隆庆六年（1572年）十一月，母亲已经七十七岁，萧大亨请求返回故乡，以尽奉养母亲的责任，得到明神宗的允许。

万历三年（1575年）十一月，萧大亨补任陕西副使，分守神木兵备道。萧大亨所到之处皆是边防要地，紧邻敌境，但他都以其卓越的安抚和防御策略闻名。在神木时，正值与敌人议和初期，双方约定尚未明确，他严阵以待，加强内部防备，同时参与商讨抚赏和互市政策，使之成为惯例，从而使敌人臣服。他加强墩台和斥候的联络，使敌人不敢渡河放牧。

万历五年（1576年）正月，萧大亨转任山西副使，驻守岢岚。后因功绩显著，被升为山西右参政。任职期间，萧大亨广泛储备物资，修缮盔甲兵器，加固了十多个州县和边堡的城防，不到半年时间，军事政务焕然一新。在岢岚驻守期间，数年之内内外平安无事，他的名声更加显赫。

万历八年（1580年）闰四月，萧大亨被提拔为都察院右佥都御史，负责巡抚宁夏地区。在任期间，他大力推行屯田政策，疏浚了自汉朝、唐朝以来遗留下的众多渠道，并修筑了灵州、花马池、玉泉等多座城池，以壮大边防声势。对于敌寇首领的市赏（即通过贸易或和谈给予的赏赐），他都严格依照规定进行裁减，节省下来的国库资金数以万计。有人议论说宣府是京城的屏障，地理位置十分重要，应当派遣优秀的巡抚大臣镇守。

万历九年（1581年）四月，朝廷任命萧大亨以原官职转任巡抚宣府，负责协助处理军务。在最初与敌寇和谈时，边境的官员们如同侍奉骄横的子弟一般，渐渐失去了对局势的控制。但他凭借智慧和勇气，以坚定的态度和威严的举止，成功掌控了局面。对于敌寇部落的请求，他并不总是立即满足，而是时常召集他们的首领，用严厉的话语加以折服，使他们都俯首听命。对于那些廉洁勇敢、熟悉边务的将校，他常常降低身份，亲自接纳，并委以重任，使他们成为自己的心腹，人人都乐于为他效力。因此，对于敌寇中的一举一动，他都能迅速掌握并做出反应。正因如此，他在处理边防事务时，能够抓住关键，十次行动几乎不会有一次失误。即使狡猾的敌寇侵犯边境，也往往因为他事先掌握了要领而不得不收敛行为，接受惩罚。

万历十年（1582年），萧大亨晋升为都察院右副都御史、兵部右侍郎。

万历十五年（1587年），萧大亨协助管理京营的军务，不久后又回到兵部任职。

万历十七年（1589年）二月，萧大亨被派去护送潞王前往封地就藩，途中他严格禁止了奢侈的供应和额外的开支，使得藩卫之地的人都奉公守法，所经之处百姓安居乐业。完成护送任务后，他被提拔为都察院右都御史兼兵部右侍郎，并总督宣大军务。由于宣大两镇有很多是他昔日的部属，他们都很高兴他的到来，同时与敌寇的和谈也变得更加恭顺。

当时，鞑靼在洮河地区侵扰掠夺，朝廷上议论纷纷，有人认为鞑靼的首领实际上是暗中支持这些行动，应该命令九边停止和谈，决战到底，并责成萧大亨全力向西征讨。但萧大亨表示：“现在国家对付敌寇，应该以安抚顺从者、剿灭叛逆者为长期策略。即使西部敌寇内部有纷争，我们只需声讨其罪行并予以剿灭即可。如果没有确凿的证据表明敌寇的王有其他不法行为，就贸然断绝关系，只会无端挑起边境争端，让边民处于战火之中，导致军费开支无穷无尽，这并不是明智的决策。”恰好明神宗召见申时行询问意见，申时行的回答与萧大亨的观点一致，而且明神宗所派遣的经略大臣也支持萧大亨的议论。于是，朝廷命令敌寇的首领东归，并驱逐了西部敌寇，使他们远逃，洮河地区因此恢复了平静。人们称赞萧大亨处事练达、镇定自若且顾全大局。

