后来，孔融被征为司空掾属，被授为北军中候。在职三天，转任虎贲中郎将。正逢权臣董卓总揽朝政，想要废掉汉少帝刘辩，孔融与董卓争辩，言辞激辩，常有匡正的言论。董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府（太尉、司徒、司空）举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国（治今山东昌乐西）为国相，孔融时年三十八岁。

当时北海已被黄巾残破，孔融到北海后召集士民，聚兵讲武，下发檄文，又亲写书札，与各州郡通声气，共同谋划。贼寇张饶等二十万众从冀州南归，孔融逆击，被张饶击败，于是收集散卒转保朱虚县。慢慢集结官吏百姓被黄巾所蛊惑的男女四万多人，再设置城邑，设立学校，推举贤才，表显儒术。他举彭璆为方正，邴原为有道，王脩为孝廉。孔融深敬儒学大师郑玄，他常登门拜访，执子孙礼，并让高密县为郑玄特设一乡，名为“郑公乡”。还举郑玄的儿子郑益恩为孝廉。北海人无后者，及四方游士有死亡者，孔融都为他们备棺殡葬，北海人甄子然、临孝存等品德高尚，知名早卒，孔融恨不能与其结交，便让他们配祭于县社。有人有纤毫之善，孔融无不加礼。其礼贤如此。因颇有政声，被时人称为“孔北海”。

李傕、郭汜把持朝政时，徐州刺史陶谦与孔融及沛相袁忠、泰山太守应劭、汝南太守徐璆等人上奏记于朱儁，欲图推举他为太师，讨伐李傕、奉迎天子。李傕用太尉周忠、尚书贾诩之计，徵召朱儁入朝，陶谦等人的计划因此中止。

孔融因黄巾侵暴而屯驻都昌县，被贼寇管亥所围。郑益恩曾在此时率领家兵将救援孔融，为贼寇所害。起初都昌围势还不严密，东莱人太史慈奉母命进入都昌帮助孔融，并请求派兵出击杀敌，孔融不从，欲等待外援，但一直未见救兵，而包围逐渐紧逼，情势紧急。孔融于是派太史慈向平原国相刘备求救。刘备惊奇地说：“孔北海竟知道世间还有个刘备呢。”于是立即派三千精兵解围，贼寇闻知，立即解围散走。

孔融自以为自己才华盖世，当时豪俊不能相比；且胸怀大志，欲图举兵耀武，与群贤争功，想以海岱为根基，不肯碌碌做一国相，事方伯、赴期会而已。孔融所任用，好奇取异，选的都是轻佻不安分的人。他虽对君子礼遇恭敬，但并不与其论国事。他的高谈教令，盈溢官曹，辞气温雅，可玩而诵，但论事考实，很多难以实行。北海租赋上交稍迟，孔融一天便杀了五部督邮；奸民污吏扰乱朝市，孔融却无力管制。幽州精兵叛乱，至徐州及北海，北海举国皆恐。孔融出城劝慰，令其暂无异志。接着孔融与别校密谋，趁夜击败幽州军，吞并其众。没过多久，幽州军再度叛逃。黄巾将至北海，孔融大饮醇酒，亲自上马，御敌于涞水之上。黄巾军前部与孔融相持，两翼涉水杀向北海的治所，城溃，孔融不得入城，只得转至南面的县，身边人渐渐叛离。孔融连年倾覆，事无所成，不能保全国境，便弃郡而去，后徙居徐州。

《后汉纪》记载，兴平元年（194年），孔融曾与徐州牧陶谦谋划迎天子归洛阳，因曹操袭州而停止。

徐州牧陶谦去世后，州人迎接刘备领徐州，刘备以袁术四世五公、海内所归，提议将徐州让给他，孔融对刘备说：“袁公路岂是担忧国家而能忘记自家的人？墓中的枯骨，又何足介意呢！今日的事，是百姓托付于有能力的人，上天赐予而不收下，将来追悔莫及。”

