华阳洞一带地势独特，山川秀美，地形有“华阳九曲”之称。有人说：“华阳九曲，我东之武夷也。”将华阳洞与朱子学的圣地武夷山并称。万东庙建在“九曲”中之第二曲云影潭上，分为三进，地势由前往后，拾级而上，越来越高。万东庙前楣悬挂匾额“万东”二字，取朝鲜宣祖手书之“万折必东”之语，语出《荀子》，意为江河不论有多少曲折，也会向东流入大海，表明了朝鲜对明朝的忠诚，与“江汉朝宗”之意相同。第一门匾“星拱”，取自《论语·为政》中“居其所而众星拱之”一句。最高处祠堂正寝三间，东西夹室各一间，前堂五间，寝阁与阁堂垂以帘，室内在祭祀时供奉明神宗和崇祯帝的灵位，在两个牌位上贴白纸，上书“神宗显皇帝神位”和“毅宗烈皇帝神位”。庙内有碑，上刻：

“呜呼，函夏腥秽，九庙颠覆，天子之祠，寄降于稗海下邑、穷崖深谷之间，此天下之至变也。虽然使我东土义理则明，彝伦以定，以我当日君臣之志，上献于先帝之灵，而永有辞于天下后世者，亶在于斯。其事微而其义深矣，彼拘拘以无于礼而拟于僭者，恶足以知之哉？”

万东庙的瞻星台是朝鲜君臣摹刻明朝皇帝御笔和抒发思明之情的地方，自宋时烈开摹写“非礼不动”之先河以后，以后又相继摹刻了神宗御笔“玉藻冰壶”、“思无邪”，朝鲜宣祖手书“万折必东”，宋时烈手书“大明天地，崇祯日月”等。焕章庵是一座书斋，取自《论语》“焕乎其文章”之句，宋时烈募八九僧徒守之，将“非礼不动”的原本藏于此处，后来其他御笔模本亦藏于此庵中。朝鲜英祖又在焕章庵特建小屋。“奉安皇笔及肃庙（朝鲜肃宗）御笔、华阳院额印本，名其屋曰‘云汉阁’”，取自《诗经·大雅》中的“云汉”一篇。华阳洞书院建于1696年，原为祭祀宋时烈等先贤的祠堂，后专门负责主持万东庙的祭祀，历代山长都是朝廷高官，成为朝鲜全国600多座书院中势力最大的一座。万东庙建筑群以怀念明朝为主题，就连植物也以“大明”为名，如大明桃、大明竹、大明梅、大明稻、大明红等等。朝鲜王朝末期的儒生金平默曾有诗咏道：

“昨栽大明梅，今栽大明竹。

江干春雨歇，当栽大明菊。

主人新卜开三径，与子同为大明族。”

就这样，万东庙作为祭祀场所，瞻星台作为摹写御笔之处，焕章庵、云汉阁作为贮藏遗物之室，华阳洞书院作为祭祀先贤、主持祭祀的机构，一道组成了清州华阳洞尊周文化主题建筑群的一个整体，寄托了朝鲜儒林对明王朝的追思，成为了朝鲜儒林的圣地。而朝鲜儒林祭祀明朝皇帝的万东庙与朝鲜王室祭祀明帝的大报坛、明朝遗民所建的大统庙作为朝鲜尊周思想的三大建筑，也反映了东亚文化圈中的一个独特现象。

万东庙的祭祀在季春、季秋上丁进行，由华阳洞书院的儒生主持，其制度是“荐以四笾四豆，用太牢献三爵，纸榜祭之，祭毕焚之，以为定式，又别有祝文，每祭用之”。其祝文的格式用崇祯年号，同时祭祀万历和崇祯二帝。万东庙祭祀得到朝鲜历代国王的大力支持，1725年（英祖元年），英祖大王下令划分田产给万东庙，至此万东庙有了庙产，为其祭祀提供了物质上的保证，也使其世代延续成为可能。但这也开了万东庙兼并土地的先例，一定程度上激化了社会矛盾。

万东庙建成一百多年以后，便发生了一次撤废风波，发生在朝鲜高宗年间。1864年，高宗李熙即位，由其父兴宣大院君李昰应摄政。大院君执政后就大举实行以加强专制主义中央集权为目的的改革，其中一个重要措施就是废除书院，而祭祀万东庙的华阳洞书院作为朝鲜势力最大、地位最高的书院而首当其冲。1865年（高宗二年）三月二十九日，大院君以大王大妃赵氏（神贞王后）之名义颁布教旨，正式下令撤废华阳洞书院和万东庙，引起了朝鲜儒林的轩然大波。

