其货币。

北元主要人口构成为蒙古族，此外还有汉族、回回等民族。在蒙古人的传说中，元代蒙古原有 40万户，被明军击溃以后，先后脱出 6 万户回到了蒙古草原上。葛剑雄在《中国人口史》中认为， 6 万户最多有 30 万人口，但北元退守草原时居住在与明境交界处或内蒙草原上的大批蒙古牧民随元政府北迁，后经过明军反复的扫荡和征剿，明洪武二十四年（1391年）前后，在这一区域，大约还居住着北元蒙古的残部 10 万—20 万人口。

王龙耿、沈斌华在《蒙古族历史人口初探（11世纪－17世纪中叶）》一文中认为，达延汗统一蒙古后，人口得以增长，但由于其用来做单位的万户与此前已有不同，无法推测其实际人口数量。据明代郑晓编撰的《吾学编·皇明北虏考》记载，该此时北元有人口约160万人。

北元时期，蒙古语言文字得到进一步发展，通用回鹘式蒙古文，同时又创制了托忒蒙古文和为翻译佛教经典而创制的“阿里噶里字”，也有结合印度文、藏文字母创制的“索永布蒙古文”。口头文学的代表作有蒙藏民族共作的、反映人民热爱故土、憎恨恶势力的《格斯尔》和主要歌颂赞美宝木巴、勇士和骏马的史诗《江格尔》。

此外，这一时期蒙古历史编纂学也取得了较大的成就，出现了《阿勒坦汗传》、《蒙古黄金史纲》和《黄史》(《沙拉图吉》)等以佛教思想为宗旨所编写蒙古史学著作。

北元时期，由于黄教的传入，各地兴建了许多召庙，用来绘制佛像的唐卡画也得以发展，随着石窟的逐渐兴起，壁画艺术虽没有元代兴盛，但也取得了一定成就。主要为宗教壁画和宫廷壁画，此外还有《蒙古帝王拜祭图》《各族僧众礼佛图》、《丧葬图》 等世俗壁画。图中位于土默特右旗美岱召当中德壁画，所表现的是北元时期阿勒坦汗和妻子三娘子的形象，近旁还有许多穿着蒙古服饰的人物。壁画中还描绘有一套宫廷乐队，乌兰杰在《毡乡艺史长编》中认为，其乐器形制和乐队构成与林丹汗宫廷《番部合奏》相仿，是研究蒙古族历史、宗教、文化艺术的重要资料。

元朝时，上层统治者信奉由西藏传入的喇嘛教红帽派即红教，但蒙古民间多数信奉原始的萨满教。北元初期，红教影响下降，萨满教逐渐兴盛。14世纪末叶(1357年—1419年)青海藏族喇嘛宗喀巴进行宗教改革，创立格鲁派，因着黄衣黄帽，被称为黄帽派，简称黄教。北元中期，阿勒坦汗等贵族开始敬信黄教，图们汗在位时期，藏传佛教的另一支即与当时的格鲁派竞争其烈的噶玛噶举派再次传入北元，但其影响不敌黄教。连北元末代大汗林丹汗(1592-1634年)也曾接受黄教的法戒。

黄教传入以后，在喇嘛们的鼓动下，领主门大兴佛寺。有的佛寺就修筑在城镇内外，相应扩大了城镇的规模，使之成为宗教中心；有的寺院虽不在城镇，但随着人们不断来往朝拜，亦成了工商业的集散地，逐渐形成大小不等的市镇。且蒙古族人对黄教信奉虔诚，若喇嘛认为某事不吉利，他们便不敢做，且根据喇嘛指使将每月初一、初十、十五视为“上上吉”，而每月初八、十五、二十五、三十一概不得宰杀牲畜，并不得杀死健康的马、蛇、蛙、百灵鸟及狗等等。