孔融在任六年，被刘备上表推荐兼领青州刺史。孔融治于青州北陲，打算内附山东，外接辽东，得戎马之利，以建立根基，孤立一隅，保持中立。

当时，袁绍、曹操、公孙瓒等人都在明争暗斗，袁、曹势力方盛。孔融战士不满数百，谷不至万斛，王子法、刘孔慈等人不过是凶辩小才，而孔融当作心腹一样信任。左承祖、刘义逊等清俊之士，孔融只让他们坐在席上，称他们是民望，不可失去。左承祖劝孔融依附强者，结交袁绍或者曹操，孔融知道袁、曹二人终究是要篡夺汉室的，不愿联合他们，怒而将左承祖杀害，之后刘义逊也弃孔融而去。孔融自负于才气秉性，立志平定国家的危难，但因为才器粗略，思想空乏，所以没有什么收获。

建安元年（196年），袁谭攻北海，双方战斗自春至夏，孔融的战士仅剩数百人，流矢像雨一样射来，城内已经短兵相接。孔融仍然凭几安坐，读书谈笑自若。至夜晚城破众亡，孔融逃奔山东（太行山以东），仅以身免，家室都被袁谭所掳。

建安元年（196年），汉献帝迁都许县后，征召孔融为将作大匠。

建安二年（197年），朝廷让孔融持节到邺城，拜袁绍为大将军。

袁术僭号作乱，曹操以杨彪与袁术是亲戚，诬陷他想勾结袁术废献帝，上奏收其下狱。孔融听说后连朝服都来不及穿就去见曹操，对曹操说：“杨公四世享有清德，为海内士人所瞻仰。《周书》讲，父子兄弟有罪都不相互牵连。更何况把袁氏的罪归于杨公。《易经》讲：‘积善之家，必有余庆’，这样只是欺人而已。”曹操说：“这是国家的意思。”孔融回答：“如果让成王杀邵公，周公可以说自己不知道吗？如今天下士人之所以仰慕明公您，是因为您聪明仁智，辅弼汉朝，举荐正直之士，斥退邪妄之人，使社会和乐。如今却要杀害无辜之人，那么海内旁观侧听之人，谁不会大失所望！我孔融是鲁国之男子，明天便拂袖而去，不再来朝。”最终杨彪被放出。

起初，杨彪被关在狱中，孔融与荀彧叮嘱许令满宠：“只需审问，不要拷打。”满宠依旧拷打杨彪，孔融和荀彧听说后都发怒。后来满宠对曹操说拷问杨彪没有发现罪证，如果杀他将大失民望，曹操当日就放了杨彪，孔融和荀彧得知后对满宠更加友善。

孔融从将作大匠升任为少府。每逢朝会访问召对之时，孔融常引证定议，屡为议主，公卿大夫都不过挂名而已。献帝喜好文学，孔融还曾与荀悦、荀彧在禁中侍讲，朝夕谈论。

之前，太傅马日磾奉命出使山东，到了淮南时，多次有求于袁术，袁术于是轻视侮辱他，夺走他的符节，又不准他离开，还要强迫他任军师。马日磾忧愤自己至极，于是呕血而死。等到马日磾遗体送回京师，朝廷想加以礼葬，孔融于是独自陈说：“马日磾凭上公的尊贵身份，持天子的髦节，奉命处理地方事务，安宁东夏，竟然取媚奸臣，被他所指使，所上章表署名补用，马日磾都是第一个。依附下级，欺骗朝廷，奸诈事君。从前国佐敌晋军，不为其折服，宜僚当着白晃晃的刀而面不改色。朝廷大臣难道可以受威胁为借口吗？而且袁术犯上叛逆，不是一朝一夕的事，马日磾与其周旋已久。按《汉律》规定：与罪人往来三天以上，都应该知道他的情况。《春秋》说：鲁叔孙得臣死了，为了不张扬襄仲的罪贬，不写日子。郑讨伐幽公，砍薄子家的棺材，因为他杀君的缘故。陛下可怜旧臣，不忍追究定罪，已经很宽大了，不应该再加礼。”朝廷采纳了他的意见。

