崇祯十四年（1641年），冯铨试图通过亲家周延儒来为自己翻案、恢复原来的官位，其后的阁臣魏藻德也提出同样请求。但反对意见太大，崇祯帝也不可能答应，所以没有成功。

顺治元年（1644年）五月，清军入关，清朝摄政王多尔衮以书信召冯铨入朝，他接到书信就马上赶到。多尔衮赐以朝服衣帽及鞍马、银币，命他仍以原衔，进入内三院佐理机务。事隔半月，冯铨等率文武群臣于武英殿向多尔衮上表称贺。他同其他汉官一样，揣测执政者的心意，来迎合多尔衮。

顺治二年（1645年）六月三日，多尔衮命抚按查明并赡养明代诸王的遗腹子，冯铨等赶忙叩头谢恩，多尔衮说他们不忘旧主，冯铨答曰：“一心可以效忠两位君主，但是对一位君主不能二心啊！”以明其仕清忠心不二。同年闰六月十二日，冯铨回奏多尔衮论明末党争时说：“诸位大臣的所作所为都瞒不过王爷您啊！”多尔衮对此深表满意。这一年，授冯铨内翰林弘文院大学士。七月，他遭到御史吴达弹劾，引发一场政斗风波（详见后文“相关案件”部分）。

顺治六年（1649年），加少傅兼太子太傅。

顺治七年（1650年）十二月，多尔衮死后，清初统治阶级内部的政治气候突变。顺治帝亲政后，满洲贵族的反多尔衮势力执掌朝政。

顺治八年（1651年）二月，清朝开始审定中央各部汉官，有的被严加惩处，有的则继续供职。这次“甄别”中，第一个被顺治帝点到者就是冯铨。顺治帝列举其被吴达等疏参之罪及其七年内之所为，严斥他“殊失大臣之体”，“著令致仕”。

顺治十年（1653年）三月二十一日，顺治帝以“冯铨原无显过，且博洽故典，谙练政事，朕方求贤图治，特命起用，以观自新“为由，下谕命吏部通知冯铨迅速赴京。三月二十七日，顺治帝亲临内院召见冯铨，对他很表关切之意。当天傍晚，冯铨等大学士奉召入宫，谈到翰林官贤否时，顺治帝认为只要他亲加考核，文之优劣毕见，即可定其高下。当时陈名夏也在场，而冯铨却别有心计奏曰：“皇上简拔任用贤才之人，不应该仅仅去看他的文章……南人汉官大多文章写的好但是做事不行，满人文章写的不行但是做事效率高。如今科举考试也不能只看文章好就录用了，文章行事都好，才可以任用。”贬抑南人汉官，正是冯铨真意。而此前被劾之陈名夏、陈之遴均隶籍江浙。顺治帝当即表示赞成冯铨的意见。翌日，冯铨官复原职，任弘文院大学士。这说明冯铨于罢职期间清楚朝廷内部情况。此后，南人汉官屡遭打击，多与冯铨有关。

顺治十二年（1655年），加少师兼太子太师。冯铨与大学士洪承畴曾疏请恢复明朝票拟旧制，又与大学士谢升等议定郊社、宗庙乐章。他屡次受诸言官弹劾，期间曾罢官，后复出。

顺治十三年（1656年），冯铨以年老加太保致仕，但仍留在清廷以备顾问，其后经奏请皇帝批准回到原籍。

顺治十六年（1659年），改内三院为内阁，清廷命其以原衔兼中和殿大学士。

康熙十一年（1672年）十一月初二日，冯铨卒于家中，享年七十八岁。赐祭葬，谥“文敏”。

乾降五十四年（1789年）十二月，高宗以铨“罔顾名节，身事两朝，降附之后，又无功绩可纪”，“殁而锡谥”，“今久而论定，使伊等幸窃易名之典，实不足昭彰瘅之公”，下旨削谥。

礼乐等典章制度历来为新建王朝所重视。所谓“安上治民，莫善于礼”；“移风易俗，莫善于乐”。顺治元年（1644年）九月，冯铨与大学士谢升等奏言，“郊庙及社稷乐章，前代各取佳名，以昭一代之制。本朝削平寇乱，以有天下，拟改用‘平’字。”主张郊社九奏、宗庙六奏、社稷七奏，直到同治年间，“犹仍其制”。同年六月，冯铨又同洪承畴一起提出“国家要务，莫大于用人行政”。请复明朝内阁票拟制度，多尔衮同意实行。

由于冯铨善于迎合清初统治者，所以，在多尔衮摄政时期，他颇受恩宠和重用。顺治六年（1649年），加授少傅兼太子太保。在此期间，他先后“总裁明史”、两任会试正考官、出任《清太宗实录》、《清太祖圣训》、《清太宗圣训》、《孝经衍义》总裁官。从顺治二年（1645年）到顺治七年（1650年），他在大学士中始终名列第四，位于洪承畴、祁充格等满汉同僚之前。顺治三年（1646年），他曾请求多尔衮将其名次置于满人大学士祁充格之后，多尔衮表示“天下一统，满汉自无分别，内院职掌等级，原有成规，不必再定。”以示对其优宠。