此外，阿勒坦汗和林丹汗时期先后两次翻译藏传佛教经典巨著《甘珠尔》，乔吉在《佛教对蒙古文化的影响》中认为，阿勒坦汗及其子孙在蒙文佛经翻译方面做出较大贡献。阿勒坦汗在三世达赖喇嘛那里获得了“转轮王”的称号。在他的再三提议和指令之下，北元从明朝边疆大臣获取了藏文《金光明经》，而其主持翻译的蒙文《金光明经》现在已成为孤本，成为研究蒙古学的主要依据之一。

北元初期，经济萧条，文化教育也趋于停滞，达延汗即位之后，北元的教育事业开始逐步恢复和发展。其教育形式以民办私塾为主，私塾中设馆授徒的老师叫做“榜什”，学生叫做”拾毕”。据《夷俗志》载，学生第一次拜师时，会带上羊、酒作为礼物，并行叩首礼，此后每日见老师时，都要叩首行礼。学业完成后，要酬谢老师一批白马，一件白衣，衣服的材质视学生家经济状况而定。私塾教师在北元社会中很受尊重，北元中后期的私塾也对所有社会各阶层开放。在黄教传入后，北元还有寺院教育，招收贵族以及僧侣学习翻译佛经、语法书的相关知识。

北元初期，使用元代时颁布的《授时历》，16世纪末期，由印度传入、在藏区经过发展变化的《时轮历》传入北元。它是一部推算日月食、纪日、纪时的完整天文历算体系，北元也逐渐形成了新的立法，即以五色与十二生肖组成的六十循环纪年、纪月使用数字或季节月。

主词条：归化城、查干浩特城址、美岱召、大召、席力图召、乌素图召、小召、准格尔召、额尔德尼召

明正德元年（1506年）自达延汗重新统一蒙古以来，蒙古各部被划分为六个万户（Tümen）。达延汗的十一子格哷森扎赉尔分于喀尔喀万户。格哷森扎赉尔与其后代攻打瓦剌部，开拓漠北蒙古，又称喀尔喀蒙古即今外蒙古大部。格哷森扎赉尔的第三子诺和（土谢图汗部、赛音诺颜部的祖先）之子左翼喀尔喀万户大汗阿巴岱赛因汗在内蒙古呼和浩特会见了来蒙古的索南嘉措（三世达赖喇嘛），其后在驻牧地哈剌和林城遗址上修建了额尔德尼召，这是为蒙古地区现存最早的藏传佛教木构建筑。根据学者分析，额尔德尼召的建立标志着喀尔喀蒙古贵族企图用藏传佛教再次统一蒙古，也标志着外蒙古地区藏传佛教建筑营建的正式开启，此后这一营建活动一直持续到蒙古革命，建有近千余座寺庙建筑。

北元初期，萨满教重新兴盛，萨满医术成为主要诊治技术。它以精神疗法为主，并采纳原始医术，适用各种外治疗术，还会利用动物内脏治病，比如“野兽肝脏治眼疾”“野兽胆治炎症及手跳脱甲症”熊胆治咳嗽、火眼、心火上攻”“老呱眼树皮熬水洗或喝，治疮伤口”等。

黄教传入后，一些大的寺院设有医学部，传授藏医和藏药。藏医著作《居悉》（即《四部医典》）也随之传入。包哈申和斯琴其木格在《《四部医典》蒙古译文版的考证研究》中认为，《四部医典》的传入，对蒙古民族传统医学理论的形成与发展形成有力影响。

北元初期，汉族人口多为掳掠所获。但当时明朝边防严密，北元俘获人口以妇女儿童为主，数量也相对比较有限，且对所掳掠人口也并不看重，常以他们为质和明朝交换粮食。明朝中后期，一些汉人因着政治、生活困难等原因北逃塞外，北元也开始有目的的进行掳掠，被俘获汉人逐渐增多。