当时，荆州牧刘表不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，还郊祀天地，礼仪拟指君主。朝廷下诏把他的行为宣示天下，孔融上疏：“臣听说，荆州牧刘表桀骜不驯，为人悖逆，所作所为，多有不轨。譬如说郊祀天地，拟议建立社稷。虽然昏聩僭越，穷凶极恶，罪不容诛，然而对于朝廷，还是有所忌讳。为何？万乘之君，天子至尊，陛下身为圣躬，汉室仍享有神器，朝堂上台阶至高至远，官阶所限，犹如天宫，高不可攀，日月难以逾越。每当不佞之臣，图谋神器，就会暴露在光天化日之下，一定会遭到天下豪杰的声讨，这足以杜塞邪臣之妄想。邪臣即使有不臣的想法，也会隐而不发。这就是贾谊所说的‘掷鼠忌器’。当年，齐桓公讨伐楚国，以楚国不向王室贡献包茅为借口。王师败绩，史书中不记录晋人战胜之威，这是为尊者讳，以表明王师无敌。此前，已经揭露袁术僭越皇权的罪恶，而今，再强调刘表僭越之事，是强调皇权不可侵犯，图谋不轨之臣，不可存丝毫妄想。据查，刘表飞扬跋扈，擅自斩杀列侯；违背皇帝诏命，拦截地方贡献朝廷的财物；勾结贼寇，佯称自卫，实为谋逆；与邪臣狼狈为奸，专谋不臣之邪念。刘表罪恶昭彰，法不容诛！其狼子野心，昭然若揭。臣愚以为，应该暂且放下刘表郊祀天地之事，以利于国防。”

在曹操与袁绍对抗时，孔融曾对荀彧说：“袁绍地广兵强，有田丰、许攸等谋臣替他出谋划策，审配、逢纪等忠臣为他干事，颜良、文丑勇冠三军，为他统领军队，恐怕很难战胜啊！”荀彧一一反驳。

建安五年（200年），南阳王刘冯、东海王刘祗相继逝世，献帝十分哀痛，想为他们规定四时祭祀，为此先询问孔融意见。孔融回答说：“陛下仁厚，感慨变化而增加思念，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。臣看前代梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。臣不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，陛下哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一年一期祭祀，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”

建安九年（204年）九月，孔融上书：“臣闻先王分九片直辖土地，由远及近。《春秋》言内诸夏而外夷狄，《诗》云“封畿千里，国民所居”，因此天子所居之处，必要人多地广。周室衰败后，六国割裂寰宇，由来已久的京畿制度开始衰亡。秦朝兼并天下，不遵旧制，废分封、置郡县，筑城万里，滨海立门，欲将天下尽数归于一家。而关卫不防，遂使陈、项作难，国家亡于战火。大汉承秦制不改，但也按照古代京畿制度，在颍川、南阳、陈留、上党及三河地区接近京城的郡，不封诸侯。臣愚以为可在京城四周千里，略从周制，并分取北边的郡，皆令属司隶校尉，以增加王赋，尊崇帝室。劳役近畿，宽抚远方，以京畿的收入，减轻四方税收，整文修武，各有典书。”献帝从之。

建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融讥笑他说：“大将军远征，萧条海外，从前肃慎不进贡楛矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融写信给曹操说：“酒之为德久矣。古代圣贤帝王，和神定人，以济万国，无酒不能成功啊。因此天垂酒星之耀，地有酒泉郡，人著旨酒德。尧不饮千钟，无法建太平之世；孔子不饮酒百觚，无法成为上圣。樊哙鸿门解厄，非豕肩钟酒无以奋其怒。赵之厮养，东迎其主，不引卮酒无以激其气。高祖若非醉斩白蛇，无以畅其灵；景帝若非醉幸唐姬，无以开中兴；袁盎若无酒力则性命不保；于定国不酣饮一斛则无法断案。因此郦生以高阳酒徒著功于汉，屈原不饮酒却受困于楚。由此观之，酒对治理天下有何影响！”又说：“之前承蒙训答，见您陈列二代之祸，以及众人因酒败亡的例子，确实如此。然而徐偃王行仁义而亡，而今不下令绝仁义；燕哙以谦让失社稷，而今不下令禁谦退；鲁国因尚儒而败，而今不下令弃文学；夏、商亦因为妇人而失天下，而今不下令断婚姻。却独以禁酒为当务之急，只怕是爱惜粮谷而已，而不是以上述人为前车之鉴。”孔融因禁酒之事屡屡写信反对，言词之中多为傲慢无礼，曹操意不能平。

