1348年4月7日，波西米亚国王查理向已建立的大学授予世俗权力的特权和豁免权。1349年1月14日，他又以神圣罗马皇帝的身份再次颁布大学特权和豁免权。自19世纪以来，捷克的大多数资料来源（百科全书、一般史及大学本身的资料）更倾向于将1348年作为大学成立之年，而不是1347年或1349年。

当时的查理大学主要有几个民族：波希米亚民族、巴伐利亚民族、波兰民族和萨克森民族。所谓的波西米亚民族包括波西米亚人、摩拉维亚人、南斯拉夫人和匈牙利人；所谓的巴伐利亚民族包括奥地利人、施瓦本人、法兰克尼亚人和莱茵省的人；所谓的波兰民族包括西里西亚人、波兰人、鲁特尼亚人；所谓的萨克森民族包括迈森、图林根州、上萨克森州、下萨克森州、丹麦和瑞典的玛格丽特沼泽居民。其中，捷克族裔学生占所有学生的16–20%。帕尔杜比采阿诺什大主教（Arnošt）积极参与大学工作，要求神职人员做出贡献，并成为该大学的校长。

1359年晋升了第一届毕业生。讲座在各学院中举行，其中最古老的教学建筑以1366年成立的卡罗莱纳姆国王命名。1372年，法学院成为一所独立大学。

1402年，牛津布拉格的杰罗姆（Jerome）复制了约翰·威克里夫（John Wycliffe）的对白和三部曲。文学院院长扬·胡斯（Jan Hus）将Trialogus翻译成捷克语。1403年，大学禁止其成员遵循威克利夫（Wycliffe）的教义，但他的学说继续流行。

在西方分裂中，波希米亚民族站在了瓦茨劳斯国王的一边，并支持比萨理事会（1409年）。该大学的其他民族宣布支持教皇格列高利十二世，因此对波希米亚人的投票为1：3。但是，胡斯和其他波希米亚人利用了瓦茨劳斯对格列高利十二世的反对。根据1409年1月18日库特纳霍拉（Kutná Hora）的法令（德语：库滕贝格），国王通过授予波西米亚大师三票来颠覆大学宪法。其他三个国家的总和只剩下一票表决权，而之前每个国家只有一票表决权。这次政变的结果是外国（主要是德国）教授和学生的移民，于1409年5月成立了莱比锡大学。在此之前的1408年，该大学拥有约200名医生和贤士，500名学士和30,000名学生。现在它损失了这个数字的很大一部分，造成损失的人数从5000到20,000不等，其中包括46位教授。1409年秋天，胡斯当选为现在由捷克统治的rump大学的校长。因此，布拉格大学失去了最多的师生。从那时起，大学就沦为地位低下的地区性机构。很快，在1419年，神学院和法学院消失了，只剩下了文学院。

该大学在胡斯改革运动中进行了改造。宗教改革家扬·胡斯当时是这所大学的校长。在随后的社会和政治革命中，该大学被缩减为一个学院——文学院，成为后来的宗教改革学院的原型。

文学院成为胡斯运动的中心，也是胡斯派的主要教义。在1417-1430年间没有学位授予；有时只有八九名教授。查理四世的儿子西吉斯蒙德皇帝（Emperor Sigismund）将剩下的财产带入了他的个人财产，并取得了一些进展。费迪南德一世皇帝称耶稣会士为布拉格，在1562年，他们开设了一所学院，即克莱门蒂努姆。从1541年到1558年，捷克人文主义者Mattheus Collinus [德裔]（1516-1566年）是希腊语教授。鲁道夫二世皇帝在布拉格定居时，又取得了一些进展。1609年，教授的强制性独裁被废止。耶稣会学院于1616年成为一所大学，可以授予学位。

耶稣会士在三十年战争初期被驱逐出境，这场战争是由反天主教和反神圣罗马帝国的波希米亚人在布拉格发起的三十年战争初期。到1622年，耶稣会士对皇帝起了主要影响。1622年9月19日的一项帝国法令使耶稣会士对波西米亚、摩拉维亚和西里西亚的整个学校系统拥有最高控制权。卡罗林纳姆（Carolinum）的最后四位教授辞职，所有卡罗林纳姆大学和九所大学都去了耶稣会士。耶稣会士还获得了颁发学位，担任大臣职务和任命世俗教授的权利。