此外，当宁夏发生叛军杀害巡抚并勾结鞑靼入侵的事件时，萧大亨迅速调遣宁武等地的将领守卫关隘，进行远程声援，并通过计谋牵制鞑靼首领，使他们无法轻举妄动。那些被叛军引诱的部落多次受挫，最终在贺兰山下遭到大败，宁夏之乱得以平定。另外，史、车二族夷人叛逃出境以及五台地区多发的矿盗事件，也都在萧大亨的妥善处理下，没有动用大军就得到了解决。

万历二十三年（1595年）五月，萧大亨因功晋升为兵部尚书，并加封为太子太保，明神宗亲赐玺书表彰并赏赐财物，但他上书推辞。明神宗考虑到他在边疆的辛劳，于是召他回朝担任刑部尚书。皇宫内发生火灾，明神宗下诏追查火灾原因，本应将数人处以死刑，但他都予以释放。倭寇侵犯朝鲜，兵部尚书石星主张封贡以和，导致一系列繁琐的举措，随后东征军队失利，明神宗大怒，下令诛杀一名偏将军，并打算追究石星的责任，但萧大亨竭力为石星求情。明神宗不悦，严厉责备石星，并削减了他的官阶俸禄，但他始终未遵从明神宗的旨意。当时，西边边境主张作战，东边则主张议和，石星在这两方面的主张都与萧大亨相抵触，但他最终保全了石星，展现出他公正持平的处事态度。

万历三十年（1602年），萧大亨奉命兼任兵部尚书。恰逢倭寇首领丰臣秀吉去世，釜山的倭寇全部逃走，东征军队连连告捷。有人用流言蜚语动摇朝中当权者的决心，萧大亨对经略邢玠说：“倭寇已陷入困境，我军应乘胜追击，将他们一网打尽。”于是邢玠决定进兵，俘虏和斩杀敌军数以万计，明军凯旋而归，朝鲜也得以安宁。明神宗于是下诏恢复他的太子太保之职，并赐予他世袭锦衣卫的恩荫。当时，南北边疆捷报频传，明神宗多次赏赐并荫及他的子孙，但他都坚决推辞，直到九年之后，才接受了少傅兼太子太傅的任命。

万历三十二年（1604年）十月，萧大亨改任兵部尚书。

万历三十六年（1608年），萧大亨多次上疏请求退休，共上了数十次奏章，明神宗特别颁发褒奖诏书，并赐给他车马让他回乡。

万历四十年正月二十二日（1612年2月23日），萧大亨在家中逝世，享年八十一岁。

万历四十四年（1616年）四月，明神宗听从吏部尚书郑继之的请求，追赠萧大亨为太傅。

通贡互市是维系明蒙和平关系的主要方式，包括两个方面：一是“贡”，即封爵抚赏，明廷授予蒙古贵族以王、都督、指挥、千百户等大小不同的官爵，蒙古贵族按官爵高低准备丰检不同的物品向明朝“进贡”，明廷据此给予厚薄不一的“回赐”，是为“封爵抚赏”；二是“市”，明朝在长城沿边设立多处贸易地点，与蒙古进行物资交易，有官市、民市、小市等几种形式，是为“互市”。

隆庆五年（1571年），宣大总督王崇古力促“俺答封贡”成功，实现了明蒙和平贡市关系。此时萧大亨已改任陕西按察司佥事，他配合王崇古同蒙古土默特、哈嗽慎诸部建立互市的工作，极力建立同蒙古鄂尔多斯部的互市。在萧大亨主持下，首先开设了同鄂尔多斯部的榆林马市。在此过程中，他注重处理同蒙古人的关系，“参酌抚赏互市，著为例，虏遂帖服”。