孔融已经看到曹操奸雄诡诈渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。山阳人郗虑揣摩曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融。

起初，献帝特别召见郗虑和孔融，问孔融说：“鸿豫有什么特长？”孔融回答说：“可与他适道，但不能与他共权变。”郗虑举起笏板反驳：“孔融曾经治理北海国，政事松散，人民流散，他的权变在哪里啊！”于是郗虑与孔融开始说对方的长短，二人关系因此变得不睦。郗虑奏免孔融后，曹操写信劝二人和解，实则是为了刺激孔融。他写信给孔融说：“听说唐尧虞舜之际，有克己谦让之臣。当时，麟、凤来仪，民间颂声四起。后世虽然德行浇薄，仍然有杀身为君，破家为国之举。及至世道衰落，睚眦之怨必报，一餐之惠必酬，仍然有心念国家之士人。如晁错舍身为国，却被袁盎谗言而死；屈原悲悼怀王，却遭到子椒、子兰谮毁；彭宠叛乱，起自朱浮恶语中伤；邓禹威望受损，失于宗歆、冯愔相互争斗。由此来看，喜怒爱怨，祸福所由，不可不慎重对待！在往昔，廉颇、蔺相如是小国之臣，尚能够克己奉公，相忍为国；寇恂、贾复是乱世英豪，还能够屈身事君，显示谦让之德；光武帝不记哥哥伯升被杀之仇；齐桓公不计管仲射钩之恨。胸怀大志，谋大事者，岂能够斤斤计较于纤细小过！过去听说二位有执法公平之美誉，即使有小过节，也应当重修旧好。怨毒越积越深，只能是相互伤害，令闻者怃然，中夜而起。以前国家东迁，文举盛称鸿豫名实相副，精通经学，出于郑玄，又明晓《司马法》。鸿豫也称文举奇逸传闻，实在奇怪二位现在与过去相反。我与文举不是老朋友，和鸿豫也没有什么恩谊，然而愿人相好，不愿人有伤和睦，所以衷心希望你们协和欢好。我又明白二位是被小人离间，我作为人臣，进不能风化海内，退不能建德和人，然而抚养战士，亲身为国，对付浮华交结之徒，还有着办法。”孔融回信说：“承蒙惠书赐教，告诉我考虑问题还有欠妥之处。我与鸿豫家乡相距不远，可谓比邻，很早就已经认识。我曾赞赏鸿豫有嘉美之德，欲以宽厚之心相待。但只是厚于见私，信于为国，而不是为他隐过掩恶，有罪不以为罪。此前，我遭受贬黜，能够欣然接受。过去赵宣子极力举荐韩厥，宣子的人后来被韩厥诛杀，宣子反而欢喜求贺。何况我未有宣子的威望与功德，岂敢枉当官之平呢！我的忠诚比不上屈原，向朝廷建言献策比不上晁错，而窃居高位，已有过错，我幸而得以免罪，殊感庆幸。您为我列举过去的事，令我感到惭惧。朱浮、彭宠、寇恂、贾复皆为当世之英豪，彼此之间因好恶不同而结怨，成为国家之忧。至于卑微之人，犹如昆虫之间相互厮咬，只会自取灭亡，实在不会到达那种程度。想当年，晋国国君赞赏大臣为大事而争执，师旷却以为，与其相互争执，不如在德义上相互竞争。我性情舒缓，为人散漫，不敢与人无故争拗，即使蒙受胯下之辱，榆次之恨，我也不会以为这是在受到贬损，只能看作被蚊虻叮咬一口。子产认为人心不同，有些人矜夸权势，以取胜为荣，不念宋人待四海之客，大炉不欲令酒酸。屈谷的大葫芦，坚硬而无窍，应该责备其无用。谨奉指教，不敢失坠。郗虑是我的故吏，赵衰拔荐郤縠，不轻于公叔提举的家臣。我知道您对待郗虑和我一样亲爱，训诲出自衷心。即使像惠伯、懿伯那样不和，尚且不得追念，何况我与他是旧交，怎么能自绝于贤吏呢！在此，我袒露腹心，愿与郗虑重修旧好。您苦言相劝，我终身诵之。”

