1959年，萧兵被定为右派，开除军籍、公职，遣送苏北强制劳动。在劳动中，不慎失去四个手指，依然顽强学习，始终没有停止过。1977年，淮阴师专复校，求才若渴，提出把他调来，还在运输队跑供销的他开出了一个“天价”：一要学校出钱让他办一个刊物，二要给他一套房子。消息传来，校园里议论纷纷，但当时的学校领导还是力排众议，满足了他的“狂妄”要求：拨款一万元（相当于现在的数十万元）让他办一个刊物；以给刊物编辑部办公室为名给他这个单身汉一套房子。从此，这个由茅盾题写刊名、萧兵主编的《活页文史丛刊》诞生了。它团结了国内一大批文史专家学者，发表了许多有见地的文章和资料，成为国内一个响亮的学术品牌。

早在1957年前后，萧兵就发表了《宋江论》《贾政》《电影剧本的银幕体现》等数十篇有影响的论文，在当时的上海滩产生了一定的影响。文革后，他一发不可收，自1978年以来，连续发表论文300多篇，在学术界引起极大的震撼，曾有“世上有签皆沫若，天下无刊不萧兵”之流行语，学界惊呼为“萧兵现象”。著作有《楚辞研究》系列七种，《中国文化的人类学破译》系列四种，《中国小说的人类学趣读》系列四种，《中国文化的精英》《傩蜡之风》《神话学引论》等近20种；其中论文集《黑马》等五种由台湾时报文化公司等出版。以上共约1000万字。曾获中国图书奖、学会奖以及江苏省各届社会科学优秀成果奖等，在国内外引起了极大的反响。曾应赴中国科技大学、南开大学、南京大学、兰州大学、香港中文大学、台湾清华大学、美国普林斯顿大学、印地安纳大学、加洲大学洛杉矶分校等国内外30多所高校和学术机构讲学、访问。