清顺治十三年（1656），耿继茂奏遣入侍，与兄耿昭忠留待京师，娶安郡王岳乐之女和硕柔嘉公主为妻，封和硕额驸，加太子少保。后进太子太保。

康熙十三年（1674），耿精忠叛乱，耿昭忠、耿聚忠率子侄请死，系於家待命，逾年赦免其罪，复秩如故。

康熙十四年（1675），命招降耿精忠，耿精忠拒降。

康熙十九年（1680），召耿精忠诣京师，耿聚忠与耿昭忠同时疏劾耿精忠，其略曰逆贼耿精忠，背恩反叛，臣等同气，法应连坐，蒙念及臣祖耿仲明、臣父耿继茂两世微劳，特予宽赦。遣臣齎敕招抚耿精忠，岂知冥顽负固，抗逆不悛，臣等疾首痛心，恨弗食其肉。幸天威赫濯，大兵入闽，耿精忠力竭势穷，复戕害总督范承谟暨其亲属数十人，委积屍骸道路，惨目当此，魂游釡底，犹然肆毒不休，若使一隙可为，更不知若何，螳逞尚邀皇仁，矜宥复爵如初，顾蒙面偷生，拥兵观望，泣思臣祖臣父及精忠荷三朝厚恩，世授王爵。虽捐糜顶踵难酬万一，乃耿精忠逆伦肆志，纠众反戈，臣母周氏哭阻不从，逼致殒命。且诬臣祖与逆贼吴三桂在山海关时曾有成约，是不独贻祸，手足所弗顾。祖父亦视，若仇讐忍心贼，臣念及此义不俱生，今耿精忠将至阙下，乞赐显戮，播告中外，以为乱臣贼子戒。疏入下法司议行。寻命耿聚忠赴福州，密筹迁移藩兵事。耿聚忠至福州，以藩兵皆可迁移覆奏，称旨，遂奉诏携耿精忠家属还京。