嘉定元年（1208）中铨试，授迪功郎，后出任湖南湘潭县丞。县领屈从劣绅，错判一起案件，磊卿据实提出纠正，被拒绝，即辞职还乡。嘉定七年中进士，授邵州州学教授。

嘉熙三年（1239），任枢密院编修兼兵部侍郎官、左正言兼侍讲，纂修国史。由丞相史弥远的幕僚余天锡，藏污纳垢，迫害忠良，朝野敢怒而不敢言。郭磊卿冒死上疏劾走：“鸱鸮入林，凤凰远去；豺狼当道，驺麟自藏。陛下欲聚群贤以兴治，而股肱喉舌之任，乃使庸邪厕迹其间，是却行而求前也。”连奏三章，余天锡终于把关。史嵩之继任相位，怙权不法，祸国殃民，磊卿义无反顾，拟章劾奏。史嵩之以明升暗贬之法任他为理宗起居郎，磊情愤而离京，被宣押羁留，不久暴粗。磊卿与杜成治、徐元杰等人在端平间以“弹劾权幸无所避”而闻名遐迩，称“端平六君子”。卒谥正肃。著有《兑斋集》。