明天启元年设，全称“巡抚登莱地方赞理军务”或称山东海防巡抚，号防抚军门，有时简称“军门”，品秩为正四品，其上为山东巡抚兼提督军务，当时的登州镇总兵和东江镇总兵都归登莱巡抚节制。

明朝天启元年（1621年），山东巡抚分离出登莱巡抚，登州和莱州二府从属。

明崇祯二年（1629年）撤销巡抚一职，第二年复设。

有明一代，登莱巡抚计十四任，第二任袁可立最有作为。收难民，练辽兵，是唯一被列入登州名宦祠特祀的登莱巡抚。（光绪《登州府志·祀典》）

清顺治九年（1652年）裁，顺治末年又增设，直至康熙年间。