灵帝死后，内宫宦官和朝中重臣展开了争权夺利的斗争。光熹元年（189年）四月，蹇硕欲联合赵忠等宦官谋杀何进，赵忠等人反而帮助何进对付蹇硕，何进派黄门令捕杀蹇硕，接管其军队；接着何进又与董氏相争，在五月收捕骠骑将军董重，逼董太后回到河间，董太后忧怖而死。八月，何进谋诛宦官事败，张让、段珪等宦官杀死何进，司隶校尉袁绍、虎贲中郎将袁术和何进的部将带兵反攻，一下子又杀死两千多人。张让、段珪等无力还击，劫持刘协和少帝刘辩逃出宫外。尚书卢植、河南中部掾闵贡赶来后，张让、段珪跳入黄河自杀。闵贡扶着刘辩和刘协先到雒舍。之后刘辩独乘一马，刘协与闵贡共乘一马，从雒舍南行，公卿百官奉迎于北芒阪下。在回宫途中，在北邙山迎面遇上董卓率领的步骑奔腾而来。董卓与刘辩对话，语不可了；又与刘协对话，问起祸乱的来源，刘协却对答如流。董卓认为刘协比刘辩贤能，又自认为和收养刘协的董太后同族。于是从这时起，董卓就想废少帝，另立刘协为皇帝。

回到京城后，朝廷大赦天下，改元昭宁。董卓的军队完全控制了局势。他先逼少帝策免司空刘弘，自己身居其位；接着，以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。百官大惊失色，慑于董卓的淫威，谁也不敢表示反对。九月初一日，董卓宣布废黜少帝刘辩，立陈留王刘协为帝，是为献帝，改元永汉，时年九岁。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。

刘协登基后，董卓自封为相国，完全控制了中央政权。董卓的军队在洛阳劫掠财物，奸淫妇女，无恶不作。

中平六年（189年）十二月，朝廷下诏，除去光熹、昭宁、永汉三个年号，恢复中平年号。

初平元年（190年）正月，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。由于起兵的州郡都在关东，所以史称“关东联军”。许多地方豪强响应了这次起兵，带着自己的私兵万里相赴，自此正式拉开了东汉末年军阀混战的序幕。关东军共推渤海太守袁绍为盟主，讨伐董卓。董卓于是在本月十二日（190年3月6日）指使弘农国郎中令李儒毒杀弘农王刘辩。

二月十七日，董卓下令迁都长安，焚烧雒阳宫庙，令京城百姓全部迁入关中，而董卓自己仍然留在雒阳的毕圭苑中。这时，司徒王允主持具体政务。他表面上依附董卓，暗中心向汉室，身边聚集了一批朝中官员。三月五日，车驾到达长安。长安自赤眉之乱后，宫室焚毁，刘协当时只能居住在高庙、京兆府舍中，后来，刘协进入未央宫。

当时的关东联军，有人认为汉灵帝失道，使天下叛乱，刘协幼弱，是被董卓拥立，又不识母氏所出，而宗室幽州牧刘虞宿有德望，以袁绍、韩馥为首的诸侯建议立其为帝，更声称“西名有幼君，无血脉之属”、“帝非孝灵子，欲依绛、灌诛废少主迎立代王故事”，这个建议遭到了袁术、曹操的反对。

初平二年（191年），袁绍、韩馥遣使劝刘虞即尊号，刘虞始终不接受。韩馥等人请刘虞领尚书事，刘虞又不许。之后，刘虞派人出使长安，当时刘虞的儿子刘和在朝廷担任侍中，刘协见到使者大喜，想凭借刘虞的力量还都雒阳，就派刘和潜出武关求援，但刘和先后被袁术、袁绍控制，求助刘虞的计划也以失败告终。这一年，董卓自封太师，孙坚率军攻入雒阳，董卓退往长安，留下诸将分屯诸县抵御关东军。董卓入长安后，僭拟车服，乘金华青盖，又大封自己亲信，宗族内外并居高位。此时关东其余州郡牧守正热衷于互相兼并以壮大自己的力量，扩张地盘，无意西讨董卓。长安方面就转而依靠内部的力量来推翻董卓。

初平三年（192年），司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、中郎将吕布密谋刺杀董卓。吕布本为董卓的亲信，两人曾结过义父子关系。董卓性格暴烈，有一次吕布为一桩小事违背了董卓的意图，董卓拔出手戟就向吕布投去。吕布慌忙躲开，事后又向董卓俯身请罪，才算作罢。由此二人有了隔阂。四月，刘协患病初愈，在未央殿大会朝中百官。董卓身穿朝服，乘车入朝。从军营到皇宫的道路两侧警卫密布，左侧是步兵，右侧是骑兵，戒备森严，由吕布等在前后侍卫。王允命士孙瑞自己书写诏书交给吕布。吕布让同郡人骑都尉李肃与勇士秦谊、陈卫等十余人冒充卫士，身穿卫士的服装，埋伏在北掖门等待董卓。董卓一进门，李肃举戟刺去，董卓内穿铁甲，未能刺入，只伤了他的手臂，跌到车下。董卓回头喊吕布，但被吕布刺死。董卓死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政，并令张种为使抚慰山东。

