1594年11月9日入耶稣会，是第一位来华的法籍耶稣会士。1607年3月他在完成了教会规定的学业后，被派赴远东传教，从葡萄牙的里斯本启程。1610年（万历三十八年，即利马窦卒年）秋，即在利玛窦逝世后6个多月抵澳门。1611年初，他经由肇庆抵达南京，真正开始了在中国的传教生涯。

在南京金尼阁随高一志、郭居静两神甫学习中文，并从事教务工作。当时李之藻在明陪都南京任职，跟郭居静、金尼阁交往甚密。这年4月，李之藻因父亲去世，告假回故乡杭州。趁此机会，报请当时中国天主教会负责人龙华民的同意，邀郭居静、金尼阁两神甫和中国籍修士钟鸣仁同往杭州开教。金尼阁一行于5月7日到达杭州。次日，就在灵隐寺附近龙泓洞一带的李之藻寓邸举行了该城历史上首届耶稣会弥撒礼。不久，郭、金等人迁居城外杨廷筠府中。杨廷筠是李之藻的朋友，东南名士，笃信佛教。通过李之藻的介绍，他经常与金尼阁辨析宗教问题，对基督教由钦佩而信仰。6月，竟然接受洗礼，皈依基督。金尼阁在南京的教务，深得龙华民的赏识。

1613年2月，他受龙华民特遣， 返罗马晋见教皇，去罗马向教皇保罗五世“奏陈教务，并请准翻译经典，司铎用华言行圣祭，诵日课，教宗一一允准”，但因客观情况未实行。但他是“第一个向教廷请准以中文举行弥撒，行其他圣事，以及诵念‘日课’的”天主教传教士。在回欧洲的漫长旅程中，他把利玛窦用意大利文写作的回忆录手稿《基督教远征中国史》改为《利玛窦中国札记》翻译成拉丁文，并作了补充和润色。这本著作刊印后，在欧洲引起轰动，耶稣会内掀起了到中国传教的热潮。金尼阁此行还有两个任务，一是请求耶稣会总会增派人手，二是采购图书仪器。采购图书仪器是为了在北京建立一个图书馆。教皇保罗五世向中国耶稣会赠送了五百多册图书，其余部分，则由金尼阁和同伴邓玉函精心挑拣，从意大利、法国、德国、比利时、西班牙、葡萄牙等国收集而来。1615年6月，金尼阁获得教皇诏谕，允许中国教士用本国文字举行宗教仪式，准许当地人士任神职，并可用中文翻译《圣经》。

在欧洲期间，金尼阁两次进行环欧旅行大宣传。他常常身着儒服出现于公众场合，向西方人介绍中国文化。1618年4月，他率领20余名新招募的传教士搭船离开里斯本，再次踏上来华旅途。次年7月抵达澳门。

1620年春到南京，不久赴杭州、北京。在艰苦的旅途中，有7名传教士染病死亡，包括金尼阁的弟弟。同船来华的邓玉函、罗雅谷、汤若望、傅泛际等人都有很深的学术造诣，日后在中国大力传播西学。在天主教史上，金尼阁成为第一位重返欧洲又从那里率领大型传教团重来中国的传教士。

金尼阁第二次来华时还带来大量外文书籍。这不仅因为他个人热爱书籍，遵循利玛窦开创的学术传教之路，而且因为金尼阁在返回西欧前接受了在华传教会让其在欧洲广泛募集图书，从而在北京等地建立教会图书馆的任务。金尼阁这次前来，不只带来了这些西学人才，让后人感兴趣，他还为中国带来了整整一个图书馆的书籍。据说，这些书都是精装本，无一重复，囊括欧洲古典名著和文艺复兴运动以后的神学、哲学、科学、文学艺术等方面的最新成就。为了募集新书和仪器，金尼阁漫游意大利、法国、德国、比利时、西班牙、葡萄牙等国，终于收集了精装图书7000余部。金氏本人估计所收书籍和仪器在离欧时价值1万金币。为此，金尼阁拟定了一个庞大的翻译计划，联络了艾儒略、徐光启、杨廷筠、李之藻、王徵、李天经等中外人士共同翻译出版这些书籍。向达先生称这一举动：“比之玄奘求经西竺，盖不多让”。

1628年，金尼阁在杭州病逝，“西书七千部”介绍给中国知识界的计划流产。后来，李之藻和王徵等人零星翻译了其中一些著作，大部分书籍蒙上尘埃，默默地流失。1938年，北平天主教堂整理藏书楼时发现了“七千部”中残余的数百部，其中有哥白尼的《天体运行论》和开普勒的《哥白尼天文学概要》等重要的科学典籍。