万历十七年（1589年），萧大亨由兵部右侍郎升任宣大总督。甫一就任，他就根据蒙古的请求，对蒙古贵族的封赏作了调整，并且得到明神宗的批准，这进一步巩固了明蒙关系。对于同蒙古的互市和赏赐，萧大亨始终按双方议定的规章谨慎行事，在遇到特殊情况时，又能不拘于一格，灵活处理。

万历十八年（1589年）至万历十九年（1590年），扯力克护送三世达赖骨灰回藏，率部至青海，与明朝发生冲突，为此明朝革除了扯力克的市赏。但萧大亨仍然依照旧例，同未随扯力克西行的土默特诸部开市交易。萧大亨的这一做法招致了一些人的反对，万历十八年（1589年）九月，巡按直隶御史张鹤鸣对此进行弹劾，萧大亨愤而辩解，得到明神宗的支持。万历十九年（1590年）六月，按照既有规定，蒙古应向朝廷进贡马匹，马匹送至宣大总督处，由总督代进。蒙古各部因扯力克已被革除市赏，所以不敢前来，只是提出要求贡马之事。萧大亨上奏建议：“除扯酋遵旨暂停外，将在巢诸酋应贡马匹照例查收，候扯酋回巢之日，酌议奏请两年贡马或与一并代进，准照旧规互市，以彰分别顺逆之意。”这一建议也得到了皇帝的准许。萧大亨长期同蒙古打交道，熟悉蒙古内部情况，他站在明朝利益的立场上，恰当地处理了许多事关双方关系的重大事件。

嘉靖年间，蒙古右翼在俺答汗等人的率领下，进入青海地区征讨叛逃的蒙古异姓封建主，胜利后俺答汗留下儿子丙兔、丙兔之子真相、多罗土蛮部的火落赤等占据了青海。俺答汗晚年崇信佛教，在青海修建了仰华寺，万历六年（1655年）与西藏佛教格鲁派首领三世达赖喇嘛在仰华寺举行会谈，从此蒙古族阪依了藏传佛教。青海地区是右翼蒙古与西藏交往的必经之路，火落赤、真相等人也因此十分活跃，他们驻牧在莽剌川（今青海贵南县之南）、捏工川（今陕西夏河县之北）一带，不断同明朝边境发生军事摩擦。

万历十六年（1588年），三世达赖死于在右翼蒙古传教的途中。万历十八年（1590年），顺义王扯力克与三娘子率众护送三世达赖的骨灰回藏，进入青海，更加剧了火落赤、真相同明朝的边境纠纷。发生边境冲突的地点在旧洮州、河州、临洮、渭源等地，均在洮河流域（今兰州以南地区），因此史称“洮河之变”。蒙古在青海地区活动的升级，引起明朝的高度重视。此时作为宣大总督的萧大亨，是主战还是主和，对明朝的决策具有重要影响。萧大亨认为，制御蒙古的策略当为抚赏归顺者，追剿叛逆者，作乱者只是火落赤等人，扯力克并无实际的谋逆行为。如果贸然出兵，一个火落赤尚且难以对付，全面开战，必然后患无穷。明神宗对萧大亨的看法表示认可。同时萧大亨还致函申时行，申明自己的看法。申时行当然赞同萧大亨的看法，所以在廷议时，完全以萧大亨的观点来回答明神宗。有了朝廷的支持，萧大亨开始在宣大实施自己的策略。

首先，萧大亨召集各部首领，声明扯力克的“背德之罪”，让各部明白明朝“抚顺剿逆”的政策；在革除扯力克市赏的同时，继续与未随扯力克西行的其他部落开展贡市，其情前面已述。其次，他未雨绸缓，加强宣大各镇的军备，上疏言大虑将归，门庭之寇可虑，傭户之计宜固。议处兵将以图实用，议拨补冲城额军，议墩台号令专官，议改造全镇火器，议摘修紧要边堡，议沿边屯捕兼官。这些建议都得到了准许。萧大亨在“大虏将归”（扯力克东归）之前，通过重新排兵布阵、增补额军、加固边堡、通畅信号、改造军械等措施，充实了宣大各镇的军备，增强了防御能力。