王允得手后，打算解除凉州众将的兵权，董卓部将李傕、郭汜、张济、樊稠、贾诩等人人自危，于是起兵作乱，攻打京师。六月一日，长安城沦陷，太常种拂、太仆鲁旭、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀战死，吏民遇害者有一万多人，吕布战败逃走。

王允带着刘协到宣平城门楼上，对着李傕等人问道（一说是刘协问李傕）：“臣子无作威作福，而放兵纵横，这是想干什么？”李傕回复：“董卓忠于陛下，而无故被吕布杀害。臣等为董卓报仇，不敢作逆。等事情结束后，我们自会前往廷尉处受罚。”于是大赦天下，拜李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人皆为中郎将。李傕等人围住门楼，共表请王允出来，又问：“太师何罪？”王允无奈，只得下楼。

本月七日，李傕将黄琬、王允全家处死，百姓闻之莫不流涕。刘协也为王允而感恸。

当初，王允上奏：“太史令王立，说《孝经》六隐事，能消除灾邪，有益于圣体。”刘协认为：“听闻王者应该修德，不闻孔子制《孝经》，凭此能驱除灾邪。”王允固请：“王立学识深厚，此圣人秘密神奥，实行也没有损失。”刘协于是同意。常在吉日，王允与王立入宫，为刘协讲诵孝经一章，以丈二竹簟，画九宫其上，随日时出入。王允遇害后，王立便不再入宫讲诵。

八月，令太傅马日磾、太仆赵岐持节慰抚关东。

九月，李傕升为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯，张济被封为镇东将军，贾诩担任尚书。李傕、郭汜、樊稠三人把持朝政，张济则外出屯驻弘农。

初平四年（193年）正月，出现日食。未晡八刻，太史令王立奏：“日晷过度，未有变化。”朝臣都庆贺，结果未晡一刻而蚀。尚书贾诩奏：“王立伺候不明，疑误上下。太尉周忠，职所典掌，请皆治罪。”刘协下诏：“天道遥远，事验难明，况且灾异应政而到，虽然能够预见，又岂能保证万无一失？而要归咎于史官，更加说明我失于恩德。”于是避正殿，息兵、不理政事五天。

夏季时，大雨连下二十日，大风如同冬时。五月，刘协令侍御史裴茂讯狱，赦免了两百多个轻罪的人。其中有被李傕陷害而下狱之人，李傕不愿赦免他们，于是上奏裴茂擅自放出囚徒，请求收捕裴茂。刘协不从，下诏：“灾异频繁出现，阴雨为害，使者奉命宣布恩泽，赦免轻罪之人，是顺合天意，怎有解除冤结又怪罪他的道理？一切勿问。”

七月，由于大多数宫人缺少衣服，刘协想发太府丝织给宫人制作衣服，李傕不愿，说：“宫中有衣服，何必要再做？”尚书郎吴硕素来奉承李傕，便附和道：“关东还没平定，国家费用不足，陛下宠爱之人穿的衣服，已经远凌驾于群僚了。”尚书梁绍上书请治吴硕之罪，刘协以他受李傕宠爱而不许。

九月，朝廷为数十位儒生举行考试（一说为七月事），成绩优异者拜为郎中，次等者拜为太子舍人，下等者罢。刘协下诏：“孔子感叹‘学之不讲’，不讲则学过的知识容易遗忘。现在有些老年儒生，已经过了六十岁，离开故乡，为了谋生，学业荒疏。从儿童起开始入学，直至头发皓白空手而归，不得不在田间劳作，断绝了入仕的愿望。朕甚为怜悯，那些依科被免的儒生，任命为太子舍人。”当时长安城中流传了一首民谣，说：“头白皓然，食不充粮。裹衣褰裳，当还故乡。圣主愍念，悉用补郎。舍是布衣，被服玄黄。”十月，太学举行典礼，刘协临幸永福城门（一作宣平城门），亲自观看典礼，赐博士以下各有差。

兴平元年（194年）正月十三日，大赦天下，改元兴平。十六日，刘协举行加冠礼。二月一日，有司奏请立长秋宫，刘协下诏说：“皇妣（刘协生母王荣）宅兆未卜，三年之戚，礼不言吉。朕虽然不能终身思慕，但何忍言后宫之选？”于是太尉朱儁、司徒淳于嘉、司空张喜上奏：“春秋之义，母以子贵。应该改葬皇妣，追上尊号，按照以前穆宗（汉和帝）、敬宗（汉顺帝）的事。”五日，刘协追谥母亲王荣为灵怀皇后。七日，王荣改葬于文昭陵。

