南朝梁天监十三年（公元514年）于太谷郡北始置巴州，辖地最宽时，巴州领归化、哀戎、遂宁、义阳、木门、北水、伏虞、义安、隆城、梓潼、东宕渠、新兴、景阳等13郡，梁广、曾口、其章、始宁、平川、义阳、伏强、池川、难江、宣汉、安固、仪陇、大寅、相如、朗池、安汉、汉初、宕渠、绥安等19县，其境域除拥有整个巴河流域外，还南接今南部县，西南有今蓬安全部，并延伸至南充、武胜等，总面积22730平方公里。

隋炀帝大业二年（公元607年）罢州置清化郡。唐复曰巴州属山南西道，唐玄宗天宝元年（公元742年）改巴州改为清化郡。唐肃宗乾元元年（公元758）清化郡复为巴州。

宋巴州属利州路。元巴州属广元路。明初降州为县，寻复故，属四川布政使司保宁府。清袭明制。民国二年（1913年）废州为县，恢复古名改为巴中县。