起初被掳汉人多有回归家乡之心，但蒙古贵族防范比较严密脱身不易，即使侥幸逃回，又多被明朝边军捕杀邀功，所以真正回归者十分有限。大量汉人滞留北元据地，被蒙古诸部贵族作为战利品奖赏给其下属的大小头领，成为蒙古贵族及大小头领的奴隶，为他们放牧牛羊。即便是主动投靠的汉人，也被蒙古领主当作奴隶，从事繁重劳役。

随着时间推移，瓦刺部也先最早开始任用归顺汉人参与其军事活动。比如土木之变中被俘虏的太监喜宁，投降瓦剌后成为其入侵的策划者，给明王朝的北部边防造成很大的威胁。但此时蒙古贵族多利用汉人充当向导和间谍。

达延汗在位后，蒙古贵族对汉人的重用达到了高峰，各领主中任用汉人以阿勒坦最甚。除了让部分汉人参与军事决策，让他们承担军事任务，出使明朝，他还会有目的地招徕有才智的汉人，进行农业生产，手工业生产以及房屋建造等。

韦占彬在《明代蒙古诸部对归顺汉人的任用及其军事影响》一文中认为，大量汉人参与北元军事活动，致使北元对明朝的军事行动谋略性增强，使明边境陷入更大的危机。杨绍猷在《明代蒙古地区经济文化的变化》一文中认为，汉族在北元的生产生活，促使当地从单一的游牧经济转向多元经济并存的经济结构。

元廷北徙之后，与明朝进行了长达一个世纪的战争。期间，双方均想控制女真地区。明朝对女真贵族采取了笼络政策，先后在女真地区建立许多羁縻卫所。蒙古贵族集团则采取了军事攻伐的策略，但始终未能占据女真地区。15世纪中后期，海西、建州女真逐渐强大，经常与蒙古贵族联合，抢掠明朝边地。明正统七年（1442年）十月，兀良哈三卫与建州女真合并入犯广宁前屯。”被哈达万汗缚献明廷的王杲的罪名是“时建州右卫酋长王杲与西部蒙古遥相呼应，屡扰明边”。北元诸首领都愿把兀良哈三卫和女真各部纳入他们的势力范围之内，以强化左翼力量。因此，明边屡屡收到东西虏合兵来犯的军情。

蒙元时期，西域人大量内迁，经营各种生计，并贩卖粮食等物于蒙古地区，明初，仍有一部分西域人留在北元蒙古地区。同时，瓦刺在向西发展中也不断吸收一部分回回商贾及其他人才参与政事和互市贸易。回回人在北元统治机构中供职，担任贡使，往返于明廷与北元各部之间。

通观北元时期蒙古与西域的关系，主要有以下几个特点第一，由于当时统治西域的大多仍是察合台宗王后裔，追根溯源，与蒙古统治者是所谓“同宗骨肉”、“本同族类”。双方统治者虽然为了争夺贸易通道和牧地等也曾发生过武装冲突，但还是保持了联姻、结盟及各种形式往来，两者常是交替进行。第二，蒙古卫拉特与西域诸族建立了密切的贸易联系。哈密成为构通东西的要道，瓦剌部等通过哈密西抵撒马儿罕，东至中原地区进行贸易。卫拉特贡使和回回商人经常成群结伙一起朝贡和沿途买买。第三，不少回回人在蒙古统治机构中供职，对蒙古尤其是卫拉特的兴衰产生很大影响。第四，由于长期相处，许多突厥和蒙古部落逐渐融合，形成了哈萨克等族。察合台蒙兀人也被当地维吾尔族所同化。而随着卫拉特主力的西迁,与西域诸族接触日益频繁，有些封建主受伊斯兰教的影响也越来越深，甚至命以经名。十六世纪后半期，随着格鲁派喇嘛教俗称黄教在蒙古地区的传播，与西藏关系也日趋密切。总之，有明一代，不仅中原地区与蒙古、西域保持着千丝万缕的联系，而且蒙古与西域之间也往来不绝。