三月，马腾与种邵、刘范、杜禀共同攻打李傕，刘协派人劝解，马腾等人执意不从。李傕令郭汜、樊稠、李利出兵，在长平观击破马腾军，斩杀种邵等人。

战后，李傕令郭汜、樊稠开府，与三公合为六府，参与选举官吏。李傕等人各选用自己所举之人，稍有违反就会生怒。主者深以为患，只得按顺序选用他们所举之人，先从李傕起，郭汜次之，樊稠次之。而三公举荐之人，始终没有起用的机会。

六月一日，分凉州河西诸郡为雍州。自四月至七月，未曾下雨，刘协下诏让侍御史侯汶洗囚徒，赦免罪行较轻的犯人。这一年三辅地区大旱，谷价腾贵，谷一斛五十万，豆麦一斛二十万，长安城中甚至发生了人吃人的事件。刘协下诏令主者卖掉厩马一百多匹（一说两百多匹），御府大司农出两万匹杂缯，与卖马得来的钱一同赐给公卿、贫民，李傕说：“我邸阁里的物资少。”于是强行把这些东西带到自己营中。

刘协又命令侍御史侯汶出太仓米豆煮粥救济百姓，但因为粮食不够仍然有很多人饿死。刘协怀疑侯汶没有如实用全部粮食赈济灾民，而是趁机侵占公粮，于是派侍中刘艾取米、豆各五升在自己面前熬成粥，最后可以煮出两盆，证实是侯汶作弊。于是，刘协派刘艾出去责问尚书：“米豆五升能做出两盆粥，而百姓依旧疲乏，这是为何？朕怜悯他们！百姓不能过好，故部使者取出米豆，希望对此有益。御史却未有体恤过，该当如此吗？”尚书令以下都前往省阁认罪，上奏收捕侯汶考实。刘协下诏：“未忍至于理，可杖五十。”之后，长安城中饥民得到了救济。

兴平二年（195年）二月，李傕杀樊稠，与郭汜在长安城中各自拥兵相攻。三月，安西将军杨定与郭汜合谋劫持刘协，事情泄露，李傕便先派李暹率兵包围皇宫，用三乘车迎接天子，刘协乘坐一车，贵人伏寿乘坐一车，贾诩、左灵乘坐一车，其余人步行跟随。当时司徒赵温、司空张喜听闻此事，都离开府第跟随刘协。乘舆离开后，李傕的士兵进入殿内钞掠宫人、御物。同日，刘协到达李傕营中，李傕又放火焚烧宫殿、官府、民居。

刘协派太尉杨彪、司空张喜、尚书王隆、光禄勋邓渊、卫尉士孙瑞、太仆韩融、廷尉宣璠、大鸿胪荣邵、大司农朱儁、将作大匠梁邵、屯骑校尉姜宣等十几人前往郭汜营中劝和，郭汜却把他们全部扣留。

四月，刘协以贵人伏寿为皇后，并拜其父伏完为执金吾。李傕手下中郎将张苞、张龙与郭汜合谋诛杀李傕。郭汜趁夜出兵，令军队弓弩齐发，箭矢贯穿了李傕的左耳，又射到了刘协的楼帷帘中。后来李傕手下大将杨奉前来救援，郭汜军才退走。同日，李傕把刘协带到北坞，只有伏皇后、宋贵人等人跟随刘协。李傕设反关校尉监察刘协，隔绝内外。当时盛夏酷暑，宫人、侍臣之前不得携带谷米跟随刘协，入门又有禁防，不能外出购买。侍臣忍饥受渴，刘协请求李傕给五斛粳米、五具牛骨，以赐宫人、侍臣。李傕说：“朝晡之时已经上过饭了，还要米做什么？”于是只送来几具放了很久的牛肉牛骨，都已经臭到不能吃了。刘协大怒，想要责备李傕，因侍中杨琦劝谏而止。

五月，李傕想把刘协迁移到黄白城。当时司徒赵温因受到李傕猜忌而被关在坞中，他得知此事后，写信责备李傕，李傕大怒，要斩杀赵温，被从弟李应劝止。刘协听闻赵温责备李傕，对侍中常洽说：“李傕不明善恶，赵温言语过激，实在令人担忧。”常洽回答：“李应已经化解此事了。”刘协方才安心。

李傕觐见时，身上带着三把刀，手上还拿着鞭子。刘协身边的侍中、侍郎见到李傕携带武器觐见，都感到担心，也持着刀剑，先护卫在刘协身边。李傕面对刘协，要么说“明陛下”，要么说“明帝”，经常向刘协说郭汜的坏话，刘协也只顺从其意，李傕大喜，出去后说道：“明陛下真是贤主啊。”李傕虽然喜欢讨好刘协，但仍然不想让侍臣携带武器站在刘协身边，便对人说道：“这帮人都握着刀，是欲图谋害我吗？”侍中李祯与李傕同州，两人关系友好，李祯就对李傕说：“侍臣之所以持刀，是因为现在身在军中，不得不持，此是国家故事。”李傕这才打消了怀疑。

