子囊壳呈球形、卵形或梨形，顶端有突起部分，内部为空腔，着生子实层，成熟时子囊孢子从子囊壳突出部分的顶端口孔散出。与囊腔菌类（Ascoloculares）的假子囊壳不同，内腔和口孔是作为单独结构形成的。链孢霉属和类壳属（Sordaria）等的子囊壳是单独产生的。但是蛹蕈等在接近棒状子座的鼓起的表面的菌丝组织内形成很多的子囊壳。