冯铨以汇刻书法名帖闻名于世。他曾收集自魏钟繇、晋王羲之直到元代赵孟頫等诸多古代名帖，其中王羲之的《快雪时晴帖》在康熙十八年（1679年）由其子冯源济呈献康熙帝，乾隆时遂成为清宫“三希堂”第一珍品。后来冯铨将这些名帖摹拓汇编成集，拓本集共分五卷，刻石408方，摹刻精致，因其第一卷以王羲之的《快雪时晴帖》开篇，故总称《快雪堂帖》。其大半由真迹摹出，镌手为铁笔名家刘光，故久为世人所重。

《快雪堂帖》初存冯铨处，冯氏子孙将石分为二，同质州库。后知州黄可润赎出运至福建。乾隆年间，杨景素督闽购得，献入内府。乾隆帝加题“快雪堂记”，并于北海建快雪堂嵌壁收藏。因帖石三易其地，故拓本也有区别，分涿拓、建拓和内拓3种，以涿拓为贵。

据明朝大臣文震孟之子文秉记载，冯铨少年得志，入仕翰林，而且容貌俊美，与缪昌期为首的很多词臣发生同性恋关系。然而等到他父亲冯盛明被弹劾时，冯铨向缪昌期等人苦苦求救，并更加亲昵，可是缪昌期不但不救，反而当众羞辱冯铨。冯铨由此与缪昌期及其所属的东林党结下梁子，后来投靠魏忠贤，竭力报复。据说其“姣媚”连魏忠贤都怜惜，而他在魏忠贤专权期间则与锦衣卫田尔耕最为亲昵，田尔耕在冯铨之母面前也表现得如同“娇婿”一般。此外，他与同年进士周延儒也有“同衾之好”，后结为儿女亲家。

据明朝太监刘若愚回忆，冯铨热衷于打扮，每次入朝值班时，衣箱内都会带着两三双靴子、数件鲜艳衣服，走在路上时频频刷靴下尘土，还会多次自顾其影，镜子也不离身，官帽补服极其奢丽。他还极爱收集古玩，他的寓所中充斥着古董、玩好、奇书、珍玉，还有许多嬖妾娈童、清客狎友。他所置田园都是膏腴之地，而花木之奇远超紫禁城，藏了很多宝贝，堪称“畿甸第一家”。天启朝的御史张慎言也称冯盛明、冯铨父子“运材紫荆，伐石房山，田园甲第，富甲南畿，怨毒之于人甚矣”。入清后，冯铨的豪奢丝毫未改，明遗民谈迁曾在北京目睹了位于天坛北面的冯铨府邸“凿池蓄朱鱼，亭台鼎立”。

顺治年间，冯铨再任原官后，因处置陈名夏及进谏顺治帝废皇后等事多次被顺治帝申斥，有一次甚至将他连降三级。但是，这并未影响顺治帝对他的信任，称之“信任倚毗大臣”，不准纠劾。冯铨母八十七岁时，顺治帝还特命画师绘其母像并铃印颁赐冯铨。同年，冯铨次妾死，“铭旌题‘诰封一品夫人’，丧归，大内遣赙”。这种君臣关系非当日一般朝臣可比。冯铨亦颇为感恩，在顺治帝驾崩时“奔走哭临，哀号尽礼”。

清朝强迫汉人剃发易服之后，冯铨屡次请求将此命令适用于朝鲜，以致朝鲜有打点冯铨等人之议。不过冯铨的建议并未被清廷接受。

《瀛洲赋》、《独鹿山房诗集》

顺治二年（1645年）七月，御史吴达首劾冯铨，拉开了这场争斗的序幕。当时，与冯铨同列朝班并与其有密切关系之孙之獬、李若琳也同属阉党。明末东林党人多是江南人，御史吴达的祖籍亦属之。他疏言，“今日用人皆取材于明季……逆党权翼，贪墨败类，此明季所黜而今日不可不黜也。”此言对冯铨如芒刺在背。同时，他还希望多尔衮重视“江南既定，人材毕集”的现状，这就另有他意了。一个月后，弹劾冯铨事进一步扩大。八月初一，吴达再劾冯铨，列其罪状有三：一、冯铨是魏忠贤之义子，仕清后揽权纳贿，曾向姜瓖索银三万两，准以封官，恶习不改。二、纵令其子于内院盛宴诸官，终日欢饮，趁机结纳党羽。三、“票拟自专”，“使人畏惧逢迎”。吴达力请罢黜冯铨，“以肃政本”。接着，给事中许作梅、王守履和御史桑芸也纷纷疏劾之，而言词最为激烈者是御史李森先。他一方面把明亡之因和冯铨的历史紧密相连，又指出刑部各官对冯铨诸罪不敢问、不想问的原因。他“深忧”此类奸相误国，请求多尔衮“立彰大法，戮之于市”，颁告冯铨罪恶于天下。李森先的疏词是这次弹劾进入高潮的标志。当时，杜立德在奏言中写到，“诸臣俱实以告”，“将逾旬日，未蒙鉴裁，内外大小，群情汹汹”。

