灵谷寺建筑布局比较规范，寺院建筑群呈对称状，自前往后，有照壁、山门、前殿、正殿（大雄宝殿）、观音阁。

寺门外正面有巨型照壁一堵，上书“普济圣师应化真身道场”十个字，说明该寺原是一座祀奉宝志的佛寺。其下六个红字“南无阿弥陀佛”。进入寺门可以看到灵谷寺的前殿，前殿后为正殿“大雄宝殿”。大雄宝殿北面为灵谷寺内最大的建筑观音阁，东面则为藏经阁。观音阁东面则为供奉玄奘法师顶骨的玄奘院。

灵谷寺的大门称为山门，因寺院多居山林之处，故有此称。灵谷寺山门有三个，象征“三解脱门”，即空门、无相门、无作门。灵谷寺山门正门的横楣上有于右任题书的“灵谷寺”三字。

灵谷寺前殿又称弥勒殿、天王殿，内供六尊像。殿中间供弥勒，面对山门。弥勒的背后供韦驮，面对大雄宝殿。两位背靠背，中隔板壁。殿两侧供四大天王。

灵谷寺正殿即大雄宝殿，为全寺的中心。殿中供奉的主尊为释迦牟尼，其左右有近侍迦叶、阿难两大弟子。大雄宝殿的东西两壁塑有金身十八罗汉像及二十诸天像。分为两层，上层罗汉，下层诸天。大雄宝殿的北壁，东坐观世音，西坐地藏王。大雄宝殿两旁有东西配殿，西为祖师殿，东为伽蓝殿。灵谷寺祖师殿称为“祖堂”。祖师殿属于禅宗系统，为纪念该宗祖师而建。灵谷寺祖师殿供奉的是西天东土历代祖师的灵位（自六朝梁代建开善寺以来，历经1500年，历代祖师计49位）。伽蓝殿供奉的是一尊关公金身塑像。

观音阁分上下两层，面积800多平方米，底层供奉宝志铜像，二楼供奉观音铜像。观音阁落成之日曾举行了真慈法师方丈升座仪式，这是自太平天国以来，灵谷寺举行的首次升座仪式。

灵谷寺藏经阁藏有清《龙藏》一部，共七千余卷，并藏有珍贵的影印《碛砂藏》一部。

玄奘院原为1973年设立的玄奘法师纪念堂，2006年扩建为玄奘院。玄奘院大远觉堂内供奉有玄奘法师像一尊，更有檀香宝塔一座，塔内安放玄奘法师的部分顶骨。

明代古灵谷寺仅存无梁殿一座建筑，无梁殿因殿内供奉无量寿佛而得名。由于这座殿是砖石拱券结构，不用梁木，所以俗称“无梁殿”。无梁殿建于明朝洪武十四年（1318年），该殿坐北朝南，前设月台，殿前露台宽敞，面阔5间，进深3间，殿高22米，宽53.8米，纵深37.85米，是中国现存最大的一座无梁殿。殿顶是重檐歇山顶，上铺灰色琉璃瓦，屋顶正脊中部有三个白色琉璃喇嘛塔，正中最大的琉璃塔的塔座是空心八角形，与殿内藻井顶部相通，可向殿内漏光，这种设计在中国现存的古建筑中非常罕见。整座建筑找不到梁柱，全部用砖砌造而成，采用了中国古代石拱桥的建造方法，由基层用砖先砌5个洞，合缝后叠成一个大型的拱形殿顶。正中拱券跨度最大，宽11.4米，高14米，两侧的拱券稍小，跨5米，高7.4米。该殿前后檐墙各设三道门，前檐墙拱门两边各有一窗，两侧墙各设四窗，门窗也采用拱券形式。前后檐墙厚约4米，结构坚固，建筑外部以仿木结构的形式出现，檐下有出挑的斗栱。据记载，无梁殿在明正统年间曾祀立三大佛，两边立有二十四诸天像，并被用于藏经。该殿在清嘉庆和道光年间曾多次修葺。清咸丰年间，灵谷寺寺内建筑大多毁于清军与太平军的战火，仅这座砖结构的无梁殿幸存。民国二十一年（1931年），国民政府将无梁殿改建为国民革命军阵亡将士公墓的祭堂，命名为“正气堂”。1981年，中华人民共和国南京市人民政府对无梁殿又一次进行了整修。灵谷寺无梁殿内正北面砌有三个拱形法圈，分别内嵌一块黑框石碑。正中的石碑上原刻张静江题写的“国民革命军阵亡将士之灵位”，西侧石碑上原刻蒋介石书写的北伐誓师词，东侧石碑上原刻陈果夫书写的中国国民党中央执行委员会祭文。1949年之后，这三块石碑上的碑文题刻都被磨平，1981年整修时分别被改刻为“国民革命烈士之灵位”《中华民国国歌》和《国父遗嘱》。殿内四壁嵌有110块太湖青石碑，上刻国民革命军阵亡将士名单，共33224人。其中，第1至第61碑，刻1926年至1930年间阵亡的北伐将士名录；第62至第67碑，刻1932年1月至4月间在淞沪战场抗日阵亡的第十九路军将士名录；第68至第110碑，刻1931年9月至1933年5月间在华北抗日阵亡的将士名录。2001年6月25日，包含古灵谷寺无梁殿在内的国民革命军阵亡将士公墓被中华人民共和国国务院列为第五批全国重点文物保护单位（已合并归入第一批全国重点文物保护单位—中山陵）。

