当然，最后重创雅典的瘟疫源头也不在希腊本土。这种神秘的传染病早就存在于世，最早出现于埃塞俄比亚南部。随后经埃及传入波斯帝国，又通过爱琴海的商路传入欧洲。最后从比雷埃夫斯港蔓延到雅典。

公元前430年夏季，高于后世平均水准的39-40度热浪席卷全城。城外的雅典公民纷纷携家带口，赶着牲畜躲入城区范围，使得城邦人口迅速经超过了20万。由于城内住宅普遍狭小，排水系统的效率也比较有限，让城市的卫生压力随之暴增。甚至还有人居无定所，来到卫城山下的受诅咒地区聚居。由此产生的人畜混杂和公共用水困难，都在为外来瘟疫的爆发推波助澜。

此后，疫情就在雅典城内疯狂传播。病人往往从头部高烧等症状开始，并随病情恶化而转移到胸部。然后伴随着腹部疼痛、呕吐和痉挛，出现肠道的严重溃烂与腹泻。到病人生命的最后阶段，患者会突然拥有超越常人的大力，直至将自身体力耗尽为止。整个疾病会持续7-9日，虽然医生觉得病人身体不热，但患者自己却感到遭到火烧。以至于他们根本不愿穿衣服，只想裸体跳入冷水中降温。这一过程又会污染公共水源。

虽然有人能靠免疫力等因素幸存，但轻则失去记忆，重则失去手指、脚趾、视力或者生殖器。从而变成生活困难的残疾人。后世学者对这次疾病的解释包括鼠疫、麻疹、流感、天花、呼吸道疾病或斑疹伤寒，但当代都没有能让所有人信服的结论。

从市政规划的角度来看，雅典没有希腊殖民城市所特有的科学规划。因此在大规模人口涌入背景下，更容易引发公共卫生危机。

早期的雅典成形于迈锡尼时代，使得以神庙为中心的老城区人口密度过大。新的居民区建造，也完全以自然状态延伸，没有严格规划标准。再加上雅典人普遍认可有德行的贫困，胜过没有底线的富裕，使得民居的分布显得比较杂乱，富人和穷人完全是比邻而居，缺乏集中社区概念。所以对那些更有知识和有财富的人而言，居住环境并不比穷人好多少。任何地方出现疫情，也很难就地展开隔离措施。著名的政治家伯里克利，就在这场瘟疫中病死，使雅典的公共治理出现严重混乱。

当然，古希腊人所重视的公共活动也助涨了疫情扩散。他们习惯在公共场合交流、运动、参政、学习，全都是不利于疾病的防控危险举动。当众多求医者在祈祷时死于神庙，瘟疫也会在公共空间里大肆传播。

最后，地理原因也让疫情爆发阶段的雅典出现水资源不足情况。由于希腊地区缺乏地表水，所以除引用山泉水外，更多的公共用水系统依赖于井水，以及冬季储水箱内收集的雨水。但在疾病爆发的夏秋季节，天空几乎滴水不落，有限的水源储备也就很难满足人口消耗。

虽然雅典人在疾病爆发的初期就开展积极自救，但医护人员因缺乏防疫护具而纷纷中招。随后，又将疾病的源头归于太阳神阿波罗，从而得出斯巴达对手有神明庇护。对于一个身处长期鏖战的国家来说，这种无可避免的丧气也有着很大负面因素。

很快，关于疫情的阴谋论也纷纷出炉，怀疑有伯罗奔尼撒间谍在城内故意放毒。斯巴达军队虽然毫不知情，但在发现疾病的烈度非比寻常后，也在短时间内对雅典敬而远之。这种非常自然的自保措施，却被风声鹤唳的雅典守军看在眼里。当疫情因雅典自身问题而无法得到有效遏制，民众的愤怒情绪就只能发泄在同胞身上。

在疾病肆虐的三年里，社会的公序良俗遭到极大践踏。比如因缺乏财力和人手运送尸体，很多人一反常态地将死去亲人放到别家焚尸堆上火化。由于发现一些富裕公民去世，入室抢劫的案例也明显增多。而对于尚未病死的亲人，健康者也开始不敢去照料他们，只能放任其自生自灭。更有大量针对富人发起的诉讼案件，目的是趁机瓜分多余财富。但在获得财富之后，因觉得自己朝不保夕，所以又倾向于用花天酒地大肆挥霍。

更为讽刺的是，古希腊人的保守思维明显比中世纪后代更为顽固。人们相信自己离开城邦，就会被视为野兽或者鬼神。所以宁可继续在危险的疫区居住，也不会轻易地放弃城中的住宅。因此，类似后世黑死病时代的那种大规模疏散就根本不可能出现。

随着公民阶级的巨大损失，雅典的对外军事行动也遭严重削弱。比如围攻波迪提亚的4000重装步兵，就有1500人死于病患。相比之下，斯巴达人得以花更多的时间蹂躏雅典城郊，加剧对手的后勤问题。在公民兵严重不足的前提下，城邦只能加大对雇佣军人的使用比例。作为国之重器的舰队，也只能更多的采用贫民或者无地群氓作为桨手。这对后来的雅典内部政治生态，将会造成破坏性的结构改变。

到公元前427年，肆虐雅典的瘟疫渐渐平息。困居城内的希波克拉底，一面积极调查疫情，同时探寻病因及解救方法。不久，他发现全城只有与火打交道的铁匠非常健康。由烈焰产生的隔绝与净化空气效果，让“医学之父”希波克拉底幸运地找到了遏止手段。于是，他让雅典民众在街头燃烧带有香味的植物，利用香油的成分净化空气。这个简单易行的招数，还会在之后的千年时间里，成为预防瘟疫的重要手段。

雅典的这次瘟疫终究带走了接近1/4人口。但当局依旧坚持与斯巴达作战，而且没有立即出现崩溃迹象，体现了雅典城邦的强大组织能力。只是因疾病造成的永久性损失，很难依靠战术胜利来获得弥补。