北元前期，物质匮乏，达延汗重新统一了蒙古各部后，黄金家族的贵族们变成封建领主，有了行使各种法令的权力，为了显示其各自的社会地位，他们强调各自领地的服饰特点，北元服饰也得以发展。

该时期服饰主要有白狐皮袍、旱季獭皮袍、金帽、银丝带、玉制饰品，也有了额箍、马褂、脖套、斗篷，服装的袖口上出现了小的马蹄袖，其中最突出的是长袍的领子和袖子，还增加了不少的新款式如敞开的长坎肩——扎达盖（见图）；以及从背后开口并上袖、上紧下宽的长袍；圆领、鸡心领的长袍；小马蹄袖、毛翻领的半袖长短坎肩；无领无袖前短后长的短披肩；尖顶圆顶帽 (类似现在的太阳帽) 等。此外，其服饰上还出现了佛教文化元素。军队服饰出现了元朝时没有的劳布查盔甲，这是一种甲和胄连在一起的盔甲，有短甲、甲袖等。在用料方面，除部分绸缎、金锦毛织品之外，还有香牛皮和各种兽皮。

北元后期出现了新的男子发式，即合辫为一的后垂式的发型，但并不普遍。另有发辫为十数条披在左右的女子发式。据萧大享在《北虏风俗》中记载，妇女自出生就留发，长则辫为十数条，披于前后，出嫁见公婆时，方分二辫，发末结为二椎。冠的种类很多，且不同于元代，一般是红纬珠顶立檐帽，其座颇高，约是冠的整体的一半高度，在后来逐渐演变为清王朝通用的冠式。

无论地位高低，所着服饰皆为窄袖，袖口紧束于手腕，其松紧度只能留一指的间隙。袖口处为两寸的宽边，袖于宽边的接缝处打做细褶，并将细褶结对。袍长至膝下许尺，袍边为小边，并以虎、豹、水獭、貂鼠、海獭等皮以为缘。缘的材质与地位高低相关。此时期还有一种服制为“贾哈”，即围肩，形状如簸箕，两边有角，左右垂于两肩，夏天用锦，冬天用貂皮，是一种华丽的服饰装饰物。头戴尖顶双翅冠，半袖外袍至膝，内袍长至脚面。

北元饮食仍同元代一般，主要是肉和奶食品，用奶汁作成奶豆腐等，用马奶酿马奶酒，平时多饮用奶茶，茶叶来自内地。以肉汁煮粥，以乳和面，食品中米面、杂粮日渐增多，在兀良哈地区，粮食比重较大，还有有蔬菜可使用。交通运输主要以马为主，也有驼、牛负责运载的。

在贵族中流行大型宫帐，可容下300人。蒙古包一般朝南，贵族设有床榻，高尺余，毡褥厚数寸，人头朝西睡；贫民一般睡在地上，不设床榻。黄教传入后，土木建筑兴起，出现了村寨，逐渐出现定居特点。

北元时婚姻制度仍是一夫一妻制，但贵族、领主、富裕户则往往一夫多妻。女子的婚龄在14岁以上，男子的婚龄没有规定。结婚之前需先有婚约并行聘礼，如果不交聘礼而成婚，则被招人岳丈家做工。如“负义”逃走，必须向岳丈家偿付一定数量的牲畜。行聘订婚后，如女方悔约将女儿另嫁他人，则罚以牲畜和其他财物，并将聘礼如数退还。结婚时都要举行“交拜天地”等仪式，甚至保留着新郎追新娘的古老传统。

北元妇女社会地位较低，在一般情况下，严禁掠夺妇女，但在战争中则有所不同，如杀死敌人，可夺其妻子，且被视作习以为常的事情。在北元蒙古族中还存在一种“补偿婚”，即二妇女相斗，一妇致另一妇死亡，要把此妇给死者之夫为妻。妇女没有改嫁的权利，可以如财产一样买卖，普遍存在着“收继婚”习俗，即父亲死后，儿子可以娶后母；女子死了丈夫，丈夫的兄弟可以娶其为妻。儿子死后，父亲可以娶儿媳。