闰五月，刘协令谒者仆射皇甫郦去劝和李傕、郭汜。郭汜接受诏命，而李傕不从。刘协得知皇甫郦劝说李傕时言辞过切，担心他为李傕所害，于是让他离开长安。十一日，刘协令左中郎将李固持节拜李傕为大司马，位在三公之上。

六月，李傕大将杨奉与侍中杨琦、黄门侍郎丁冲、锺繇、尚书左丞鲁充、尚书郎韩斌、军吏杨帛共同谋诛李傕，恰逢李傕因其他事杀死杨帛，杨奉便率兵投向郭汜。

同月，镇东将军张济从陕县来到长安劝和，刘协思念旧京雒阳，遣使向李傕请求东归，前后十次方得允许。李傕、郭汜答应和解，许诺以各自的爱子做人质，李傕的妻子喜爱儿子李式，不愿以他为质。议和未定，之前受李傕邀请的羌胡兵马前来，多次到省门窥探，说：“天子在这里面吗？李将军许诺给我们宫人美女，现在都在哪？”刘协深以为患，让侍中刘艾对宣义将军贾诩说：“您之前奉职尽忠，因此一直受陛下荣宠。如今羌胡为患，您应该为国家想想应对的方案。”贾诩邀请羌胡大帅前来饮食，并许诺加以封赏，羌胡满意而离开。李傕势力衰弱，只得答应和解，于是李傕、郭汜各自以女儿作为人质，并封为君，食邑。

七月，刘协出长安东归，车驾到达宣平门，即将渡桥。郭汜的士兵拦住桥问：“车上是天子吗？”车驾不得向前，李傕的士兵皆拿戟护在乘舆左右，侍中刘艾大呼：“车上正是天子！”让侍中杨琦高举车帷。刘协对士兵说：“你们不退后，怎么还敢逼近至尊？”郭汜士兵方才撤退。车驾成功过桥，士民皆称万岁。夜间，车驾到达霸陵，张济带着饮食供给百官，李傕引兵出屯池阳。刘协以张济为骠骑将军，封平阳侯，假节、开府如三公；郭汜为车骑将军，杨定为后将军，封列侯；杨奉为兴义将军，董承为安集将军，又追封乳母吕贵为平氏君。张济回到陕县，郭汜等人则跟随刘协东归。

郭汜建议让刘协前往高陵县，百官则认为应该前往弘农，大会商议不决。刘协让尚书郭溥去请郭汜同意，郭汜不从，刘协感慨道：“祖宗陵墓都在雒阳，灵怀皇后的陵墓修好后，我未曾去看过一次。我梦想东归，夜以继日，而郭汜还想把我带到西边去吗？”说罢，终日不肯吃饭。郭汜便提出：“可以先到附近的一个县城里。”

八月六日，车驾到达新丰。张济指使尚书徵召在河西担任太守的刘玄入朝，想让自己的亲信代替。刘协说：“刘玄在郡多年，若有功绩，则当升迁；若无功绩，则当责罚，为何无故徵召他呢？”尚书于是向刘协谢罪。刘协将此事归罪于尚书，又下诏：“张济有拔车驾之功，何故不上表而请求私事呢？切勿问罪。”张济闻知，免冠赤足前来赔罪。后将军杨定请求让侍中尹忠担任自己府中的长史，刘协说道：“侍中是天子近臣，如果担任不合适的职位，必会被关东笑话。之前在长安，是因为李傕专政。如今朕秉持万机，岂可再次胡乱封官赐爵呢？”刘协时年十五岁，每事出于胸怀，皆如此类。

九月九日，刘协与公卿、近臣一同饮宴，在离席前，士孙瑞称故司徒王允、故司隶校尉黄琬对国家有功，可听允恭等葬。

十月一日，郭汜与党羽夏育、高硕一同作乱，并指使其将领伍习趁夜烧毁学舍以威逼乘舆。当时火起不止，侍中刘艾建议到一个军营里躲避火灾，杨定、董承便带兵将刘协转移到杨奉营。夏育等人想阻挡乘舆，杨奉与杨定率军迎战，击败叛军，斩首五千级，郭汜败逃南山。

五日，车驾到达华阴，宁辑将军段煨携带物资迎驾，请求刘协进入他的营寨。段煨与杨定有过结，迎乘舆时不敢下马，只在马上作揖。侍中种辑和杨定关系好，便声称段煨谋反。刘协问：“段煨前来迎驾，为何说他谋反呢？”种辑回答：“段煨迎驾不到边界，拜礼不下马，脸色有变，必有异心！”太尉杨彪、司徒赵温、侍中刘艾、尚书梁绍等人说：“段煨没有反意，臣等敢以性命担保！车驾可进入他的营中。”董承与杨定又诬陷：“郭汜来到段煨军营了。”刘协问：“你们怎么知道的？”左灵和文祯抢答：“是弘农郡的督邮得知的！”故而胁迫督邮说：“今天郭汜率七百骑兵进入了段煨营帐。”刘协这才相信，下令车队停在路边休息。