建安十三年（208年），孔融再次出任太中大夫。曹操南征时，孔融说：“文德以来之。”曹操听后大怒，认为孔融怨诽浮华。孔融又对孙权的使者说出讪谤之言。

曹操既积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹罗织罪名，路粹数奏孔融罪状：“少府孔融，此前在北海国相任上，见汉室不宁，召集徒众，图谋不轨。孔融常自称：‘我是圣人后裔，祖上在春秋时灭于宋国。享有天下者，为何一定是卯金刀？’孔融曾经与孙权的使者交谈，言论肆意诽谤朝廷。而且孔融身为朝廷九卿，不遵守朝廷礼仪，秃巾私行，冒犯宫廷禁忌。孔融曾经与白衣祢衡私下交谈，言辞放肆，说什么：‘父亲对于儿子，有什么亲不亲？讨论本意，不过就是父亲泄欲的结果罢了。儿子对于母亲，又有什么亲的呢？就如同寄物缶中，出则离矣。’孔融与祢衡相互吹捧，祢衡称孔融‘仲尼不死’，孔融称祢衡‘颜回复生’。真可谓大逆不道，应该处以极刑。”路粹列举孔融罪状很多，诸如此类。建安十三年八月二十九日（208年9月26日），孔融被处死，时年五十六岁，并株连全家。

之前，京兆人脂习，与孔融交好，曾劝诫孔融，让他改正，但孔融始终不从。等到孔融被害时，许县没有人敢为其收尸，脂习前往抚尸说：“文举，卿舍我死，我当复与谁语者？”哀叹不止。曹操得知后大怒，派人收捕脂习，打算杀掉他，但不久又念及脂习行事正直，于是赦免了他。

孔融有高名清才，世人多为之感到悲哀。曹操担心人们议论，就下令：“太中大夫孔融既已伏法，但世人多采其虚名而少于核实，见孔融浮夸文笔，喜欢标新立异，便被其诳诈蛊惑，不再知其乱俗之举。此州人说平原祢衡受传孔融言论，认为父母与人本无亲情，不过像东西暂存于器皿之中。他又说若遭饥馑，如果父亲不肖，宁可救活他人。孔融违天反道，败伦乱理，虽斩于市朝，犹恨其晚。更以此事列上，宣示诸军将校掾属，皆使闻见。”

孔融是东汉末年一代名儒，继蔡邕为文章宗师，亦擅诗歌。魏文帝曹丕十分欣赏孔融文辞，在他死后曾悬赏征募他的文章，把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，列为“建安七子”。说道“孔融体气高妙，有过人者；然不能持论，理不胜辞，至于杂以嘲戏。及其所善，扬（扬雄）、班（班固）俦也。”

据《后汉书》载，孔融有诗、颂、碑文、论议、六言、策文、表、檄、教令、书记共二十五篇。但这为数有限的遗文，后世又有所散佚，大多只是片断流传，其中诗歌仅存八首。

孔融的文章以议论为主，内容大抵为伸张教化，宣扬仁政，荐贤举能，评论人物，多针对时政直抒己见，颇露锋芒，个性鲜明。在艺术上，文句整饬，辞采典雅富赡，引古论今，比喻精妙，气势充沛。现存作品只有散文和诗，孔融散文的特色是以文笔的犀利诙谐见长。