孕妇会得到保护，造成妇女堕胎者要罚同胎儿月数相等的牲畜。无论产男女，都要悬挂红布和腰刀在门上。产妇饮食如常，不避风寒。所产之婴儿也不避风寒，喂饱后就置于帐内或帐外，婴儿死亡率很高。

北元丧俗在黄教传入之前，多为天葬和土葬，黄教传入以后，多行火葬，身份高贵的人火化后将骨灰和成泥，塑成小人像，人像外面刷金粉或银粉，置于庙中。

北元时期，元代的宫廷音乐尚有遗存，如《笳吹乐章》和《番部合奏》等，其中《笳吹乐章》属于以演唱为主的歌曲音乐，《番部合奏》主要是器乐曲，有受过专门训练的较大型乐队编制，且弹拨、吹管、弦乐及打击乐各类乐器都齐备。宫廷乐曲来源于民间歌曲中的吟咏调，旋律舒展，节奏自由，还兼有新疆地区胡笳乐曲的演奏特点。

《笳吹乐章》和《番部合奏》中的《舞词》《白驼歌》《鸿鹄词》《白鹿词》《流莺曲》《兔置》《西鲽曲》等，均为纯器乐曲，是宫廷中表演的舞曲。但舞蹈动作已经失传，只留下了舞曲部分。这个时期还有在室内表演的高雅舞蹈如倒剌舞戏，包括歌唱、舞蹈、奏乐，乃至插科打浑、杂技等。

民间依旧盛行蒙古族自娱性集体踏歌，据岷峨山人的《译语》载，北元女子好踏歌，每逢月夜便群聚握手顿足，操胡音为乐。民间宴饮时也常唱歌跳舞，家长坐在正中，藉毡而坐，其下无男女贵贱之分，以长次为序跪着向其进酒为寿，然后传饮一个装酒的木瓢，直至酒醉。还会吹胡笳、弹琵琶、跳舞、唱歌、聊天助兴，其中引吭高歌最受欢迎。

其劳动时，也常会出现集体舞蹈，比如《孛尔吉纳舞》等。该舞蹈有两个主要角色，一人扮演公驼，另一人则扮演母驼。此外，便是由男女老少携起手排成的队列，一般视人数而定站成若干行（至少4 行，每行4 人，多则不限），当队列中人们开始唱起《放驼歌》时，公驼须设法捉住母驼，而母驼则以队形为屏障，穿插奔跑，千方百计地躲避公驼。双方奔跑时均要模仿骆驼奔跑时的动作和神态。而队列当中的人则要遵照领舞者 (一般站在第一排之首) 的指挥，击掌为号，不断侧身牵手，变换队列方向。歌曲放完前捉住“母驼”为胜，否则为败。

北元初期，与明朝多次开战，接连败于明朝。天元十年（1388年），北元在捕鱼儿海之战大败后陷入分裂。明朝在此后也改变了对北元的外交政策，采用军事打击与优抚羁縻相结合的外交政策，联合瓦剌部打击东部蒙古，瓦剌也向明朝称臣。但其崛起后，转而又成为明朝威胁，于是东部蒙古又与明朝关系转缓。

土木堡之变后，明朝迫于压力恢复与北元边贸往来，明英宗复辟后又开始对北元实施经济封锁。成化十五年（1479年）达延汗即位后，因强行朝贡不成，对明采取入寇政策。达延汗死后，左右翼由于在物资方面对明朝多有依赖，为打破明朝经济封锁，对明朝边和边战，实施朝贡基础上仍会实施抢掠，双方关系长期恶化。

