阮有整祖籍乂安镇真福人（今越南乂安省义鹿县），其父是北河辖下的著名富商，为晔郡公黄五福的门下。由于丰体秀丽，智慧过人，受到黄五福的赞赏。黄五福曾派遣阮有整出使西山朝，阮有整以其过人的才辩受到阮岳的器重。

黄五福死后，阮有整成为晖郡公黄廷宝的部下爱将，镇守乂安。1782年，郑氏发生内乱，郑楷杀死黄廷宝，自立为郑主。随后郑氏诸将争权，北方大乱。见西山朝强盛而郑主衰弱，阮有整遂投奔西山朝，于1786年协助阮惠攻陷富春。随后阮惠在他的建议下北伐郑主，攻占升龙，杀死郑楷。在阮有整的建议下，西山朝同意后黎朝继续统治北方，阮惠娶黎显宗的女儿黎玉忻为妃，率军南返。阮有整亦追随阮惠南返，但得知阮岳、阮惠兄弟间发生内讧后，阮有整从陆路返回北方，据乂安。

郑氏的郑槰趁机卷土复来，在郑主支持者琏郡公丁锡壤等人的压力下，黎愍宗被迫封郑槰为晏都王，执掌朝政。黎愍宗与郑槰不和，命令阮有整讨伐郑氏。阮有整自乂安北伐，攻陷升龙，推翻郑主，获得了大司徒、鹏忠公的封号，独揽大权。