总体来看，他的散文讲究辞藻的华美和字句的对称，具有浓重的骈俪气息，这是孔融有别于同时其他作家的地方。同时人们指出他的文章“体气高妙”，“奋笔直书，以气运词”（刘师培《中古文学史讲义》），这又体现了建安时期文学创作的共同风尚。 与散文相比较，孔融的诗歌显得逊色。

孔融的品格与言论对当时和后世产生了影响。建安年间，舆论大都呼吁恢复肉刑，唯独孔融建议道（《后汉纪》记载孔融为反驳陈纪）：“古时候的人浑厚朴实，善恶不别，官吏正直，刑法清明，政治没有错误。百姓有罪，都是自己的责任。末世衰微，风气教化坏乱，政治搅乱风俗，国家的法律害了人民。所以说君主没有为君之道，百姓就涣散不服，而想用古时候的刑法残废他们的肢体，这不是除恶长善的办法。纣砍断早晨涉水者的小腿，天下的人都说纣暴虐无道。从前，周有一千八百个诸侯国，天下百姓，要养一千八百个君主，如果各砍掉一人的脚，下面就有一千八百个纣呢！想风俗纯美，是绝对做不到的。并且受了刑罚的人，有不想活的意念，有求死的决心。大多铤而走险，不再回归正道。夙沙卫祸害齐国，伊戾祸害宋国，赵高、英布为当时世道的大患，不但不能禁止人做坏事，正好断绝了人为善的途径。就算忠诚如鬻拳，坚持如卞和，多智如孙膑，蒙冤如巷伯孟子，才华如司马迁，通达如刘向，一遭到刀锯，死了也为人耻笑。所以太甲的思念常道，秦穆公使秦国称霸西戎，南睢之骨立（所指不详），卫武公《宾之初筵》饮酒悔过，陈汤矫诏发兵并斩郅支单于于都赖水上，魏尚的守边等等，不用再举了。大汉广开改恶之路，大都是这样。所以聪明有德的君王，深思远虑，弃短取长，政治上的措施是不随便进行改革的。”朝廷认为他的建议很好，最终没有恢复肉刑。他反对肉刑等的作品甚至到隋唐时期仍然被用作朝廷政策讨论的论据。

孔融本性宽容不猜忌别人，重视人才，喜欢诱导提拔年轻人。等到担任太中大夫后，虽然居家失势，而宾客天天满门。孔融常叹说：“座位上经常满人，木尊中酒不空，我就无忧了。”

孔融与名士蔡邕交好，蔡邕死后，有个虎贲士相貌有点像蔡邕，孔融每次喝足了酒，招他与自己同坐，说：“虽然没有了老成人，而让我高兴的是还有典型。”

孔融听说人家有善行，好像是自己做的一样，言语有可采取的，一定扩展完成，当面告诉人家所不足的地方，称赞他的长处。推荐贤士，奖励进取。如果他知道的，没有说，认为是自己的过错，所以海内的英才都信服他。

李膺：“高明必为伟器。”

陈登：“博闻强记，奇逸卓荦，吾敬孔文举。”

祢衡：“大儿孔文举，小儿杨德祖，余子碌碌，莫足数也。”

曹操：“世人多采其虚名，少於核实，见融浮艳，好作变异，眩其诳诈，不复察其乱俗也。”

曹丕：“今之文人，鲁国孔融文举，广陵陈琳孔璋，山阳王粲仲宣，北海徐干伟长，陈留阮瑀元瑜，东平刘桢公干，斯七子者，于学无所遗，于辞无所假，咸以自骋骥騄于千里，仰齐足而并驰。以此相服，亦良难矣。”

司马彪：“融在北海，自以智能优赡，溢才命世，当时豪俊皆不能及。亦自许大志，且欲举军曜甲，与群贤要功，自於海岱结殖根本，不肯碌碌如平居郡守，事方伯、赴期会而已。然其所任用，好奇取异，皆轻剽之才。至于稽古之士，谬为恭敬，礼之虽备，不与论国事也。高密郑玄，称之郑公，执子孙礼。及高谈教令，盈溢官曹，辞气温雅，可玩而诵。论事考实，难可悉行。但能张磔网罗，其自理甚疏。租赋少稽，一朝杀五部督邮。奸民污吏，猾乱朝市，亦不能治。”