万历十九年（1591年）十月，萧大亨向朝廷报告：“扯酋、套虔东归，甘、固似属无事。”但陕西总督魏学曾却说：“扯酋部落虽归，阴留精兵二万于嘉峪关，欲助火、真入寇。是宜调兵靖虏、兰州，视西事缓急再为移动。”扯力克到底是否真的东归，竟成迷团，朝廷令萧大亨继续查明。萧大亨派通事王汉林前去探听，王汉林来到蒙古营地，“亲见扯酋、三娘子归巢已真”，向朝廷报告了确切消息。同时萧大亨上疏朝廷，建议扯力克既已东归，郑洛“宜遵旨东还以定战款之略，陕西四镇宜悉付魏学曾防御”。明神宗采纳了他的建议。自此，“洮河之变”平息了，朝中紧张的气氛也逐渐缓和下来。

内阁次辅王锡爵对萧大亨在处理“洮河之变”中的表现，给予了很高的评价，他将萧大亨与郑洛的功劳等量齐观。萧大亨在危机的关头，与郑洛、申时行等人持谨慎的态度，反对简单地对蒙古诉诸武力，这是十分明智的。明朝当时无论从政治格局还是综合国力上，都无力再次陷入同蒙古无休止的厮杀之中，他们的正确决策，最终使明朝避免了一场以国运为赌注的战争。

16世纪中期，在宣府镇下北路龙门所（今河北赤城县龙门所镇）边境地区生活着被称为“朵颜别部”或“朵颜支部”的两部分人群，一枝的首领是史大官、史二官，所以被称作“史夷”，另一枝的首领是车达鸡，所以被称作“车夷”。史、车二夷由蒙古人和相当数量的汉人组成。

万历十八年（1590年），史二官、车达鸡率部出关，投往右翼蒙古，车夷女嫁黄台吉为妾，史二官直接归附了安兔，进而经常同明朝发生边境冲突。万历十九年（1591年），扯力克回从青海东归土默特，“洮河之变”平息。扯力克一回到土默特，就向明朝索要革除了二年的市赏。萧大亨认为，不能简单地恢复市赏，一定要让扯力克为先前的过失做出补偿。这个补偿，就是让扯力克擒拿叛逃的史、车二夷献给明朝，然后再恢复他的市赏。萧大亨的意见占了上风，于是将计划付诸实施。

萧大亨的计划经历了三个步骤，首先是施以兵威。萧大亨通过擒获史二官之子红亥、女哥镇等，以及斩杀史二官之妻等数十人，给史、车二夷以沉重的打击，从而为下一步计划的实施做了铺垫。接着，萧大亨釆用反间计，派使者游说并修书扯力克，向扯力克讲明利害，希望他能谨言慎行，不要有破坏明蒙友好关系的举动，力图切断扯力克与史、车二酋的联系，并希望扯力克能够帮助明朝擒获史、车二酋，以示修好，明朝将不计前嫌，贡市如旧。萧大亨在给扯力克的信中说道：“倘忏前恶，捕二酋以自赎，即万金吾何爱？且不夺尔旧恩，贡市有常”。经过萧大亨的反复游说，扯力克颇为心动，但仍犹豫未付诸实施。最后，萧大亨利用三娘子说服扯力克扯，力克终于被打动，于是将史、车二夷献上。萧大亨花费了很大的力气，使明朝解脱了对扯力克要求恢复贡赏一事“拒之不可，许之无名”的局面，既保证了明蒙继续和平友好，又保全了面子。

