东汉时期，会稽郡以钱塘江为界分为吴郡和会稽郡，山阴县成为新的会稽郡的首县。

三国时期，山阴县改为山阴侯国（今绍兴市越城区）。

六朝时期，随着中原人士大量南迁，山阴县人口众多，在陈永定年间，分为西部的山阴县和东部的会稽县，二县同城而治，同为会稽郡首县。此后又同为越州(唐、北宋)、绍兴府(南宋、明、清)首县。

山阴、会稽两县在绍兴府城内的分界线是纵贯府城南北的府河，南起植利门(南门)，北到昌安门，其上约有10座桥梁连接山、会两县(鲍家桥、舍子桥、大云桥、清道桥、县西桥、小江桥、香桥、咸宁桥、安宁桥等)。河西为山阴县，河东为会稽县。