第87、88、89三条言《禹贡》孔传所注地名及状况在汉武帝后，此当是孔氏家族的后人所补入。

第104条“太康失国时母已不存，‘五人御母以从'乃妄语”，“（夏）启即位改元岁丙戌，年已八十九矣，所以享国仅七年，寿九十五而终。”“太康十九年岁辛亥方有失国之祸”，“（启）妃定与之齐年，……是仲康等御其母以从，母年当一百一十有四矣”。“然则太康失国时，固已无复母存矣。”

国朝阎若璩撰。若璩字百诗，太原人，徙居山阳。康熙己未荐举博学鸿词。古文《尚书》较今文多十六篇，晋魏以来绝无师说，故左氏所引，杜预皆注曰逸《书》。东晋之初，其书始出，乃增多二十五篇。初犹与今文并立，自陆德明据以作《释文》，孔颖达据以作《正义》，遂与伏生二十九篇混合为一。唐以来虽疑经惑古如刘知几之流，亦以《尚书》一家列之《史通》，未言古文之伪。自吴棫始有异议，朱子亦稍稍疑之。吴澄诸人本朱子之说，相继抉摘，其伪益彰，然亦未能条分缕析，以抉其罅漏。明梅鷟始参考诸书，证其剽剟，而见闻较狭，蒐采未周。至若璩乃引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪乃大明。所列一百二十八条，毛奇龄作《古文尚书冤词》，百计相轧，终不能以强词夺正理。则有据之言，先立於不可败也。其书初成四卷，馀姚黄宗羲序之。其後四卷又所次第续成。若璩没後，传写佚其第三卷。其二卷第二十八条、二十九条、三十条，七卷第一百二条、一百八条、一百九条、一百十条、八卷第一百二十二条至一百二十七条，皆有录无书。编次先後，亦未归条理。盖犹草创之本。

如据《正义》所载郑玄《书序》注，谓马郑所传与孔《传》篇目不符，其说最确，至谓马郑注本亡於永嘉之乱，则殊不然。考二家之本，《隋志》尚皆著录，称所注凡二十九篇。《经典释文》备引之，亦止二十九篇。盖去其无师说者十六篇，止得二十九篇，与伏生数合，非别有一本注孔氏书也。若璩误以郑逸者即为所注之逸篇，不免千虑之一失。又《史记》、《汉书》但有安国上古文《尚书》之说，并无受诏作《传》之事。此伪本凿空之显证，亦辨伪本者至要之肯綮，乃置而未言，亦稍疏略。其他诸条之後，往往衍及旁文，动盈卷帙。盖虑所著《潜邱札记》或不传，故附见於此，究为支蔓。又前卷所论，後卷往往自驳，而不肯删其前说，虽仿郑玄注《礼》先用《鲁诗》，後不追改之意，於体例亦究属未安。然反复釐剔，以祛千古之大疑，考证之学则固未之或先矣。

黄宗羲、纪昀、钱大昕、梁启超、胡适，钱穆等学者皆以为伪古文《尚书》的定案实归功于阎若璩，汪中认为阎氏《疏证》是“千余年不传之绝学”。梁启超认为自阎攻伪古文《尚书》得胜，渐开学者疑经之风。

梁启超《中国近三百年学术史》：“请问，区区二十篇书的真伪，虽辨明有何关系，值得如此张皇推许吗？答道，是大不然。这二十几篇书和别的书不同。二千余年来公认为神圣不可侵犯之宝典，上自皇帝经筵进讲，下至蒙馆课读，没有一天不背诵它。忽焉真赃实证，发现出全部是假造，你想，思想界该受如何的震动呢？学问之最大障碍物，莫过于盲目的信仰。凡信仰的对象，照例是不许人研究的。造物主到底有没有？耶稣基督到底是不是人？这些问题，基督教徒敢出诸口吗？何止不敢出诸口，连动一动念也不敢哩。若使做学问的都如此，那么，更无所谓问题，更无所谓研究，还有什么新学问发生呢？新学问发生之第一步，是要将信仰的对象一变为研究的对象。既成为研究的对象，则因问题引起问题，自然有无限的生发。

中国人向来对于几部经书，完全在盲目信仰的状态之下。自《古文尚书疏证》出来，才知道这几件“传家宝”里头，也有些靠不住，非研究一研究不可。研究之路一开，便相引于无穷。自此以后，今文和古文的相对研究，六经和诸子的相对研究，乃至中国经典和外国经典相对研究，经典和“野人之语”的相对研究，都一层一层的开拓出来了。所以百诗的《古文尚书疏证》，不能不认为近三百年学术解放之第一功臣。”

杨善群：《疏证》这样一部“辨伪”著作，自问世以来一直受到学术界的推崇，究其原因是由于疑古辨伪思潮的长期泛滥，加之《疏证》又运用了上述几种不合理的辨伪手法，许多学者未加深考，陈陈相因，给予其书一片喝彩声。