薛宗正先后在新疆奇台县第一中学、奇台县师范学校、昌吉师范专科学校任教，1979年开始发表学术论文；1980年考入中国社会科学院，助理研究员，调入刚组建的新疆社会科学院，在历史研究所从事专业历史研究工作至今。

薛宗正主要研究领域为隋唐时期西北边疆史、民族史（突厥史、吐蕃史、回纥史）。在《历史研究》、《中国史研究》、《民族研究》等权威刊物上，发表专业学术论文数十篇；出版个人专著4部：《突厥史》（中国社会科学出版社1992年）；《历代西陲边塞诗研究》（敦煌文艺出版社，1993年）；《安西与北庭》（黑龙江教育出版社，1995年）；《吐蕃王国的兴衰》（民族出版社，1997年）。

主编了《新疆古代史事记》，《中国新疆古代社会生活史》（国家社会科学基金资助项目，魏晋南北朝至隋唐部分）；并参加了《中国历史大辞典·民族史卷》、《中国历史大辞典·历史地理卷》、《中国历史大辞典·隋唐五代史卷》、《丝绸之路文化大辞期》（任编委），《新疆历史词典》（任编委）等大型辞书中辞条的撰写工作。总计发表论著近200万字。