张璠：“融在郡八年，仅以身免。帝初都许，融以为宜略依旧制，定王畿，正司隶所部为千里之封，乃引公卿上书言其义。是时天下草创，曹、袁之权未分，融所建明，不识时务。又天性气爽，颇推平生之意，狎侮太祖。”

葛洪：“孔融、边让文学邈俗，而并不达治务，所在败绩。”

范晔：①“昔谏大夫郑是有言：‘山有猛兽者，藜藿为之不采。’是以孔父正色，不容弑虐之谋；平仲立朝，有纾盗齐之望。若夫文举之高志直情，其足以动义概而忤雄心。故使移鼎之迹，事隔于人存；代终之规，启机于身后也。夫严气正性，覆折而己。岂有员园委屈，可以每其生哉！懔懔焉，皓皓焉，其与琨玉秋霜比质可也。”②“北海天逸，音情顿挫。越俗易惊，孤音少和。直辔安归，高谋谁佐？”

刘勰：“孔融守北海，文教丽而罕于理。”

房玄龄：“逮乎当涂基命，文宗蔚起，三祖叶其高韵，七子分其丽则，《翰林》总其菁华，《典论》详其藻绚，彬蔚之美，竞爽当年。独彼陈王，思风遒举，备乎典奥，悬诸日月。”

司马光：“岁其高气，志在靖难，而才疏意广，高谈清教，盈溢官曹，辞气清雅，可玩可诵，论事考实，难要悉行。但能张桀网罗，而目理甚疏；造次能得人心，久久亦不愿附也。其所任用，好奇取异，多剽轻小才。”

苏轼：①“文举以英伟冠世之资，师表海内，意所予夺，天下从之，此人中龙也。”②“晋有羯奴，盗贼之靡。欺孤如操，又羯所耻。我书《春秋》，与齐豹齿。文举在天，虽亡不死。我宗若人，尚友千祀。视公如龙，视操如鬼。”③“汉景帝以鞅鞅而杀周亚夫，曹操以名重而杀孔融，晋文帝以卧龙而杀嵇康，晋景帝亦以名重而杀夏侯玄，宋明帝以族大而杀王彧，齐后主以谣言而杀斛律光，唐太宗以谶而杀李君羡，武后以谣言而杀裴炎，世皆以为非也。”

陈普：“一身撑拄汉乾坤，无那危时喜放言。不受祢衡轻薄误，未容曹操驾金根。”

徐钧：“客满尊中酒不空，眼高四海眇奸雄。才疏意广终无就，已兆清虚西晋风。”

杨维桢：“孔北海，辟一隅。座客日高谈，论未闻，谈庙谟。弥生本独士，罪书空累予。在生承祖亦清俊，献策未为疏。言不听，何取诛？孔北海，儒亦迂。郑玄何取尊乡闾，妻孥已属青州牧，流矢几前犹读书。”

罗贯中：“孔融居北海，豪气贯长虹：坐上客长满，樽中酒不空；文章惊世俗，谈笑侮王公。史笔褒忠直，存官纪太中。”

张溥：“汉末名人，文有孔融，武有吕布，孟德实兼其长。”

李贽：“北海大志直节，东汉名流，而与‘建安七子’并称；骆宾王劲辞忠愤，唐之义士，而与‘垂拱四杰’为列。以文章之末技而掩其立身之大闲，可惜也！”

《隋书·经籍志》载有《孔融集》9卷，今已散佚。今存其集都是明、清人辑本，通行本有明张溥辑《汉魏六朝百三家集·孔少府集》1卷。

严可均《全上古三代秦汉三国六朝文·全后汉文》卷83载孔融有《春秋杂议难》5卷，集10卷，又有其文及奏疏。其诗又见丁福保《全汉三国晋南北朝诗·全汉诗》和逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗·汉诗》。

