顺治三年（南明隆武二年，1646年），任征南大将军，同固山额真、一等公图赖领兵南下，进攻福建，五月至杭州。南明鲁王朱以海称监国于绍兴，其旧将方国安等扎营于钱塘江东岸，绵亘二百里，遣护军统领图赖等从上流渡江，分兵击之，至江滨，无舟不得渡。忽江沙暴涨，水浅可涉，大兵策马径渡，明军大惊，博洛遣贝子屯齐等继进，方国安弃战舰奔，朱以海遁台州，斩殪无算，擒总兵武景科等，抚定绍兴。六月，围金华。七月，克之，斩明蜀王朱盛浓等，遂克衢州，浙江悉平。

南明唐王朱聿键占据福建，清军分常山、江山两路并进，遣图赖等击败南明大学士黄鸣俊兵于仙霞关，遂破浦城，前锋统领努山等擒斩其总督杨廷清、李暄，又分遣署护军统领杜尔德、前锋统领拜音岱等攻克建宁、延平府。朱聿键事先由延平府逃到汀州，博洛遣护军统领阿济格、尼堪、杜尔德等克其城，擒斩朱聿键及曲阳王朱盛渡、西河王朱盛洤、松滋王朱演汉、西城王朱通简及其官属。南明姜正希率师二万来援，夜袭汀州，清军击败之，斩首万余。又遣镇国将军汉岱等败明将师福于分水关，克崇安县，斩其总督杨文忠等。遣副都统卓布泰等袭克福州，前后二十余捷。降南明国公郑芝龙等二百九十余人，兵十一万有奇，福建平定。

十一月，博洛驻福州，令总兵佟养甲进征广东。当时唐王朱聿键之弟朱聿鐭据广州府，建元绍武。佟养甲等既克潮州、惠州，遂薄广州，克其城，斩朱聿鐭及周王朱肃眔、益王朱思(上厶下火)、辽王朱术雅、邓王朱器檙、钜野王朱寿锄、通山王朱蕴钺、高密王朱宏椅、仁化王朱慈魶、邬陵王朱肃汭、南安王朱企壠、周王世子朱恭棎、辽王世子朱俨镣、宗室朱由梧等明朝宗室十余人，广东平定。

顺治四年（南明永历元年，1647年），博洛以佟养甲为两广总督，自率贝子博和托、都统图赖等大军返回北京，晋封为多罗端重郡王。

顺治五年（南明永历二年，1648年），博洛被赐予所获金币及人口。偕同亲王阿济格以防喀尔喀，巡行至大同时，讨伐叛将姜瓖。

顺治六年（南明永历三年，1649年）正月，博洛偕承泽郡王硕塞援救陷落的代州，攻克之。三月，姜瓖偷偷约定助马、得胜两路叛军五千余，由大同北山直逼清营，博洛自驱骑千余出，与护军统领鳌拜、彻尔布等分御之，击斩过半，北山叛军逃窜，姜瓖闭城不敢复出。睿亲王赴大同招抚承制，晋封博洛为亲王。

四月，叛军攻陷山西汾州，命为定西大将军，移师往讨。五月，克清源、交城、文水、徐沟、祁县等处。六月，叛军犯平阳，博洛遣副都统谭布等击败之。七月，叛军万余人犯绦州，博洛遣署副都统洛硕等击走之，斩级二千余，进攻孝义，委署副将梁化凤以火药伏地中，拔其城。叛军三千余人犯寿阳，博洛遣副都统卦喇特晋等援剿，败之，斩级千余。屡败叛军于平遥、辽州、榆社。

时有旨令博洛酌撤闲驻兵率还京，博洛疏言太原、平阳、汾州三府属州县，虽渐次收复，而未复者尚多，恐撤兵后，叛军乘虚袭据，应仍留守御。上是其言，令俟满达海自朔州移师至汾州，并力镇压。八月，大同降将杨振威斩姜瓖首来献，合兵攻打汾州。九月，克其城，斩伪巡抚姜建勋、布政使刘炳业，复岚县、永宁州，遣军分剿姜瓖余党于岳阳县、绛州、孟城驿、老君庙。

顺治七年（南明永历四年，1650年），博洛偕同满达海、尼堪同理六部事。后来，多尔衮派遣尚书阿哈尼堪迎接朝鲜王弟，阿哈尼堪上奏尼堪和博洛让章京恩国泰代替自己去，事发之后他们为阿哈尼堪隐瞒，被降职为郡王。

