清顺治十八年至康熙十六年(1661—1677)，禁中设“阿敦衙门”，由御马监改称，即上驷院前称；辖以“阿敦昂邦”，即后称“上驷院卿”，正三品，2员，掌御马等牧养、管理、使用诸政令。该衙门坐落在东华门内三座门北侧，隶内务府。

上驷院御马、仗马、备祭堂子马、花马、驽马、盛京听差马、关口外牧场马等，各有其用，皆分群(厩)牧养。牧丁之上辖以牧长，满语称“阿敦达”，武职七品，有单、双俸之别，上驷院内阿敦达，食双俸。

又上驷院续设“阿敦侍卫”，多时达21员，掌值班为提供御用之马及试骑、选用御马。凡该班者，日以同毛色御马4匹，停放内廷禁门景运门外箭亭南侧，备皇帝需用时顷刻可得；若帝王移驻圆明园时，则日以6匹停放于大宫门之右。每年冬春，令于大内备选马中试骑，驯顺者以充御马，否则以归入驽马群。凡于关口外诸牧场阅选御马，亦必会同该牧群阿敦达而为之。