十日，杨定、杨奉、董承即将进攻段煨营寨，让种辑和左灵请求下诏，刘协说：“王者攻伐，应该上参天意、下合民心。司寇行刑时，君王尚且应该废食撤乐，而你们却要朕为此下诏吗？”种辑力请到夜半，刘协依旧不许，杨奉等人便擅自攻打段煨营寨，连续十多天无法攻克，而段煨依旧侍奉百官，终无二心。司隶校尉荣邵认为当以返回雒阳为重，不宜继续攻打段煨，杨定记恨，便让杨奉向刘协请求荣邵担任自己副手，想趁机杀死他，刘协知道杨定用意而不许。最后下诏使侍中、尚书告喻，杨定等人便奉诏回营。

李傕与郭汜后悔让刘协东归，便以救援段煨为由引兵追击，实欲劫回刘协。杨定为郭汜军所阻，转而出逃荆州。十一月，车驾到达黄卷亭。同月初三庚午，行至弘农县，张济向杨奉、董承提出交换人质而将乘舆停留在弘农，二人不肯，向刘协请求继续前进，张济便联合李傕共同劫驾。同日，双方在弘农东涧大战，王师大败，卫尉士孙瑞、大长秋苗祀、步兵校尉魏桀、侍中朱展、射声校尉沮儁遇害。此战中，百官、士卒死者不可胜数，女眷辎重，皇室的各种器物典籍全部被丢弃。

车驾到达曹阳，杨奉、董承等人假意请和，暗中派人到河东请故白波帅胡才、李乐、韩暹及匈奴右贤王去卑护驾。韩暹、去卑等率数千骑兵到来，与杨奉、董承大破李傕，斩首数千级，乘舆得以前进。

刘协令侍中史恃、太仆韩融携带诏书前去说服张济。当时董承等人提议趁胜东进，刘协说：“李傕、郭汜自知罪恶深重，于是起兵冒犯，残害吏民。可以等到韩融回来，再商议进退之事。”董承则坚持认为应该立即前进。

十二月，车驾继续前进，董承与李乐保护车驾左右，杨奉、胡才、韩暹、去卑断后。李傕再次发动追击，在曹阳大破王师，光禄勋邓渊、卫尉宣璠、少府田芬、御史邓聘、大司农张义等人战死。当时局势混乱，李乐建议刘协上马逃走，刘协拒绝道：“不可，舍弃百官而去，这是何等罪过！”

遭难之后，虎贲羽林卫士不满百人，李傕、郭汜的兵士绕着营寨大声呼喊，众人都有离去的心思，李乐感到恐慌，想让刘协乘船往东直接抵达孟津。刘协说：“千金之子，坐不垂堂。孔子尚且担心暴虎冯河之事，这并非安居之道。”太尉杨彪说：“臣是弘农本地人，从此地向东有三十六个险滩，不能让陛下乘船冒险。”宗正刘艾附议：“臣以前担任过陕县令，也知道险滩的危险。以前这里有船夫，乘船仍有危险，何况如今还没有船夫？太尉所虑极是。”董承等人赞同，于是打算渡黄河向北前往河东郡，令李乐连夜去对岸准备船只，并约定举火为应。

船只准备妥当后，刘协与公卿步行出营，到达黄河边。岸高十多丈，无法下去，公卿便商议让缰绳系住刘协的腰放下岸边。当时伏皇后的哥哥伏德认为缰绳不能系腰，于是提议自己手里的细绢代替。校尉尚弘用细绢把刘协背在身上，然后下岸，其余人或是从岸侧匍匐而下，或是从岸上直接跳下，死伤数量已不得而知。到达河边时，士卒争相上船，不可禁制，董承与李乐便用戈击打士卒，斩断的手指落在船上，已经多到能用手捧起来。刘协登船后，同船共渡的仅有伏皇后、宋贵人、郭赵两位宫人及杨彪、董承等数十人。

刘协到达河东郡大阳县后，止于人家，然后居住在李乐营中。行至安邑县，河东太守王邑携带物资迎驾，刘协派太仆韩融回到弘农，向李傕、郭汜请和，李傕同意和解，于是释放了擒获的百官、宫人妇女，并归还劫掠到的乘舆、器服。

当时蝗灾大起，干旱无谷，后宫以枣菜为食物。刘协居住在棘篱中，门户无关闭。刘协与群臣大会时，兵士趴在篱上观看，互相镇厌作笑。护驾诸将专权，有的人擅自将尚书拷打至死。司隶校尉出入时，民兵拿东西扔向他。诸将有的让婢女前往省阁传话，有的带着酒食去请刘协饮用，侍中不准，就破口大骂，不能制止。又上表拜各营中民为部曲，索求馈赠。医师、走卒皆封为校尉，御史无力刻够所有校尉印，诸将就自己拿锥刻印，乱刻文字，有的人仍没有得到校尉印，就先当官后授印。上下混乱，粮食殆尽，于是杨奉、董承、韩暹等人谋划护送乘舆到雒阳。不久后，河内太守张杨从野王前来护驾，被任命为安国将军。