顺治八年（1651年）正月，顺治帝亲政后，恢复其爵位为和硕端重亲王。二月，同诸王奏削故睿亲王封爵。三月，以英亲王私藏军器事隐不奏，复降郡王。不久命诸王分管六部，博洛掌管户部。五月，复封亲王。八月，顺治帝察知尚书谭泰持六部权，下诸王勘问，博洛与贝子锡翰等证其罪状，伏诛。

顺治九年（1652年）三月，博洛病逝，时年四十岁，朝廷予以谥号为“定”。博洛第八子齐克新袭爵为和硕亲王。

顺治十二年（1655年）四月，仍给王号曰端重。顺治十四年（1657年）正月，封博洛第四子塔尔纳为多罗郡王。三月，塔尔纳卒，谥敏思。

顺治十六年（1659年），追论博洛曾谄事睿亲王多尔衮，又分多尔衮遗财及以掌户部时尚书谭泰逞私揽权而博洛不力阻两事，削博洛及塔尔纳爵，而齐克新亦被降为贝勒。

顺治十八年（1661年）正月，齐克新薨，谥怀思，爵除。

顺治三年（1646年），南明鲁王朱以海在绍兴监国，明将方国安在钱塘江东岸驻守，两地相隔二百里而明军并无船只，当时江沙暴涨，固山额真图赖等督兵径涉，方国安大惊而遁，朱以海出走至台州。清军进入绍兴，进而攻克金华，再进攻克衢州，浙江等地遂平。

隆武帝朱聿键占据福建，博洛率师破仙霞关，攻克浦城、建宁、延平。朱聿键出走汀州，派遣阿济格、尼堪、努山等率师从之，攻破汀州，生擒朱聿键及藩王等。明将姜正希以二万人夜袭清军，被博洛击败斩杀。博洛又破敌于分水关，克崇安。梅勒额真卓布泰等攻克福州，斩杀所置巡抚杨廷清等，招降其将郑芝龙等二百九十余人、马步兵十一万。大军复进，攻下兴化、漳州、泉州诸府。十一月，派遣昂邦章京佟养甲攻打广东，接连攻克潮州、惠州、广州，击杀明唐王朱聿键及诸王世子十余人，承制以佟养甲为两广总督。

顺治六年（1649年）正月，偕硕塞援救代州，攻克其城郭。同年三月，姜瓖部将马得胜以五千士兵自北山逼近清军，博洛率领千余骑接战，与巴牙喇纛章京鳌拜等奋力迎击，大破叛军，斩首过半，姜瓖于是闭城不敢出。

睿亲王多尔衮由京师至军中建议招抚，博洛进为亲王，命为定西大将军。后率军至汾州，攻下清源、交城、文水、徐沟、祁诸县，在平阳、绛州等地；又派遣军队攻克孝义，在寿阳、平遥、辽州、榆次等地作战屡捷。英亲王阿济格、敬谨亲王尼堪等围攻大同，巽亲王满达海、谦郡王瓦克达平定朔州、宁武。多尔衮召博洛还京师，博洛上疏言及太原、平阳、汾州所属诸县虽渐次收复，然未攻下的地方尚且很多，惟恐撤军后，反贼乘虚偷袭盘踞，请仍下旨留下大军守御。顺治帝遵从了他的建议。姜瓖被诛杀之后，博洛与满达海合军攻克汾州，收复岚、永宁二县，在绛州孟城驿及老君庙诸地作战，尽歼姜瓖余党后还师北京。

妻妾：

儿子：

女儿：

《清史稿》：“国初开创，栉风沐雨，以百战定天下，系诸王是庸。“

萧一山：“福临以冲龄践祚，奠定中原，征服华夏，其所以能成大业者，皆群臣襄赞之力也。当时宗室懿亲，僇力行间，栉风沐雨，勤劳佐命者：如豫亲王多铎、肃亲王豪格、英亲王阿济格、郑亲王济尔哈朗、敬谨亲王尼堪、端重亲王博洛、顺承郡王勒克德浑等，其殊勋茂绩，诚可为开国之大人物。”

顺治九年（1652年）三月薨，谥曰定。博洛俗称三太王，坟地在饶余敏亲王坟西南。有石牌楼一道，宫门内有享殿，享殿后边有宝顶大小五座。顺治元年（1644年）入清以后，隆恩寺东到潭峪，南到麻峪，西到搭拉峪，北到香峪的山场为清太祖第七子饶余郡王阿巴泰家族占有，陆续建造了王爷坟。