史二官被扯力克擒献后，有人以其叛逃之罪主张处死。萧大亨认为，杀史二官等头目无益于边境的稳定，如果留而不杀，还可“系夷心”，史二官之子吉妹率部来降就是很好的证明。兵部十分赞同萧大亨的建议，说：“督臣言是。使生者感恩，归者效顺，而未降者思归。外伐安兔之谋，内责侦探之力。宜从。”明神宗对萧大亨和兵部的意见均表示首肯，下令执行。萧大亨在处理史、车二夷叛逃一事中，利用蒙古人的内部矛盾，以夷制夷，而后又对史夷留而不杀，笼络了蒙古各部的人心，实为高超的谋略。

明神宗朱翊钧：萧大亨总督西陲，抚绥强虏，边疆赖之。（《明神宗实录》引）

赵志皋：惟大亨精通兵计，可计大事。（《明神宗实录》引）

王锡爵：经略公顷伸威于西，然照顾东边诸虏不及，门下一面堤防，一面抚谕，先使虏巢勿动，以待扯酋之归，此救斗不控拳，其劳效岂在经略之下也！（《王文肃公文集》）

申时行：公为人爽朗阔达，量弘而识敏，与人交，逡逡自下，常与少贱者均礼，人不知其贵且寿也。既久历边陲，延揽诹度，凡地形险易，军储赢缩，将吏能否，虏情向背，皆洞若烛照，或叩以疑事，及计画所出，应答如响，娓娓缅愈，若倾囊出物，必尽而后已。其推贤奖善，惟恐不及，有睚眦则忘之。里居不践公庭，而兴革关利弊者亦不惮谆复，有司奉以为楷式焉。今海内幸无警，而边事尚多隐忧，安得起公于九原，而与之决大疑、定大计，此余所以重为公悲也！（《光禄大夫少傅兼太子太傅兵部尚书萧公偕配封一品夫人刘氏合葬墓志铭》）

郑继之：历宦边庭，勤劳难泯；久司邦政，物论颇腾。（《明神宗实录》引）

吕坤：人皆以公擒史、车为奇功，而不知公之能用扯酋为大智也，夫扯酋负西犯之诛，而乞三年之赏，至无名也，重兵以临之，岂曰无辞，而力未能抑心以许之，岂能终免，而名未可。公予之可赦之名，责以可尝之功。奴隶名王，既以尊吾体束缚雄逆，又以伸吾威。即捐万金于一朝，轻三年于一诺，吾不为损重且携彼同仇之谊，绝我叛逆之奸。二心之寇，孰不自危九边诸戎，谁复反侧。筹边伟绩，厥惟惫哉！（《赠萧岳峰晋宫保大司马序》）

叶向高等：大亨敡历四十年，功名俱在疆圉，虽其才俱有以胜之，然而形势利便，无有逾其谙习者矣。（《明神宗实录》）

谢肇淛：金麾动地，鲸鲵服京观之刑；铜柱标云，鳞甲变冠裳之会。南人不复反矣，西顾宁有忧乎？虽伐罪吊民，圣朝有两阶之化；而发纵指示，相国实万世之功。（《代贺萧大司马启》）

萧大亨著有《今古文钞》《文章正宗》《家训》《岳峰萧公奏议》《夷俗记》。

萧大亨墓位于山东省泰安市岱岳区满庄镇东林和西林两村之间、金牛山之阳的土岗上。墓地占地28亩，气势恢宏，建造精美，有保存完整的石雕群。墓前有童男童女4人，除牌坊前后对称外，其余石人、石兽、石畜、华表均左右对称，排列在长60米、宽8米的神道两侧。前后石坊是四柱三门式，均高10米、宽4米，门柱上雕刻着牡丹、祥云等吉祥花纹和麒麟、狮子、凤鸟等瑞鸟瑞兽。2013年5月公布为第七批全国重点文物保护单位。

2003年电视剧《神捕十三娘》：陈宝国饰演萧大亨。