长和短元音只对比于开音节中；在闭音节中所有元音总是短的。短和长的e与o是互补分布的: 短变体只出现闭音节中，长变体只出现在开音节中。短和长的e与o因此不是不同的音位。

有叫做anusvāra的声音（梵语术语；巴利语为:nigghahita），用罗马化字母ṁ（ISO 15919）或ṃ（IAST）表示，在多数传统字母中用凸出点来表示，最初用作标记前面的元音要鼻音化的事实。就是说，aṃ,iṃ和uṃ表示[ã],[ĩ]和[ũ]。但是在很多传统发音中，anusvāra被发音得更强，像软腭鼻音[ŋ]，所以这些声音转而被发音为[ãŋ],[ĩŋ]和[ũŋ]。但是ṃ永远不跟随在长元音之后发音；在ṃ被增加到以长元音结尾的词干的时候，ā,ī和ū要转换成相应的短元音，比如kathā + ṃ变成kathaṃ而非*kathāṃ，devī + ṃ变成deviṃ而非*devīṃ。

下面表格列出巴利语辅音。粗体是传统罗马化字母，方括中的是它的IPA发音。

在巴利语中上述音素除了ṅ,ḷ和ḷh都是独立的音位。ṅ只出现在软腭塞音之前。ḷ和ḷh是ḍ和ḍh在单独出现在元音之间时的同位异音。

巴利语是高度词形变化的语言，其中几乎所有词，除了承载基本意义的词根之外，还包含一个或多个词缀（通常是后缀），它们某种方式修改意义。名词要为了性、数和格而变化词尾；动词词形变化要承载关于人称、数、时态和语气的信息。

巴利语名词为三个文法性（阳性、阴性、中性）和两个数（单数、复数）而词尾变化。名词还在原则上显示八个格：主格（paccatta）、呼格、宾格（upayoga）、工具格（karaṇa）、与格（sampadāna）、离格、属格（sāmin）和方位格（bhumma）；但是在很多实例中，两个或多个格在形式上是同一的；特别是对于属格和与格。

a-词干

a-词干，它的未变格词干结尾于短a（/ə/），要么是阳性要么是中性的。阳性和中性形式只在主格、呼格和宾格中不同。

ā-词干

名词的词干结尾于ā（/aː/） 总是阴性的。

i-词干和u-词干

i-词干和u-词干要么是阳性要么是中性的。阳性和中性形式只在主格和宾格上不同。呼格有同于主格的形式。

带有变音符号的巴利语字母

历史上，巴利语的最先书写记录据信是在斯里兰卡基于早先口头传承而写成的。依据斯里兰卡的大编年史Mahavamsa，由于国家闹大饥荒，佛教僧侣在公元前100年Vattagamini王期间写下了巴利语圣典。写下的巴利语的传播保持了一套通用的字元音值系统，但使用各种各样的实际文字来表达这些音值。这使很多西方人糊涂，他们意图假定一种文字不可避免的连结著一组音素。

在斯里兰卡，巴利语文本记录于新哈勒文（Sinhala，僧伽罗文）。其他地区文字，最显著的有高棉文、缅甸文、傣文（传统傣仂文）和现代泰文（自从1893年），天城文和东南亚孟族人（Mon）的孟文、寮文（寮国Laos）也已经被用来记录巴利语。

自从十九世纪，巴利语已经用罗马文字书写了。Frans Velthuis设计了一个可选方案允许使用普通ASCII码来打字而不用变音符号，但是它比标准 Rhys Davids 系统（见下）要更少可读性。

巴利语字母如下排序:

ḷh尽管是ḷ和h的连写，但实际上是一个单一音素，如同kh、gh、ch...等等。

计算机上的巴利语转写

有多种字体用于巴利语转写，但是不推荐老的 ASCII 字体比如 Leedsbit PaliTranslit, Times_Norman, Times_CSX+, Skt Times, Vri RomanPali CN/CB 等，因为它们彼此不兼容并且在技术上过时了。正好相反，推荐基于Unicode标准的字体，因为 Unicode 是所有字体的前景还有它们易于相互移植。

但是不是所有 Unicode 字体都包含必须的字符。要正确的显示用于罗马化巴利语（或梵语）的所有变音符号，Unicode 字体必须包含下列字符范围:

巴利圣典协会向 Windows 和 Linux 计算机推荐VU-Times 字体和Gandhari Unicode 字体。雪域数码图书馆推荐Times Ext Roman 字体，和到其他一些可用于巴利语的 Unicode 字体的链接。还有一名英国佛教僧侣 Bhikkhu Pesala 提供了原为自己设计的一些巴利语 Unicode字体，和用于 Windows XP 的某些巴利语键盘。进一步的，Alanwood 的 Unicode 资源的字体段落链接了可用于巴利语录入的一些通用字体，如果它们覆盖了上述字符范围的话。