建安元年（196年）正月，刘协在安邑郊祀上帝，大赦天下，改元建安。当时董承、张杨依旧决定护送乘舆去雒阳，杨奉、李乐则反悔，因此诸将错乱、互相猜疑，张杨回到野王。二月，韩暹率军攻打董承，董承逃到野王依附张杨。韩暹屯兵在闻喜县，杨奉与胡才又谋划攻击韩暹，因刘协劝解而止。

五月，刘协派人请杨奉、李乐、韩暹护送车驾到雒阳，杨奉等人听从。六月，车驾到达闻喜，杨奉、胡才再次后悔，与李乐商议带乘舆西还，于是假称“应该去渑池东边，以躲避匈奴。”刘协不从。车驾从北道出，靠着山向东面前进，沿路并没有匈奴出现，李乐感到羞愧，离开了护驾队伍。当时粮食缺少，张杨从野王前来迎接乘舆，赈给百官。

建安元年（196年）七月一日，刘协在杨奉、韩暹等人的护送下回到雒阳，居住在已故的中常侍赵忠家中，又令张杨修建宫殿，张杨以自己护驾有功，于是将殿命名为“杨安殿”。八月八日，刘协进入南宫杨安殿，张杨回到野王，杨奉也出屯梁县。十日，刘协拜张杨为大司马，韩暹为大将军、领司隶校尉，杨奉为车骑将军。当时宫室烧尽，百官生活艰苦，依在墙壁之间。州郡各拥强兵，无人愿意前来。群臣饥困，尚书郎以下亲自外出采稆，有的饿死在墙壁间，有的被吏兵杀害。而韩暹等人仗着护驾之功，肆意妄为，干乱朝政，董承深以为患，密召兖州牧曹操亲自去雒阳。

同月十八日，曹操入雒阳进贡，给公卿以下分发粮食，并趁机上奏韩暹、张杨之罪，韩暹畏罪投奔杨奉。刘协以两人有护驾之功，下诏不得问罪，又命曹操领司隶校尉，录尚书事。同日，朝廷诛杀侯祈、冯硕、台崇三人，以讨有罪之臣；封董承、伏完、丁冲、种辑、锺繇、郭溥、董芬、刘艾、韩斌、杨众、罗邵、伏德、赵蕤十三人为列侯，以赏有功之臣；追赠沮儁为弘农太守，以表彰死节之臣。

当时雒阳残破，刘协在曹操的建议下，迁都到豫州颍川郡的许县（今河南许昌）。车驾东进，杨奉、韩暹率军追击，却在阳城山峡被曹操伏击大败。九月，刘协到达许县，居住曹操营中，设司营宗庙社稷。自迁都长安开始，朝廷混乱，直到此时王制节度才确立起来。刘协以曹操为大将军，封武平侯，不久后，又拜曹操为司空，行车骑将军事。

迁都许县后，刘协思念王允忠节，诏令改葬王允，遣虎贲中郎将奉策书吊祭，赐予东园秘器，赠予本官印绶，将棺椁送回原本郡安葬，封王允之孙王黑为安乐亭侯。又追论士孙瑞之功，封其子士孙萌为澹津亭侯。

刘协本人喜好文学，荀悦、荀彧、孔融常在宫中侍讲，朝夕谈论。

建安二年（197年），故太傅马日磾、故兖州刺史金尚的遗体被运到京师。金尚生前不屈袁术，在袁术僭号后图谋逃归朝廷而被害，刘协嘉奖他的忠烈，下诏令百官吊祭，并拜其子金玮为郎中；而马日磾生前曲媚贼臣，因此未被礼葬。

从兴平元年（194年）到建安二年（197年），四年内，咸阳萧条。当时的三辅地区，自李傕郭汜相争、车驾东归后，长安城空四十余日，强者离去，弱者相食，两三年间，关中再也没有行人的足迹。建安二年（197年）十月，刘协遣谒者仆射裴茂督三辅诸军讨伐李傕。

建安三年（198年），裴茂率段煨等关西诸将斩杀李傕，并夷灭其三族。李傕的首级被送到许县，刘协下诏将其高挂示众。

当时中原地区袁绍和曹操两大军阀正进行着频繁的政治和军事斗争。孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，韩遂、马腾占有凉州，公孙度盘踞辽东。刘协东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。迁都许县后，刘协是一个没有实权的皇帝，只能“守位”，汉廷百官也只是“备员而已”。议郎赵彦曾为刘协陈述时局对策，曹操听说后将赵彦杀死。其后曹操觐见刘协，刘协愤怒地说：“君若能相辅，则厚；不尔，幸垂恩相舍！”按照汉朝制度，曹操这种“三公”带兵觐见皇帝是有虎贲持刀挟行的，所以曹操听到刘协这番话之后大惊失色，请求马上离开，离开后顾视左右，汗流浃背，此后不再觐见刘协。