哈布斯堡皇帝鲁道夫二世把布拉格变成了一个文化大都市，大学与宫廷并驾齐驱。17世纪初，大学参与反哈布斯堡王朝运动和三十年战争。战争的结果使这所大学成为查理-费迪南德大学的一部分，这个名字一直延续到1918年捷克斯洛伐克成立。所有四个前胡斯学院都恢复了，大学被改造成一所国家管理的教育机构。这一进程在1780年代随着约瑟夫二世皇帝的改革而达到高潮。

红衣主教恩斯特·阿达伯特·冯·哈拉赫（Ernst Adalbert von Harrach）积极反对大学与另一机构的联合，以及反对取消总理府的总理大权，并阻止起草金牛座以确认对耶稣会士的资助。红衣主教恩斯特（Ernst）资助了Adalbertinum学院，1638年，费迪南德三世（Ferdinand III）皇帝限制了耶稣会士的教学垄断。他从他们那里获得了卡罗莱纳姆（Carolinum）的权利，财产和档案，使该大学在帝国保护者的保护下再次独立。在三十年战争的最后几年，布拉格的查理大桥受到了卡罗林奴姆和克莱门提努姆学生的勇敢捍卫。自1650年以来，那些获得任何学位的人都宣誓要维护每年更新的圣母无原罪。

1654年2月23日，费迪南德三世皇帝合并了卡罗莱奴纳姆（Carolinum）和克莱门蒂努姆，创建了由四个学院组成的单一大学，即查理-费迪南德大学。卡罗林纳姆当时只有文学院，是在胡斯战争时期幸存下来的系之一。从此时开始，该大学将自己命名为查理-费迪南德大学（拉丁语：Universitatis Carolinae Ferdinandeae）。破旧的Carolinum于1718年以国家的名义重建。

17世纪初，大学参与反哈布斯堡王朝运动和三十年战争。战争的结果使这所大学成为查理-费迪南德大学的一部分，这个名字一直延续到1918年捷克斯洛伐克成立。所有四个前胡斯学院都恢复了，大学被改造成一所国家管理的教育机构。这一进程在1780年代随着约瑟夫二世皇帝的改革而达到高潮。

1752年和1754年哈布斯堡王朝的大学重建和官僚主义改革使大学失去了许多以前的特权。1757年，多米尼加和奥古斯丁被任命为神学指导。但是，逐渐引入了开明的改革，这一过程在本世纪末达到高潮，甚至连非天主教徒也获得了学习权。1784年7月29日，德语取代拉丁语成为教学语言。在犹太人被允许入读之后不久，查理大学第一次允许新教徒进入。大学还承认需要创建捷克语言文学教席。利奥波德二世皇帝（Leopold II）于1791年10月28日通过一项法令成立了该教席。1792年5月15日，历史学家弗朗兹·马丁·佩泽尔（捷裔）被任命为主席，他于1793年3月13日开始授课。

在1848年欧洲革命中，德国和捷克的学生为在查理-费迪南德大学（Charles-Ferdinand University）增添捷克语作为教学语言而奋斗。由于19世纪的人口变化，到1860年左右，德意志人在布拉格不再为多数族群。到1863年，查理大学用捷克语开设了22门讲课，其余的187门以德语授课。1864年，德意志人建议建立一所单独的捷克大学。但捷克籍教授拒绝了这一点，因为他们不想失去大学传统的连续性。

1848-1849年改革后，大学开始采用现代高等教育机构的形式。1882年，在捷克民族复兴的高潮，布拉格查理-费迪南德大学被分为两个机构：捷克语查理大学和德语查理大学（德语：Karls-Universität Prag）。到20世纪之交，两所大学都达到了很高的学术水平。德语查理大学教授之一是理论物理学家阿尔伯特·爱因斯坦。捷克语查理大学教授包括在民族解放进程中发挥突出作用的伟人，其中最引人注目的是1918年成为捷克斯洛伐克首任总统的托马斯·马萨里克。