北元初期，高丽停止使用元朝年号，与明朝建立外交关系，试图摆脱与元的宗藩关系，元顺帝在北撤途中，却依旧打算向高丽征兵。

至正三十年（1370年）高丽交出元朝颁发的金印，对北元政权采取不合作的态度，却一时无法摆脱北元。宣光四年(1374年)，高丽恭愍王遇弑，他的继任者转而亲近北元，对明朝、北元实行两面外交。次年，高丽国王开始使用北元的“宣光”年号，并停止使用明朝年号，但当北元要求他们攻打明朝时，高丽又惧怕退缩。

随着北元势衰，高丽在此后又与明朝恢复往来，但在天元四年(1382年)之前，仍与北元偷偷往来。天元九年（1387年）后，北元与高丽往来被切断。

明洪武二十五年（1392年），李成桂取代高丽建立朝鲜王朝，明太祖朱元璋仍将朝鲜和高丽视为同一政治实体，出于对高丽的诸多不满，对朝外交保持冷淡，并拒绝册封李成桂为国王。明成祖即位后，朝鲜对明朝的藩属关系日渐稳定，但随着瓦剌部的壮大，北元与朝鲜领土再次接壤，明正统七年（1442年），岱总汗脱脱不花谴使到达朝鲜，朝鲜通事展阅敕书后默默看了一遍后，说只是“俺本不识蒙古字样”，将敕书封还给蒙古使臣，并在事后将此事向明朝汇报。

后金建立后，北元林丹汗对其甚为忌惮，为此，明万历四十七年（1619年），北元趁后金攻打明朝之际，率军攻占了广宁城（今辽宁省锦州市北镇），并遣使后金奉上国书，以“四十万蒙古国之主巴图鲁成吉思汗”自居，蔑称努尔哈赤为“水滨三万女真之主”，警告努尔哈赤不得进犯广宁。此后，又欲与明联合共击后金。

明崇祯五年（1632年）四月，后金大汗皇太极会集蒙古诸部兵共击林丹汗，林丹汗无奈之下从归化城驱人畜十万西渡黄河逃走。林丹汗死后，林丹汗之子额哲奉上元朝传国玉玺，北元随之灭亡。

北元时期，统治西域的大多仍是成吉思汗次子察合台宗王后裔，与北元蒙古统治者是同族，双方为了贸易通道等曾多次发次武装冲突，但也保持了联姻、结盟及各种形式往来。其中，北元瓦剌部与西域诸族建立了较为密切的贸易联系。

北元时期，与西域诸族往来不绝，其中，哈密和北元瓦剌部交往较多。永乐四年（1404年），明廷设哈密卫，哈密也由此成为西域诸族与明廷通贡的要道，又是瓦刺与西域诸族及中原地区贸易的中继站和奴隶买卖的转运站，被蒙古封建主抢劫和俘虏的汉人往往从这里转卖到撒马儿罕等地。哈密也成为明廷与北元争夺的要地。

瓦剌历代统治者都非常重视与哈密的关系。一方面利用联姻和军事征伐相结合的手段控御哈密上层，另一方面又利用哈密等处回回商人善贾的特点，经常与其一起朝贡和经商。

瓦剌部西迁后，与哈密的联系愈发紧密，在控制哈密的局时，对哈密之东的沙州、罕东、赤斤蒙古诸卫也加以联接。迫使明廷先后设立罕东卫(今甘肃敦煌县东南，一说在青海湖东侧 )、沙州卫(今甘肃酒泉安西县西，敦煌县及其附近 )、赤斤蒙古卫（也先死后，沙州三卫与瓦剌关系才逐渐疏远。

瓦剌的先人斡亦剌在阿里不哥与忽必烈对峙时期，就逐渐南迁到科布多、阿尔泰山及哈密以北，与别失八里为邻。为争夺贸易通道，永乐六年（1408年），瓦剌曾出兵占领别失八里。而别失八里也曾联合东蒙古对瓦剌进行合围。此后，别失八里与瓦剌部多次开战，由于不敌瓦剌，永乐十九年（1421年）前后，别失八里汗不得不将妹妹嫁给也先。瓦剌势力也逐步扩展到天山以西。

