太元年间，晋孝武帝下诏以司马柔之袭封齐王，延续司马攸和司马冏的祭祀，司马柔之历任散骑常侍。

元兴元年二月丁巳（402年4月6日），会稽王司马道子将要讨伐桓玄，命令司马柔之兼任侍中，带着旗帜驺虞幡宣布告慰江州和荆州。二月丁卯（402年4月16日），桓玄的前锋部队在姑孰击败了东晋的中央军，司马柔之和谯王司马尚之被杀害，朝廷追赠他为光禄勋。

司马柔之的儿子司马建之被立为齐王，刘裕接受禅让建立刘宋后，封国被撤除。