关于大院君裁撤华阳洞书院和万东庙的原因，有史料记载是因为大院君年轻时遭到万东庙儒生的羞辱，但更关键的原因仍是从大院君的改革出发的。政治方面，大院君执政后拔高南人和北人的地位，压制老论的势力，而万东庙是根据老论始祖宋时烈的遗志所建，可以说是老论派的老巢，自然不会放过；此外，书院的势力已经威胁到朝廷，尤其是华阳洞书院的“黑牌”（书简），比官府命令还有威力，不利于加强中央集权。经济方面，书院以延续祭祀为由广占田地，剥削百姓，激化了阶级矛盾，同时书院又有免赋税和免徭役的特权，成为避役者的巢窟，不利于增加国家的财政收入和经济控制。文化方面，19世纪朝鲜的尊周思明思潮已大不如前，除了部分儒生以外，朝鲜朝野心甘情愿地做清朝的属国，祭祀明朝皇帝的活动也普遍流于形式，万东庙逐渐丧失其存在的理论基础。思想方面，书院作为儒生讨论之地，无可避免地议论国政，而儒林在民间的影响力很大，华阳洞书院“在公共事务上的看法比官府敕令更具有权威性”，大院君对书院儒生议论和诽谤国政非常反感，为管制舆论和控制思想，书院便成为大院君开刀的对象。

在以上因素的综合作用下，大院君果断下令撤废华阳洞书院，关闭祭祀明神宗和崇祯帝的万东庙。此举引起了朝鲜全国士林的激烈反弹，他们以所谓“儒通”（“一人先唱，众口同声，传檄国内，数旬皆遍曰儒通”）的形式向全朝鲜发出檄文，并选派代表在首都汉城（今韩国首尔）王宫门前示威抗议。但大院君决心已定，表示“苟有害于斯民者，虽出于孔子，我不能恕”，毫不动摇地坚持撤废华阳洞书院和万东庙。他指示亲信李景夏出动士兵，用武力镇压儒生，将他们赶出汉城。尽管如此，1865年颁布的废除万东庙的教旨辟头就说：“呜呼！先正宋文正公，惟我孝宗大王同德之臣也。秉执大义，撑宇亘宙，左海民物得免禽兽之归者，是谁之功也？……盖出于不得已之苦心，此万东庙之所由设也。”而其撤废的理由是王室已有大报坛祭祀明朝皇帝，“而必不至叠设私祭于荒山穷谷之中”，而万东庙的牌位、匾额则移到汉城大报坛敬奉阁中保存。大院君没有明说撤废万东庙的理由，而是以明确明朝皇帝祭祀（“以明致敬致严之实”）的名义将万东庙祭祀“合并”到大报坛中，固然是其安抚人心的策略，同时亦可见儒林势力的庞大及尊周思想的影响。

华阳洞书院和万东庙被撤废后，大院君不断关闭书院，并于1871年正式下达“书院撤废令”，朝鲜全国除了47所“赐额书院”（国王亲自题写匾额的书院）以外，其他600多所书院全部裁撤。1873年（高宗十年）十一月，高宗王妃闵妃发动宫廷政变，逼退大院君，夺取了政权。闵妃集团尽行废除大院君的措施，撤废书院便是重要一项。当时的名儒崔益铉在上疏历数大院君的过失时便提到“皇庙之撤，君臣之伦斁矣；书院之罢，师生之义绝矣”，因而要求恢复万东庙祭祀。1874年（高宗十一年）二月，高宗下旨恢复撤废九年之久的万东庙。五个月以后，万东庙重修工程完成，万东庙得以恢复祭祀，但主持祭祀的由华阳洞书院改为忠清道清州牧使。闵妃集团恢复万东庙并非出于尊周大义，而正如韩国历史学家李瑄根所说“大院君撤万东庙之目的在于打击儒林，闵妃恢复万东庙之目的在于巴结儒林”，万东庙已成为政治斗争的工具，亦从此元气大伤，一蹶不振了。时人有诗曰：“断碑苔蚀字崇祯，武夷山头杜鹃红”，正是描绘万东庙后期的破败景象。

1905年，万东庙停止祭祀，从此退出历史舞台。到朝鲜日治时期，万东庙遭到严重破坏，地面建筑荡然无存，只剩下围墙、台阶和基石等遗址，其碑亦在原处，不过在日本占领时期遭到人为破坏，碑文遭乱刻涂鸦，已模糊不清。华阳洞书院则被彻底夷为平地。万东庙遗址是俗离山国立公园的一部分，得到韩国妥善保护。后又在遗址附近仿建万东庙，以作纪念。