建安四年（199年），刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承连结天下义士设法诛杀曹操。董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、议郎吴硕、偏将军王子服等一起密谋。董承等人尚未行动，曹操就派遣刘备出征，拦截欲图北上的袁术。

六月，袁术病死。起初，张让等人劫天子出逃时，传国玉玺被掌玺之人投入井中；后来孙坚入雒阳，得到玉玺，袁术又拘禁孙坚夫人而夺走玉玺。袁术死后，玉玺为徐璆所得。徐璆来到许县，将其献给刘协，自此传国玉玺重归汉庭。

建安五年（200年）正月，衣带诏事情败露，董承等人都被曹操诛杀，董贵人也即将被处死，当时董贵人怀孕，刘协多次向曹操请求，仍不能保住贵人性命。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。

建安五年（200年）七月，刘协封皇子刘冯为南阳王，同月刘冯便逝世。九月日蚀，刘协下诏公卿各上封事，靡有所讳。

建安十三年（208年）六月，汉朝废三公官，重新设置丞相、御史大夫，刘协令太常徐璆持节，拜曹操为丞相。

建安十七年（212年），加曹操赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿，如萧何故事。九月（一作七月），刘协封其子刘熙为济阴王，刘懿为山阳王，刘邈为济北王，刘敦为东海王。这一年，光禄大夫荀彧去世，刘协哀惜荀彧，祖日为之废燕乐。

建安十八年（213年）正月，济北王刘邈加冠户外以见父母，刘协令给事黄门侍郎刘瞻兼任侍中，假貂蝉加济北王。三月，汉朝恢复九州制，将天下十四州并为九州。省去司隶、并州、幽州、凉州、交州，于是天下为兖、豫、青、徐、荆、扬、冀、益、雍九州。五月，曹操使刘协封自己为魏公，以冀州十郡为魏国，并加九锡。

七月，曹操将女儿曹宪、曹节、曹华嫁给刘协，朝廷令大司农王邑带着束帛玄纁五万匹出使邺城，其中年幼的暂时留在魏国，等到长大了再入宫。第二年，三人皆被封为贵人。

建安十九年（214年）三月，使魏公位在诸侯王之上，令裴茂持节印出使，授曹操金玺，赤绂、远游冠。十一月，伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟刘协废黜伏皇后，并代刘协写好了废黜伏皇后的诏书。接着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵入宫搜捕皇后。伏皇后藏到宫中的夹墙里，被华歆拖出。伏皇后披头散发赤脚走出，向刘协哭诉求救，刘协无奈地说：“朕也不知道自己的生命什么时候结束！”回过头来对郗虑说：“郗公！天下有这道理吗？”伏皇后被幽禁而死，刘协与她所生的两位皇子亦以毒酒毒杀，伏氏宗族百余人被处死。

建安二十年（215年）正月，立曹操之女曹节为皇后。九月，曹操平定巴汉后，刘协以曹操典任于外，临事封赏不宜拖延，遂下诏命曹操承制封拜诸侯守相。

建安二十一年（216年），令宗正刘艾持节拜魏公曹操为魏王。

建安二十二年（217年）四月，令曹操设天子旌旗，出入称警跸。十月，又命曹操王冕用十二旒，乘金根车，驾六马，设五时副车，魏国以五官中郎将曹丕为魏太子。

建安二十三年（218年）正月，汉太医令吉本、少府耿纪、丞相府司直韦晃、京兆人金祎、吉本之子吉穆、吉邈在许都起兵，吉邈等人图谋杀死丞相长史王必，挟刘协以攻魏、南援刘备，却被王必与颍川典农中郎将严匡击杀。

建安二十四年（219年），江东的孙权上书向魏王曹操称臣，并称说天命。曹操手下的臣子也借此机会陈说“汉祚已尽”，劝曹操顺应天命，曹操说：“若天命在吾，吾为周文王矣。”

建安二十五年（220年）正月庚子日，曹操去世，其子曹丕继位。三月，改元延康。其时，中原腹地的和平已成定局。除旧布新，建立新朝，已经是人心所向。各种力量都在推动曹丕采取行动。那些曹氏部属也在设想着如何弹冠相庆，如何分新朝一杯羹。魏王国的臣子前后数次劝魏王曹丕登基，刘协也不得已，将帝位禅让给曹丕，曹丕屡次上书拒绝，在魏国的三公九卿、尚书令等皆上书劝进后，才表示接受禅让。

延康元年十月乙卯日（220年11月25日），刘协退位，告祭祖庙，使张音奏玺绶诏册，禅位于曹丕。辛未日，曹丕在繁阳亭登上受禅坛，接受玉玺，即皇帝位。随即进入许都，改延康元年为黄初元年，国号为魏，大赦天下。