十五世纪中期后，别失八里逐渐分成以吐鲁番为中心的东部和以喀什噶尔为中心的西部。为了垄断贡市之利，实行经济掠夺和土地扩张，吐鲁番封建主不断向东伸展，先后占有哈密、瓜州、沙州等地，至弘治八年（1491年）时，已把明在嘉峪关外之11个城池占为己有，并有意继续向关内扩张。此外，还常与瓦剌争夺对哈密的控制权。双方也时战时和。

明正德十二年（1517年），瓦剌趁明朝进攻瓜州之机，对吐鲁番进行攻击，接连攻吐鲁番三城，迫使其议和，但双方此后依旧保持时战时和的状态。但吐鲁番各封建集团之间，都力争与瓦刺通好，以为声援。而瓦剌为扩大牧地和积攒财富，也会尽量满足斗争双方请援的要求。

撒马儿罕位于瓦剌之西，是东方与中亚的中枢站，北元经常通过哈密专卖奴隶到撒马儿罕。为争夺进贡方物，瓦剌部曾劫邀、逼诱撒马儿罕贡去瓦剌，明天顺三年（1459年），瓦刺使节还曾遣使前往撒马儿罕。

北元初期，瓦剌向西北扩张的过程中，与其北邻乞儿吉思发生冲突，经过多年征战，十五世纪三十年代，乞儿思吉已成为瓦剌的属部。也先时期，一部分乞儿吉思人被迫从叶尼塞河上游逐渐向西南移动，也先离世后，乞儿吉思根据东西蒙古势力的起落决定向背 。

北元初期，瓦刺西南邻居哈萨克与乌兹别克为了攫取锡尔河沿岸城市，不断发生武装冲突。为集中力量对付乌兹别克，哈萨克在十五世纪后半叶至十六世纪中期基本与瓦剌保持良好的外交关系。但随着哈萨克势力的扩大，与瓦剌矛盾也日益尖锐。十六世纪后半期至十七世纪初，双方为争夺塔什干等贸易城市，屡次兵戎相见，哈萨克贵族曾一度占优势。另据《蒙古源流》所载，东蒙古阿勒坦汗在西征过程中也曾和哈萨克汗发生激烈火并。隆庆六年（1572年），阿勒坦汗部族曾行兵至托克摩克（即伊塞克湖西之托克玛克），在锡尔河畔击败哈萨克的阿尔克萨尔汗，掠其人畜及妃子。班师途中，又被阿克萨尔汗大败。

据《明史》载，自脱古思帖木儿被杀后，可汗之位传至坤帖木儿，全部被弑杀，不知帝号。明建文四年（1402年），元太宗窝阔台庶子合丹后裔鬼力赤篡立，称可汗，去国号，北元在之后改称鞑靼。

但在中外蒙古史学者的论著中，对于“北元”的史学范围存有争议，有学者比如达力扎布在《北元史研究三题》认为北元历史大致和明朝存续时期相仿即1368年统治全中国的元朝灭亡至1635年蒙古末代汗林丹汗之子额哲投降后金。格日勒图在《论北元政权》中以及戴鸿义在《关于北元史的几个问题》的文章中也有相似观点。其中，戴鸿义认为，这一时期的北元虽历经内部分裂，但和明朝有明显的疆域界限，基本不曾向明称臣，是独立于明朝之外的一个连续的政权。

薄音湖在《北元与明代蒙古》中却认为，脱古思帖木儿被杀后没有庙号，也速迭儿之后的历代君王也放弃了大元国号，不再设置年号，并按照蒙古旧制将政权改称为大蒙古国，而北元政权也就此消亡。在史学研究中，一般将14世纪中叶至17世纪中叶的蒙古史，称作明代蒙古史，并一般把从明朝建立至脱古思帖木儿败亡（1368年—1388年）视作北元的存续时间，持此观点的专家、学者的论述还有曹永年的《蒙古民族通史》，以及栾凡的《北元史》等。