金尼阁二度来华后，先在南方进行传教和译著工作，较长时间住在杨廷筠家， 并以杭州为中心，到嘉定等地活动。1621年春，金尼阁“往南昌，旋又赴建昌韶州，视察教务。翌年赴杭州被难；1623年，往河南开封开教，1624年金尼阁艾儒略之后，由开封来山西，在绛州定居，并建一小教堂，这是山西有天主教堂的开端。因此金尼阁也被誉为是山西天主教内的首任本堂神父。金在绛州仅一年，1625年调往陕西。1626年在王徵的协助下，完成中文书《西儒耳目资》三卷。他大部分的著作为拉丁文，这是他的一本中文著作。《西儒耳目资》的目的，据他自述，为了使中国人能在三天内通晓西方文字体系。1627 年(天启七年) ，他再度被召回杭州，从此就在这里专心传教和著述。

金尼阁明末两度来华，在华时间长达12 年之久，对中西文化的直接交流和基督教在中国的传教事业做出了贡献。1629年11月14日在杭州逝世，被埋葬于浙江省会杭州市西郊老东岳附近桃源岭麓大方井(今杭州市西湖区留下乡东岳村) 耶稣会司铎公墓。

金尼阁在杭州时组织刻书，著名的有他翻译的“五经”拉丁文译本(Pen tab ilion Sinen se) ——这使他成为第一个将译成西文的中国典籍付诸出版的西方人；以及他在中国学者王征等人协助下，用西方语音学探讨整理汉语音韵规律而成的《西儒耳目资》——编写此书的目的，主要是为帮助来华传教士认读汉字，但也是为让中国人了解西文。它在中国音韵学史上具有开拓新领域的作用，事实上也成为中国最早的汉语拼音方案。

金尼阁在西方人中第一个撰写了系统的中国历史著作《中国史编年》(A nnales Requ iSenen sis) ，出版了第一册。他还和中国学者张赓一起，将拉丁文本《伊索寓言》选译成《况义》(即寓言) 出版，这是这部欧洲古典名著在中国最早的译本。

金尼阁向西方介绍中国文化的力作，是前述他翻译并增写的利玛窦中国札记《基督教远征中国史》，它在欧洲的一版再版，引起欧洲人了解中国的热潮。此书英译者写道：“自从3个世纪以前金尼阁的书首次问世以来， 没有任何国家的哪一个汉学家不曾提到过利玛窦， 中国的史学家也无不引用金尼阁的书，它打开了中国与欧洲关系的新纪元， 留给我们一份世界上最伟大的传教文献。它对欧洲文学和科学、哲学和宗教等生活方面的影响，可能超过任何17世纪的历史著述。”

《推历年瞻礼法》一卷，一六二五年西安刻本《西儒耳目资》三卷，一六二六年杭州刻本，这是一部最早用音素字母给汉字注音的字汇。自称沿袭利玛窦所创体制，即用利玛窦二十五字母“互相结合，上加五个字调记号，来拼切一切汉字的读音。

《况义》一卷，一六二五年西安刻本，《伊索寓言》之选译本也。一八四零年香港英国人增订而重刻之，题曰《意拾喻言》

《利马窦扎记》五卷，谈耶稣会士在华传教情况，奥古斯特一六零五年版

《金尼阁神甫信扎抄本》

《比利时耶稣会士加斯帕利斯·巴尔则传》，P122尼阁将其拉丁文传记转为法文

《一六一零年和一六一一年中国耶稣会士书信》

《一六零九——一六一二年耶稣会士通讯中有关日本教务报道》

《一六一八年十二月二十九日发自果阿之信扎》，言欧洲赴印度之航程及中国日本之教务

《一六一二——一六二零年日本严重教难中教友取得的胜利》

《一六二零年耶稣会士年报报道在华功绩》

《一六二一年中国报导》

《未刊信扎》

《中国年鉴》四卷。第一卷刊行，余三卷不知所在。

《中国五经》一卷，一六二六年。取《五经》译为拉丁文，附以注解。不知归宿，似曾续撰或改订其《基督教远征中国史》“第一卷应为一册，余卷拟将利马窦神甫卒后之事增入。”然因金尼阁之死而中辍。

《上呈教皇保罗五世之记录》

《我们皇帝的追忆》

《宗徒祷文》