冯铨被劾案中，既涉及明末党争，又提出江南广有人才，这就使此次弹劾大有明末党争再现之势。多尔衮对此极为重视，并于重华殿亲理此事。时刑部大臣启奏吴达等所劾不实，俱应反坐。多尔衮命再行面质。冯铨很清楚当时形势，他仰仗多尔衮恩宠，逐条反驳，毫无愧色。廷讯结果，一是所劾诸事“俱无实迹”，二是“前朝旧事不当追论”。产生这种结局的原因，即在于多尔衮认为冯铨等人不是有过，而是有功。他们薙发在先，遵法勤职，甚至“举家男妇，皆效满装”。如今，这样的有功之臣无端被诬，分明是李森先等人“结党谋害”。多尔衮指出党争之患，加速明亡。故此，他厉声责问上疏诸臣：“何乃蹈明陋习，陷害无辜？”另一名汉官、给事中龚鼎孳又旧话重提当年依附于魏阉之事。冯铨立刻反唇相讥，指发龚鼎孳曾降李自成，官为北城御史。多尔衮遂问此事属实否，龚鼎孳只得以魏徵也曾降唐太宗为己辩解。多尔衮斥之“无耻”，只配缩脖静坐而已。对李森先等人，多尔衮虽有“此番姑从宽免”，如“不加改悔，定不尔贷”的戒谕，但仅仅几天后，李森先、许作梅、桑芸等人不是夺官，就是降调。这场风波过后，冯铨更为多尔衮所宠信。

关于弹劾事件，大多认为冯铨罪大恶极，而吴达等人言之有理，最后是多尔衮偏袒了冯铨。有学者认为，事实上，对冯铨的弹劾，除了吴达一一列举了其“罪状”外，其他人多为“趁火打劫”，主张严惩，但并未能详实地指证其罪状，如李森先、罗国士、桑芸、王守履、许作梅、杜立德、庄宪祖、邓孚槐等。至于赵开心、庄宪祖等人参劫李若琳、谢启光、党崇雅这些冯铨同党，更不能说明冯铨有多大罪过。尤为关键的是，冯铨为自己的“罪状”作了详细的辩诬。这些申辩，在很大程度上是成立的，并且是可靠的。

《明实录》是明朝历代官修的编年体史书，是明史研究的基础史料。但今传《明熹宗实录》缺少天启四年（1624年）及天启七年（1627年）六月的内容，清代官修《明史》，以《明实录》为核心参考，所见《熹宗实录》已然如此。迄今关于这部分实录丢失原因的唯一说法，是清人所传“冯铨窃毁说”，即顺治二年（1645年）初修《明史》，大学士冯铨为隐藏实录中不利于己的内容，将其中一部分窃走焚毁，自此《熹宗实录》再未得见全本。

结附魏忠贤是冯铨在仕明时期最大的政治污点，联系冯铨在新朝的仕宦环境，这也是最有可能被隐藏证据的一类信息。《实录》除丢失年月之外的剩余部分中，对冯铨不利的内容并未指其名，推得达到窃毁地步的内容必须更加直白才能被看作“毁己尤甚”。搜集《实录》的所有现存版本，可知目前确实没有遗留下天启四年（1624年）和七年（1627年）六月的任何原本内容，也无法根据同时期的其他文献进行反推，只能回到相应丢失时段的事件和言论中进行考察。天启四年（1624年）确实产生对冯铨不利的传言，涉及魏忠贤涿州进香时“叩马献策”一事，然而此事没有获得言路的集中关注，且其他年份的《实录》未从第三方视角明诋冯铨。有学者认为，《实录》丢失年月中出现导致窃毁的不利内容的可能性有限，要使窃毁动机成立的客观条件难以满足。窃毁一说不仅在来源上不可靠，在动机上也大有可疑。

“窃毁说”本身近伪，但此说并非空穴来风。从天启四年（1624年）到六年（1626年），处于政治中心的冯铨卷入诸多阴谋与传闻之中，每年都可找到负面信息。清初，朝内汉官对冯铨的反感归根结底要上溯到天启附魏时期的种种政治行为，由私史笔记纠集负面信息营建起来的形象，又通过顺治早期的对抗政局巩固下来，最终进入官修传记确立定论，这条发展轨迹塑造了后世对冯铨的基本印象。在时人看来，“窃毁说”的合理之处，一是冯铨在天启四年（1624年）曾有不正之举或涉身于卑劣之事，二是冯铨会采取手段掩盖这些不利内容。于是，《实录》的残缺和冯铨在位的巧合，使整套“窃毁”的叙述顺理成章地形成了。但《实录》所丢失年份的具体情况，以及《实录》作为一类特定文献的特征，都在这种叙述契合想象的情况下被忽视。