使用 ASCII 的巴利语文本

Velthuis 方案最初由 Frans Velthuis 在 1991 年为他给 TEX 排字系统设计的“devnag”天城体字体开发的。表示巴利语变音符号的这种系统已经用于某些 web 站点和讨论列表。

下表比较各种常用表示:

尽管巴利语不能被认为是古典梵语或更早的吠陀梵语的直接后代，这些语言明显有非常密切关联，并且巴利语和梵语的共同特征总是很容易被熟悉二者的印度人识别出来。实际上，大部分的巴利语和梵语的词干都是在形式上同一的，只在词尾变化的细节上有所区别。

这种联系是如此充分的众所周知，以至于来自梵语的技术术语可以通过一组常规的音韵变换轻易的转换成巴利语。这种变换模拟出了曾在原巴利语中发生的音韵发展的子集。由于这些变换的流行，不总能得知给定的巴利词是古俗语词汇的一部分，还是从梵语借来的变换后的词。梵语词有规律的对应于巴利词的存在性不总是巴利词源的可靠证据，因为在某些情况下，通过反向构词可以从俗语词创造出假造的梵语词。

下列音位学处理不意图作为对从古印度祖先语言产生巴利语的历史变化的详尽描述，而是在梵语和巴利语之间最常见的音韵等式的总结，并且不声称其完备性。

元音和双元音

梵语的aya和ava同样经常简约为巴利语的e和o

梵语的avi成为巴利语的e（就是avi→ai→e）

梵语的ṛ在巴利语中出现为a,i或u，经常一致于在随后音节中元音。ṛ有时还在唇音之后变为u。

梵语的长元音在两个随后辅音的序列之前被缩短。

巴利语的辅音与梵语辅音的关系

音素变更

梵语的塞音ḍ和ḍh在元音之间成为ḷ和ḷh（同于吠陀梵语）

同化一般规则

在同化会在词中间生成三辅音序列的时候，长辅音要简化直到在序列中只有两个辅音。

从同化得出的序列vv要变更为bb

整体同化

整体同化就是一个音素变为同一于临近音素，它有两种类型: 随后同化是被同化的音素同一于随后的音素；而跟前同化是被同化的音素同一于前面的音素。

随后同化

两个不类似的梵语塞音的序列中，第一个塞音同化为第二个塞音

在两个不类似鼻音的序列中，第一个鼻音同化为第二个鼻音

j同化为随后的ñ（就是jñ成为ññ）

梵语的流音r和l同化为随后的塞音、鼻音、咝擦音或v

r同化为随后的l

d有时同化为随后的v, 生成vv→bb

t和d在出现于词素边界上的时候，可以同化为随后的s或y

跟前同化

m同化为词首咝擦音

鼻音同化为前面的塞音+咝擦音簇，它接着有如没有跟随鼻音那样发展（参见后面的部分同化）

梵语的流音r和l同化为前面的塞音、鼻音、咝擦音或v

y同化为前面的非齿/卷舌塞音或鼻音

y同化为前面的非词首v，生成vv→bb

y和v同化为任何前面的塞擦音，生成ss

v有时同化为前面的塞音

部分和相互同化

在咝擦音-塞音-流音序列中，流音同化为前面的辅音，并且这个簇表现得如同咝擦音-塞音序列，就是说str和ṣṭr变为tth和ṭṭh

t和p在s之前成为c，并且这个咝擦音同化为前面的音素并送气 （就是说序列ts和ps成为cch）

咝擦音同化为前面的k并送气（就是说序列kṣ变为kkh）

跟随着y的任何齿或卷舌塞音或鼻音都转换成相应的硬腭音，并且y同化为这个新辅音，就是说ty, thy, dy, dhy, ny成为cc, cch, jj, jjh, ññ；类似的ṇy变为ññ。在塞音前的鼻音变成共享这种变化的硬腭音。

序列mr变为mb，通过在鼻音和流音之间插入一个塞音，随后把这个流音同化为这个塞音，并且最后简化结果的长辅音。

插音

有时在特定辅音序列中插入插音元音。如对ṛ，可以插入a,i或u，依赖于邻接辅音或在随后音节中元音的影响。i经常出现在i,y或硬腭音附近；u经常出现在u,v或唇音附近。

序列sn在词首可以变为sin

i可以插入在辅音和l之间

在词首咝擦音和r之间可以插入插音元音

序列ry一般变为riy（i受随后的y的影响），但出于元音缩短的目的仍被当作双辅音序列

a或i插入r和h之间

在其他的辅音序列中有零星的插音

其他变更

序列śn成为ñh，由于n同化为前面的硬腭咝擦音

序列hy和hv经历对调

h经历与随后的鼻音的对调

y在e和元音之间成为长辅音

浊送气音比如bh和gh罕见的偶尔变为h

齿音和卷舌音零星的变为对方

例外

有对上述规则的一些显著的例外；其中很多是常用的俗语词而不是从梵语中借用来的。