1918年第一次世界大战结束，奥匈帝国解体，捷克斯洛伐克成立，查理-费迪南德大学不复存在。查理大学（Univerzita Karlova v Praze）是独立后捷克语大学的名字，它取得了与世界上最负盛名的学术和研究机构相媲美的成果。一个值得注意的例子是雅罗斯拉夫·海罗夫斯基教授在极谱方面的发明，于1959年被授予诺贝尔奖。

无论是说德语的波西米亚人还是捷克人都不满意大学在1848年革命后所做出的双语安排。捷克人还拒绝支持1349个学生国家的重返社会的想法，而是宣称支持将大学保持在一起但将其分为一所德国人和一所捷克人分开的学院的想法。这将使德国人和捷克人都能保留大学的集体传统。但是，说德语的人很快就否决了这个提议，而选择了纯粹的德国大学：他们提议将查理·费迪南德大学分为两个独立的机构。

经过长时间的谈判，根据Cisleithanian Imperial Council的一项法案，查理-费迪南德大学被分为德语查理-费迪南德大学（德语：DeutscheKarl-Ferdinands-Universität）和捷语查理-费迪南德大学（捷语：Českáuniversita Karlo-Ferdinandova）。该法案于1882年2月28日由弗兰茨·约瑟夫一世皇帝批准。两所大学彼此完全独立，享有平等的地位。这两所大学共享医学和科学研究机构，旧的徽章、灵气、图书馆和植物园，但公用设施由德国大学管理。捷克大学的第一任校长是Václav Vladivoj Tomek（德裔）。

1890年，捷克语查理-费迪南德大学有112名教师和2,191名学生，德语查理-费迪南德大学则为146名教师和1,483名学生。两所大学都设有三个系；神学系直到1891年才被分割，仍然如此。

1909–1910冬季学期中，德国查理-费迪南德大学有1,778名学生；这些人分为：58名神学生，既是世俗的圣职，又是宗教信仰。755名法学生；376医学生；589哲学生。在这些学生中，大约有80名妇女。教授的划分如下：神学，普通教授7名，助理教授1名，文学士1名；法律，普通教授12名，助理教授2名，教授4名；医学，正规教授15名，助教19名，学士30名；哲学，常任教授30名，助理8名，讲师19名，讲师7名。捷克查理-费迪南德大学有4,319名学生；在这131名学生中，有属于神职人员和普通神职人员的神学学生；1,962名法律专业学生；687名医疗学生；1,539名哲学学生；256名学生为女性。教授的划分如下：神学系，普通教授8名，讲师2名；法律，12名常规，7名助理教授，12名教授；医学，教授16名，助教22名，学士24名；哲学，29名常规人员，16名助理，35名讲师，11名讲师。

1918年第一次世界大战结束，奥匈帝国解体，捷克斯洛伐克成立，查理-费迪南德大学不复存在。查理大学（Univerzita Karlova v Praze）是独立后捷克语大学的名字，它取得了与世界上最负盛名的学术和研究机构相媲美的成果。一个值得注意的例子是雅罗斯拉夫·海罗夫斯基教授在极谱方面的发明，于1959年被授予诺贝尔奖。

希特勒吞并捷克带来了巨大损失。1939年11月17日，捷克所有高等教育机构因1939年10月28日的学生示威和医科学生Jan Opletal的葬礼而关闭。随后，学生和教师受到广泛迫害。查理大学直到第二次世界大战后才恢复活动。随着纳粹德国统治的结束，德语查理大学也不复存在，该大学于1939年加入德意志帝国大学联盟。

1948年政变中断了查理大学学术自由的复兴。当局长期对教研进行严格的思想政治控制，对国际交流和学术研究产生负面影响。1989年11月17日，忠于其学术自由传统的学生举行示威，反对极权政权，最终致其垮台。

1990年代以来，大学蓬勃发展，并大力促进国际合作。查理大学意识到其使命，继续促进学术合作，并在广泛的欧洲和全球议程中发挥积极作用。

查理大学的印章上印有其保护者查理四世（Emperor Charles IV），身着罗马国王和波西米亚国王的徽章，跪在波希米亚的守护神圣瓦茨拉夫（Saint Wenceslas）面前。它被题为“布拉格学术界专属印章”（拉丁语：Sigillum Universitatis Scolarium Studii Pragensis）的碑文包围。

