康熙六年，董纳参加殿试，赐一甲第三名进士，授翰林院编修。董纳累官都察院左都御史，他以正色做下属的表率，论议公事识大体、持大节。

康熙十一年，董纳出任云南乡试主考官。以后董纳累迁升至江南总督。任职期间，施政维持大局，有恩惠于当地老百姓。不久，他出任两江总督，重新倡导农事。他上奏请除官僚中的蠹虫，康熙帝采纳所奏，将劣官给以罢官。康熙二十二年，以侍读出任提督直隶学政。康熙二十四年，董纳以礼部侍郎出任会试同考官。康熙二十七年，董纳因河工受处分，降五级，以翰林官补用。

康熙二十八年，康熙帝南巡，到达江南，大批百姓举着香跪拜在董纳的生祠堂前，向康熙帝请求，恢复董纳官职，让他回到江南任官。康熙帝南巡归来，对董纳笑着说：“你在江南做官，给百姓带来不少好处，百姓为你都建小庙了。”然后哈哈大笑。不久，授以侍读学士，董纳又出任总督漕运事务。一改督察漕运办法，他设置交易的小单票等制度。在任上，剔除了逃避税眜奸商，堵住了做假的弊端，将漕政整肃一清。董纳处事待人峭直、沉稳、敢作敢为，有男子汉的气概。遇事不因为难易而退缩、委曲求全，无论朝里朝外，全都以高风亮节著称于世。