文昌洞是在明历31年，即公元1603年由一个叫孙光祖的农民发现的，他在攀岩登崖时发现了山洞，当时洞口狭小，又值是下午，太阳夕照，洞内明亮，只见洞内有两间房屋大小。于是，他决定自己捐资出力护修此洞，他上书当时长清知县曹一兰，正赶上曹一兰也准备选择地方修文昌帝君庙。曹一兰极为重视此洞，派人进洞观察测量，设计布局，遂进行化缘募捐钱、物，招募工匠。经过一年的艰苦施工，于万历32年，即1604年春三月大功告成。曹一兰亲自撰写了《修文昌山洞碑记》，刻于洞中。因洞前是又高又陡的峭壁，便从下坡处垒起三丈高石墙，内填土和杂石，造成一个100多平方米的平台，以便人们祭拜。为方便人们上下，还沿山坡修了高陡的石级阶梯盘道，以便人们上山祭拜。