志村团藏与猿飞日斩、宇智波镜、秋道取风、水户门炎、转寝小春同为木叶隐忍者学校的同期学员，由第二代火影千手扉间直接领导。晋升上忍后他们六人加入第二代火影扉间的精锐护卫部队，成为队友。平时执行任务时志村团藏与猿飞日斩一组一起行动。他跟日斩有着很深的羁绊，两人视彼此为竞争对手而一直相互竞争着。

在第一次忍界大战中，金角银角在雷影与火影的结盟仪式上突然掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量，让第二代雷影和第二代火影受到了濒临死亡的重伤，随后，身负重伤的千手扉间带领部下猿飞日斩、水户门炎、转寝小春、志村团藏、秋道取风、宇智波镜突出重围，金角银角率领金角部队全员精英乘胜追击，众人商量需要让其中一个人担当诱饵来引诱敌军，以保证其他队友能够有时间顺利逃脱。扉间为选择正确的继承人而暗中考验着部下。团藏虽然抱持着想要自告奋勇担当诱饵的心念，但在关键时刻却因胆怯而没有说出。此时日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵。最终扉间为了木叶隐村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前对日斩的行为表示赞许，并授命日斩成为下一代的火影，之后便因掩护日斩等人而牺牲。

在日斩继位火影后，日斩任命团藏为火影辅佐，给了团藏极大的信任和权力，但由于日斩没能延续第二代火影治理宇智波一族的基本方针，因此使团藏背负起了村子的黑暗，于是，团藏以“暗部培训部”的名义，培育了自己的势力——“根”，根组织比暗部隐藏得更深，所做的事也更加见不得光。三代默许了这些。团藏和根成为了木叶最直接有效的利剑，以“宁错杀，不放过”的姿态铲除村内外一切威胁，日斩曾让自己最喜欢的徒弟大蛇丸担任团藏的亲随，足见日斩对团藏的器重。

日斩是阳光下永远温暖的火影，团藏是黑暗中杀伐果决的根。两人相辅相成，让木叶村再度成为了最强忍村。

木叶村一直有一个隐患，那就是封印在村内的九尾，初代火影死后，木遁这种封印尾兽的手段失传了，于是日斩和团藏举全村之力展开对柱间细胞的研究，想要让木叶重新拥有木遁，但随着大批志愿者在实验中牺牲，三代不得不喊停，所有相关记录都作为黑历史被封存，但团藏却没有放弃，他不在乎要牺牲多大，不达目的不罢休，他伙同大蛇丸偷偷从周边村落绑架婴儿，私自进行试验，六十多名婴儿几乎全部死去，但在残忍的代价下，真的有一例成功了，团藏培养出了除柱间外另一个能够使用木遁的忍者大和，因出于私心他并没有把大和的存在告诉日斩，但后来日斩发现这名木遁忍者的时候，并没有治团藏的罪，只是率领暗部将团藏的根据地里三层外三层的围起来，将那名木遁忍者要到了自己麾下，日斩对团藏非常宽容，只要他的罪行不闹地沸沸扬扬全村皆知。他都是睁一只眼闭一只眼。

曾将有才能的孤儿药师兜用为间谍派往各国，之后又认为兜知道太多秘密，而策划他与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。

他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门（即后来的佩恩）性格理念上的扭曲。

曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展；而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法。

在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。

宇智波一族计划发动政变被木叶高层注意，因此，团藏趁机策划了一举铲除宇智波一族以绝后患的计划。因为他无法信任宇智波一族，所以夺取了本想阻止宇智波一族谋反的止水的右眼，并以“可以保全佐助的性命”为理由叫双重间谍身份的宇智波鼬做出选择。鼬一方面为了村子的未来，一方面为了保护弟弟佐助，而接受了灭族任务，并在之后成为叛忍，团藏的计划得以继续实行。

当纲手继任为第五代火影时，团藏对她继续贯彻日斩的政策而有所不满，并在新卡卡西班成立时安排自己的部下佐井进入新卡卡西班。

给佐井下达了暗杀佐助的任务，但后来由于种种原因而导致暗杀佐助的任务失败。团藏得知此事后，说出“感情带来仇恨，仇恨导致战争”的话语。

在“晓”的首领佩恩为了捕获九尾而袭击木叶时，团藏为了趁机夺取火影之位，而杀了正要前往妙木山通知战事的联络蛙孝介，试图隐瞒战事来牵制住鸣人的行动范围；并召集过去的“根”成员，下令让木叶陷于佩恩入侵的苦战中而不伸出援手。纲手在佩恩入侵一战后因虚耗过度陷入昏迷中，团藏便趁机在火之国会议中直指纲手已不能履行职责，应委任新一任火影，并道出过往火影治理上的不当，唯有自己才是最理想的人选，最终被大名指定为“第六代火影”。

团藏在成为火影后立刻将宇智波佐助定为叛忍并下达追杀令，亦允许雷之国忍者前往追杀。

在五影会谈上，他利用先前夺取的止水的写轮眼控制了铁之国大将三船，企图夺取忍者联军控制权，但被拥有白眼的雾忍青所识破。于是团藏向其他四影说出自己有意效仿初代火影统一各个族落那样来统一整个忍者世界，并且会不惜一切代价来完成这个目的，这样忍者世界才能步入真正“和平”的道路，但他的想法遭到其他四影的反对。

此时，佐助也因为宇智波带土的讲述而知道关于鼬的真相，打算杀死木叶高层来告慰亡兄，并乱入五影会谈的会场企图刺杀团藏。佐助的行动遭到其他各影以及铁之国武士的阻止，团藏在混乱之中逃脱。这一举动被雷影认为让木叶失去其他四大忍村的全部信任。

佐助在会场中被宇智波带土所救，之后和带土一同追上逃离会场的团藏。团藏利用先前获得的宇智波族人写轮眼施展了禁术“伊邪那岐”，让佐助发动的攻击变得无效。但在最后佐助利用写轮眼的幻术破解了团藏的伊邪那岐，团藏因此身受重伤，为了保存实力而挟持了在场的香燐打算逃跑，但一心复仇的佐助完全不顾香燐的安危，将团藏和香燐一同贯穿。团藏在临死前为了死守止水之眼，发动了里四象封印术打算与佐助、带土同归于尽，但最终失败。团藏在临死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶，我是深埋地下的根。”

从地下支撑大树，隐藏在木叶影中的“黑暗”。

在木叶的黑暗中伸展的无情之“根”，主张替忍界带来变革。体现忍之黑暗者。