曹丕登基后，以河内郡的山阳县，封刘协为山阳公，以山阳的浊鹿城为都，食邑一万户，位在诸侯王之上，奏事不称臣，受诏不拜，并允许在封地奉汉正朔和服色，建汉宗庙以奉汉祀。刘协四个之前被封为王的皇子降为列侯。曹丕追尊曹操为武皇帝，庙号太祖。曹丕还说了句客气话：“天下的好东西，我当与山阳公一起享受。”

当时盛传刘协退位后被杀，身在蜀地的刘备信以为真，便下令为刘协发丧，并追谥为“孝愍皇帝”。次年，刘备以汉室宗亲的身份即皇帝位，史称“蜀汉”。

黄初四年（223年）十二月，曹丕赐曹节汤沐邑，又封刘协的女儿刘曼为长乐郡公主，食邑各五百户。

青龙二年三月庚寅日（234年4月21日），刘协寿终正寝，魏明帝曹叡率群臣亲自哭祭。八月壬申日（9月30日），以汉天子礼仪葬于禅陵。谥号为孝献皇帝。下葬时魏明帝“制锡衰弁绖，哭之恸”，并立刘协的嫡孙桂氏乡侯刘康为山阳公。

《全后汉文·卷八》载有刘协在位时所下的二十多道诏书。

刘备：曩者董卓造为乱阶，自是之后，群凶纵横，残剥海内。赖陛下圣德威灵，人神同应，或忠义奋讨，或上天降罚，暴逆并殪，以渐冰消。

诸葛亮、关羽、张飞、黄忠、赖恭、李严：伏惟陛下诞姿圣德，统理万邦，而遭厄运不造之艰。

曹叡：

张纮：

蔡邕：陛下天地之大德，听纳大臣，扶饰文学。

徐钧：卓操余凶事可知，空临南面竟何为。奔驰关洛还迁许，终作奸雄盗取资。

赵翼：其时献帝已三、四十岁，非如冲主之可无顾虑也，然一切用人行政、兴师讨伐，皆自邺出令，莫敢有异志。

顾瑗：奸雄利时危，乘闲志乃骋。时岂无忠良，出语剑在颈。哀哉建安君，厉阶遂为梗。戎马走仓皇，流萤借余景。运际田篡齐，数应吴入郢。幽囚浊尘城，不死实为幸。

蔡东藩：若太后少帝及陈留王，被劫宦官，几濒于死，妇人小子，知识愚蒙，任人播弄，尚不足怪焉。

柏杨：①别瞧这个九岁娃儿，却跟我小时候一样，口齿伶俐，头脑清楚。②九岁小娃，有屁圣德。

胡安·冈萨雷斯·德·门多萨：这个献帝，是个懦弱的人，因此遭到了国内人民的憎恨。

谥号之议

刘协去世后，王肃上疏认为应该给其“皇”的谥号，魏明帝没有同意，追谥其为汉孝献皇帝。

汉献帝死在葬于禅陵，其地位于今河南省焦作市修武县方庄镇古汉村南，南距修武县城约23公里，北依太行山，其余三面皆为平原。陵东南400米处有一低矮山丘，因禅陵在此而得名，曰古汉山。北约5公里的太行山中有一幽静凹区，曰百家岩，内有一高约10米的高台，当地群众相传，汉献帝常来此避暑游玩，高台上建有汉献帝庙。陵北500米处是因陵而得名的古汉村。

汉献帝陵坐北朝南，陵内有两个陪葬墓。一个陪葬墓位于禅陵东北130米处。此冢封土原比禅陵略小，但大部分已被平掉，所剩封土平面直径约2米，高约1米。另一个陪葬墓位于禅陵东南80米，封土呈半圆状，筑夯，现有高度约2.5米。

汉献帝陵保存的两通碑：一块是汉禅陵基址碑：青石质，上圆下方，高1.4米，宽0.55米，厚0.23米，上刻“碑记”二字，碑文小楷，阴刻。另一块是汉献帝陵寝碑：碑为青石质，上圆下方，高1.55米，宽0.585米。楷书，阴刻。

汉献帝陵现存封土，由于长年自然和人为破坏，现呈不规则方形土冢，南侧和西侧均已呈直立状。现存每边长约20余米，周长100余米。封土夯筑，但夯层不明显，夯土中包含有汉代筒瓦、板瓦和鹅卵石。新发现的清代“汉禅陵基址碑记”和“汉献帝陵寝碑”立于冢前。

罗贯中所著《三国演义》中，塑造的刘协是一个懦弱无能的傀儡形象。先是被董卓挟持，后又落到李傕、郭汜手中，在董承等人的帮助下逃出狼口后，再一次被曹操挟天子以令诸侯。等到曹操死后，其子曹丕逼迫刘协禅位。演义中与史书记载大体不差，但艺术化加工稍甚。描述献帝多是“惊、恐、泣”，尤其是在禅位之事，为了突出曹丕的强权，把刘协描写成一个胆小如鼠之辈。