《古文苑》载有孔融《杂诗》2首，但《文选》李善注引屡作李陵诗，真伪莫定。而其诗亦近无名氏古诗一类，逯钦立《先秦汉魏晋南北朝诗》系入《李陵录别诗》。

孔融十多岁时随父亲到达京城洛阳。当时，名士李膺担任河南尹，如果不是名士或者他的亲戚，门人一般不通报。孔融想看看李膺是个什么样的人，就登门拜访。他对门人说： “我是李君的亲戚。” 守门人通报后，李膺接见了他。李膺问他说：“请问你和我有什么亲戚关系呢？” 孔融回答道：“从前我的祖先孔子和你家的祖先老子有师资之尊（孔子曾向老子请教过关于周礼的问题），因此，我和你也是世交呀！”当时很多宾客都在场，对孔融的回答十分惊奇。后来太中大夫陈炜（又作陈祎、陈韪）来到李膺府第，宾客把这件事告诉他，陈炜却不以为然地说：“小时候聪明长大后就不一定聪明。”孔融立即反驳道：“那么您小时候一定很聪明吧。”陈炜无话可说。李膺大笑，说：“你这么聪明将来肯定能成大器。”

孔融让梨的故事最早应见《世说新语笺疏》注引《融别传》。说的是孔融四岁时候，与兄弟一起吃梨，但他一直拿最小的梨吃，父亲奇怪地询问他，他回答说：“我是小孩子，按理应该拿小的。”孔融的宗族因而对他感到惊奇。

《三字经》中就有“融四岁，能让梨”之语。

“忘年之交”出自《后汉书·祢衡传》：“衡始弱冠，而融年不惑，遂与为交友。”指年辈不相当而结交为友。

据《御览》二百六十二引《秦子》记载，孔融任北海相时，在路上看见一个人在坟墓边哭泣自己的亡父，脸色却一点都不憔悴。孔融于是以“哀而不实”为由杀了此人；又遇到一个盗贼偷了邻家熟麦，孔融听说原因是其母病愈后想吃新麦，反而认为他“勤养于母”，赏赐了这个盗贼。

曹操攻屠邺城，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，但因为孔融学识渊博，认为是典籍上有记录的事情。后来曹操见到孔融，问这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”

《后汉书》记载，孔融被害时，他的女儿七岁，男孩九岁（《魏氏春秋》则记载孔融二子年八岁），因年幼得以保全。寄在别人家中。二子下棋，孔融被捕，不为之动。左右的人说：“父亲被逮捕，不起，为什么？”答说：“哪里有巢毁坏了卵不破的呢？”主人有给肉汁的，男孩口渴喝了。女孩说：“今天这样的祸，难道能够久活，还要知道肉味吗？”哥哥号哭而止饮。有人对曹操说了，于是决定都杀掉。等到捉拿的人到，女的对哥哥说：“如果死者有知，得见父母，难道不是我们最大的愿望！”于是引颈就刑，颜色不变。时人都为之悲伤。

《世语》则记载，孔融二子皆龆龀之年。孔融被捕时，回头对二人说：“为何不和父亲告别？”二人知道自己会与孔融一样被杀，都说：“父亲都是这样的下场，我们还有什么好告别的呢！”

《后汉书·卷七十·郑孔荀列传第六十》

《三国志·卷十二·魏书十二·崔毛徐何邢鲍司马传第十二》

《三国志·卷二十二·魏书二十二·桓二陈徐卫卢传第二十二》

《后汉孝献皇帝纪卷第三十》

在小说《三国演义》中，孔融形象与正史相似。为孔子二十世孙，最初任北海太守，十八路诸侯起兵讨董卓，孔融为第十镇。后黄巾贼管亥率兵数万围北海，孔融与之战不利，幸得太史慈求救于平原相刘备。刘备亲自引兵三千来救，管亥退走。曹操攻陶谦，孔融与刘备等引兵援救。

后召还为太中大夫，曹操征荆州时，孔融劝阻，被曹操叱退。孔融口出怨言，为郗虑宾客所听闻。郗虑素来与孔融不睦，于是将此事告诉曹操，孔融被下狱弃市。妻子都被诛杀。好友脂习冒险为其收尸。

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