查理大学是中欧地区与维也纳大学和慕尼黑大学并列的顶尖研究型大学，是世界排名跻身前2%的大学。查理大学及其奥匈帝国时期作为分校设置的德语查理大学（Karls-Universität Prag），在过去的研究工作中诞生了四位诺贝尔自然科学奖得主。据国际数据库Web of Science，查理大学是捷克共和国实力最强大的科研机构，其最近产生的科学成果占捷克共和国所有引文（反映科学成果的质量）三分之一以上。

行政单位

服务设施

院系设置

查理大学现设17个学院（Faculty）：

人文学院

查理大学人文学院（Faculty of Humanities，捷语缩写FHS）于2000年正式成立，前身是1994年建立的博雅学院（Institute for Liberal Education），现有约2400名学生以及240名教职员工和行政人员，提供捷语、英语、法语和德语授课的课程和学位。首任院长（2000-2007）为2003年败给克劳斯的捷克共和国总统候选人、哲学家和翻译家扬·索克尔（Jan Sokol）。

人文学院和文学院（Faculty of Arts）是两个学院。后者是大学于1348年成立时的四所学院之一，其他三所是神学院（现已分为3所）、法学院和医学院（现已分为6所）。

社会科学学院

查理大学社会科学学院（Faculty of Social Sciences，捷语缩写FSV）前身是1960年代成立的新闻学院，1990年改为现名。学院现有约5000名学生，提供学士、硕士和博士的捷语和英语授课的学位课程，下设五个教研机构：

文学院

查理大学文学院与医学院、法学院、神学院并列为查理大学的创始学院，下辖的汉学系也是捷克汉学和布拉格汉学学派的摇篮。汉学系2019年改为现名，原为东亚学系，源自1945年开始的查理大学东亚语言与历史讲座，诞生了以普实克为首，包括何德理、白利德、约瑟夫·海兹拉尔、高德华、鲍格洛、史丹妮、王和达、傅思端、高利克、高马士、包捷、罗然等在内的一大批捷克和斯洛伐克汉学家。

查理大学学制符合欧盟博洛尼亚进程统一规定，即本科三年；硕士二年；博士三年。查理大学的课时学分符合ECTS欧洲学分转换系统，在欧盟高等教育系统内获得完全承认。

查理大学共有51438名学生，约占捷克共和国学生人数的六分之一，就读于300多个学位课程。2017年，有17553名学生攻读学士学位课程，23853名学生修读硕士课程，7217名学生修读博士课程，其中一半以上攻读人文社科类学位，62%为女性，38%为男性。大学有来自其他国家的7000多名学生。每年有近9000名学生完成学业，超过16000人参加各种终身学习课程。

查理大学是一所世界级研究型大学。世界大学学术排名、U.S. News世界大学排名和QS世界大学排名中，查理大学长期处于200至300区间。查理大学提供全日制及非全日制本科生教育和研究生教育，最高学位为医学博士和哲学博士。查理大学以多语种开展教学工作，侧重于研究生教育和科研工作。查理大学5万余名在读学生中，有65%以上攻读研究生以上学位；在近1万名国际学生中，有80%以上攻读研究生以上学位。查理大学的博士研究和捷克共和国科学院并轨。

