1927年任厦门南普陀寺住持、闽南佛学院院长。

1928年在南京发起成立中国佛学会，是年秋出国访问，历游英、法、德、比、美诸国，宣扬佛教。与英、法等国学者共同发起，在巴黎筹组世界佛学苑，为中国僧人去欧美传播佛教之始。

1931年在重庆北碚缙云寺创办汉藏教理院。

1943年组织中国宗教徒联谊会。

抗战胜利后，任中国佛教整理委员会主任。

1947年病逝于上海玉佛寺。

太虚法师对法相唯识深有研究，并主张把唯识思想应用于现实社会。主要著作有《真现实论》《法相唯识学》《起信论研究》《整理僧伽制度论》《太虚大师寰游记》等，门人辑有《太虚大师全书》行世。

一是整顿僧团，改革僧伽制度。也就是要从出家的主持僧（僧团）和在家的居士正信会两方面来整顿和振兴佛教。他积极支持和协助各地信众组织成立佛教正信会，为广大信众讲经说法。他主张以五戒十善作为在家信众的根本，培养善美的人伦道德，改善社会风尚。1913年，太虚在寄禅和尚的追悼会上，针对当时佛教丛林存在的积弊，就提出了“教理革命”“教制革命”“教产革命”的佛教三大革命，要求革除鬼神迷信，积极倡导大乘佛教自利利他的精神，去改善国家社会；教改革僧众的生活、组织制度，建立起适应时代需要的住持僧团；将按法派继承寺庙遗产的旧规变为十方僧众公有制，并作为供养有德长老，培养青年僧伽，兴办佛教事业之用。

二是提倡“人生佛教”，其内容是引导大众由“人乘”起行，简别天乘、声闻，以契合时代机宜，由人道的殊胜养成完满的人格；引导大众修六度四摄，统摄大乘诸法，以劝发菩萨行，通过践行圆渐之教而非圆顿之教来引发菩提心；要以趋向佛乘为归极，以成佛为宗旨，最终由此来实现人间净土。

太虚法师的“人生佛教”理论与他对于僧伽制度的改革互相呼应，对于当时及后世中国佛教的发展都产生了广泛而深刻的影响。