《高僧传》卷十记载，宝志又作保志，俗姓朱，金城（今甘肃兰州）人。出家后师事僧俭，修习禅学，有很深的佛学造诣。传说在南朝宋太初元年（453年）以后，言行神异，“手足皆鸟爪”，常随身携带古镜、剪刀尺、扇之类的东西，披发赤足而行，“时或赋诗，言如谶记”。齐武帝、梁武帝和侯王士庶视为“神僧”，十分推崇。

真慈法师：曾任中国佛教协会理事、江苏省佛教协会副会长、南京市佛教协会会长，与及南京市栖霞寺、灵谷寺、玄奘寺、瓦官寺方丈。

净然法师：曾任灵谷寺监院、方丈，南京市佛教协会副秘书长。

传静法师：1984年礼南京栖霞寺辉坚长老出家，1988年于韶关南华寺受具足戒，曾任南京灵谷寺方丈，观音寺、龙泉寺住持，江苏省佛教协会副秘书长，南京市佛教协会副会长。

灵山法师：惟贤法师弟子，曾任灵谷寺监院，现任灵谷寺主持。

2011年4月23日，作为第一届“金陵礼佛文化月”中的重点活动之一，玄奘法师顶骨舍利供奉大典在南京灵谷寺举行。

2011年10月，由南京市佛教协会与台北市佛教会、金门县佛教会共同主办的“海峡两岸纪念辛亥革命一百周年祈福超荐水陆大斋法会”在灵谷寺举行。

2014年4月28日，南京灵谷寺举办灵谷寺开山1500周年庆典。

2015年5月15日，第五届金陵礼佛文化月活动之一的玄奘法师顶骨舍利供奉法会在灵谷寺隆重举行。

2017年6月16日，灵谷寺举办第七届金陵礼佛文化月玄奘舍利供奉法会。

明永乐五年（1407年）春，明成祖请哈立麻（第五世噶玛巴却贝桑波）在灵谷寺建普度大斋七天，为明太祖和马皇后的亡灵祈福，因普度期间发生众多奇异祥瑞之象，所以明成祖命画工制《灵谷寺普度明太祖长卷图》，长卷图的尺寸长为4968厘米、宽66厘米，其质地为绢布，是明永乐时期的珍贵文物。由于噶玛噶举派及却贝桑波本人在藏区的巨大影响力，以及超度法事活动的成功举行，明成祖将巨幅历史画卷赠送给了却贝桑波。从此，“普渡明太祖长卷图”便一直留在了青藏高原，《灵谷寺普度明太祖长卷图》保存完好是灵谷寺与西藏佛教的交流，是佐证西藏是中国不可分割一部分的有力历史证明。

1973年，南京灵谷寺修复开放，将存放于文管会的玄奘法师顶骨迎回。灵谷寺又建玄奘院，并以金丝楠木和纯金构建玄奘大师顶骨舍利塔，对玄奘法师顶骨进行供奉保护。

1983年4月9日，南京灵谷寺被国务院定为汉族地区佛教全国重点寺院。

灵谷寺位于江苏省南京市玄武区钟山风景名胜区内中山陵东约一千米处的灵谷景区内。

自驾出行

公交出行

乘坐南京公交202路至灵谷寺公园站下。

地铁出行

乘坐南京地铁2号线至钟灵街站下车，前往灵谷寺路转乘南京公交202路或沿灵谷寺路步行进入景区。