查理大学与亚美尼亚埃里温国立大学、澳大利亚格里菲斯大学、墨尔本大学、麦考瑞大学、昆士兰大学、奥地利林茨约翰开普勒大学、格拉茨医科大学、维也纳医科大学、维也纳工业大学、阿塞拜疆巴库国立大学、波斯纳和黑塞哥维那莫斯塔尔大学、巴西圣保罗大学、保加利亚索非亚大学、加拿大康科迪亚大学、麦吉尔大学、西蒙弗雷泽大学、蒙特利尔大学、多伦多大学、智利大学、中国北京大学、中国人民大学、台湾大学、淡江大学、丹麦哥本哈根大学、埃及开罗大学、芬兰东芬兰大学、法国巴黎高等社会科学学院、格鲁吉亚第比利斯国立大学、德国弗莱堡大学、蒂宾根大学、柏林自由大学、耶拿大学、杜塞尔多夫大学、柏林洪堡大学、埃尔兰根-纽伦堡大学、法兰克福大学、维尔茨堡大学、吉森大学、慕尼黑大学、班贝格大学、马尔堡大学、波恩大学、海德堡大学、多特蒙德工业大学、德累斯顿工业大学、开姆尼茨工业大学、拜罗伊特大学、萨尔大学、汉堡大学、康斯坦茨大学、莱比锡大学、帕绍大学、雷根斯堡大学、科隆大学、匈牙利罗兰大学、以色列内盖夫本古里安大学、耶路撒冷希伯来大学、特拉维夫大学、日本同志社大学、金泽大学、神户大学、东京外国语大学、筑波大学、早稻田大学、立命馆大学、拉脱维亚大学、立陶宛维尔纽斯大学、墨西哥国立自治大学、摩尔多瓦国立大学、荷兰莱顿大学、新西兰奥塔哥大学、挪威奥斯陆大学、秘鲁利马大学、波兰波兹南亚当·密茨凯维奇大学、华沙大学、弗罗茨瓦夫大学、克拉科夫雅盖隆大学、罗兹大学、俄罗斯莫斯科罗蒙诺索夫国立大学、圣彼得堡国立大学、新加坡南洋理工大学、塞尔维亚贝尔格莱德大学、斯洛伐克布拉迪斯拉发夸美纽斯大学、尼特拉康斯坦丁哲学家大学、科希策帕沃尔·约瑟夫·萨法里克大学、特尔纳瓦大学、班斯卡比斯特里察马泰贝尔大学、南非比勒陀利亚大学、韩国外国语大学、成均馆大学、西班牙巴塞罗那大学、瑞士苏黎世大学、巴塞尔大学、洛桑大学、土耳其安卡拉大学、乌克兰塔拉斯·舍甫琴科国立基辅大学、伊万弗兰科利沃夫国立大学、美国纽约州立大学新帕尔茨分校、新奥尔良大学、北卡罗来纳州立大学、俄勒冈大学、华盛顿大学等高校签署了校际合作协议。

伦敦大学学院斯拉夫东欧研究院与布拉格查理大学合作开展“经济、国家与社会”国际联合硕士学位项目（IMESS），加强捷克共和国与英国高等教育的合作交流，深入研究关于地缘政治、经济、文化、语言和历史的区域性影响。

上世纪50年代初，中国政府向苏联和东欧派遣留学生。根据统一安排，这批留学生大多前往苏联，少数前往东欧国家。其中，前往东欧国家者以学习语言、历史为主，以应外交工作之需。例如，1960年毕业于查理大学文学院捷克语言文学系的刘星灿，归国后历任人民文学出版社编辑、副编审、编审，译有博胡米尔·赫拉巴尔、伊凡·克利玛等人的著作。刘星灿的同窗蒋承俊（笔名殷俊）于1961年毕业，归国后历任中国社会科学院外国文学研究所东欧研究室副研究员、研究员，译有伏契克的《绞刑架下的报告》、哈谢克的《好兵帅克》等，著有首部中文《捷克文学史》。同期在该系就读的还有徐耀宗，归国后长期在中国科学院从事科技情报工作。

少数前往东欧国家学习理工科的中国留学生包括赴查理大学数理学院（MFF UK）物理学系的李铁映。数理学院是查理大学相对年轻的学院，1952年才从自然科学学院（PřF UK）分离出来。2008年出版的《大学笔记》，收录了1955年至1961年李铁映在查理大学数理学院就读期间，关于物理学、数学等科目的手稿，长达16卷4000多页。李铁映留捷期间，反对当时“只红不专”的思潮，勤奋学习。除了捷克语和俄语外，还自学了英语和德语。于光远的夫人、孟用潜之女孟苏（原名孟秀英）也曾在查理大学留学，归国后任高级工程师。

1980年代，中捷关系回暖，与上世纪50年代一样始于人文交流。自1996年起，中捷两国教育主管部门开始签订教育交流协议，交换政府奖学金生、互派语言教师等。这一时期，中国学生在华和赴捷学习捷克语的条件空前便利。与此同时，国际中文教育如日方升。捷克国内的中文教育需求迅速增长，中国也向捷克派遣中文教师。

查理大学17个学院中的14个散布在捷克共和国首都布拉格老城，皮尔森医学院位于西捷克州首府皮尔森，赫拉德茨-克拉洛韦医学院和药学院位于东捷克州首府赫拉德茨-克拉洛韦。

查理大学现有13个学生宿舍区，其中10个区带自助餐厅。此外，校内设有4个学生餐厅。查理大学在每个校园内都提供法律、经济、商业等多项咨询服务。查理大学语言和预备学院分有四个分院，分布在布拉格周边四个卫星城，主要是玛丽亚温泉度假村学习中心。

布拉格（英文：Prague；捷克文：Praha）是捷克首都，波西米亚地区首府，地处欧洲大陆中心，有“欧洲花园”之称，在中欧地区与维也纳和布达佩斯并列为三大经济文化中心。查理大学的创建者、神圣罗马帝国皇帝查理四世任期内，帝国首都搬迁至布拉格，老城及大学均由此兴建。

布拉格是一个具有深刻文化内涵的城市，城内有众多的剧院、音乐厅，吸引了世界的名家来此献艺。城中还有众多的有丰富藏品的博物馆、美术馆、画廊，展示了捷克人民各个历史时期的艺术珍品。布拉格不仅是世界上千百万旅游者向往的旅游胜地，而且是许多国际会议和国际文化体育活动的东道主。布拉格历史文化中心包括布拉格城堡区、小城、老城、新城、高堡和犹太城六个城区，占地863公顷，是捷克最大的历史文化古迹建筑群。

世界排名

根据世界大学学术排名，查理大学在2011年全球最佳大学中排名前1.5%。在全球17,000所大学中排名第201至300。查理大学是中欧和东欧最好的大学之一，仅次于第74位的俄罗斯莫斯科罗蒙诺索夫国立大学。在2013年世界大学学术排名的500所大学中，它被评为全球201–300最好的大学；在QS世界大学排名中，它在500所大学中排名第233；在泰晤士高等教育世界大学排名中，在400所大学中，排名351–400；在CWTS莱顿大学500所大学中排名第485位。下表列出了较早的排名：

查理大学校长瓦茨拉夫·汉普尔（Václav Hampl）在2008年表示：“查理大学取得了如此巨大的成就，我感到非常高兴，我要感谢所有为此做出贡献的人。像查理大学这样的具有类似职位的绝大多数学校，其资金筹措无与伦比，因此，这种成功不仅反映了我们学者的专业素质，还反映了他们的个人努力和奉献精神。”

专业排名

2020软科世界一流学科排名（GRAS）

2020THE泰晤士世界学科排名

QS世界大学排名分学科历年数据：

2020U.S. News世界大学排名学科排名

学士阶段需要高中及以上学历毕业（中捷或中英文公证）、毕业成绩单（中捷或中英文公证）、出生公证、留学目的书、个人简历和学习计划。

硕士阶段需要本科学历毕业（中捷语公证）、毕业成绩单（中捷语公证）、出生公证、留学目的书、个人简历和学习计划。

语言预科可随时申请，申请学士课程必须在每年有7月1日前，申请硕士课程在每年10月1日前。

语言预科学费在2008-2009学年为4790欧元，学位课程中捷克语授课的免学费，英语、法语、德语授课的收学费200至8000欧元不等。

当地时间2023年12月21日，捷克警察部门负责人表示，查理大学枪击事件已造成超过15人死亡、至少24人受伤。

当地时间2023年12月21日，捷克布拉格，捷克内政部长维特·拉库尚和警察总署署长马丁·冯德拉谢克在枪击事件后举办新闻发布会。冯德拉谢克21日傍晚在新闻发布会上说，这起枪击事件当天下午发生在查理大学文学院，造成至少15人死亡，另有24人正在接受治疗；拉库尚表示，救援行动持续了数小时，目前没有迹象表明这一枪击事件与国际恐怖主义有任何联系。该校学生在网络上分享了一些信息，称有人被锁在教室或图书馆里，学生们正在从靠近街道的教室里撤离。12月22日，查理大学枪击事件中的14名遇难者身份都已确认。犯罪嫌疑人24岁，为查理大学学生，在枪击事件中自杀身亡。