天启元年（1621年）三月，辽、沈失陷，祖天寿幸免于难，逃到辽西。九月，升任参将，代替因病免职的尤世禄，管辽东巡抚王化贞标下中军事，与孙得功等都受到王化贞宠信。

天启二年（1622年）正月，后金进攻辽西广宁（今辽宁北镇），祖大寿与孙得功被王化贞派去救援西平堡，在平阳桥遭遇后金军后，已充当后金内应的孙得功溃逃，导致明军大败，祖大寿率残兵六七百人（一说八百多人）逃到自家有产业的觉华岛。当时他的外甥白臂在给宁远边外的蒙古拱兔部落做事，祖大寿打算去投奔拱兔。监军御史方震孺担心他投降后金并引其攻山海关，于三月赴觉华岛，通过祖大寿的女婿吴良辅来招抚。祖大寿闻讯痛哭，表示归顺，将自己的妻儿兄弟及一千五百名难民送到山海关，但自己仍留在觉华岛。王在晋上任辽东经略后，继续通过与祖大寿有交情的阎鸣泰招安祖大寿，并部署祖大寿与水师参将金冠守觉华岛。

主词条：宁远之战、宁锦之战

天启三年（1623年）夏，督师辅臣孙承宗命祖大寿率觉华岛兵七百人至宁远，招徕辽人当兵，作为游兵。其后孙承宗决意筑宁远城，令祖大寿负责。起初祖大寿以为朝廷必不久守宁远，所筑城墙里口尺寸严重缩小，孙承宗发现后制定了关外建城程式，得以在翌年三月建成宁远坚城。祖大寿驻守宁远期间，孙承宗曾令其出塞招抚蒙古诸部，祖大寿却不听军令，没有离开宁远，孙承宗便要斩了他，赖宁前道袁崇焕求情才免于一死，从此祖大寿对袁崇焕感恩戴德。但孙承宗此举意在“操纵为用”，本无杀他之心，并在天启四年（1624年）九月优叙关外劳臣时为祖大寿“劳迹最多，历时最苦，而屡被参劾”打抱不平。

天启六年（1626年）正月，努尔哈赤攻打宁远，时任修武营参将的祖大寿在袁崇焕指挥下参与保卫宁远。他判断明军难以与后金军野战，遂坚持“塞门死守之议”，得到何可纲为首的大部分将领的赞同，也被袁崇焕采纳。其后，他负责防守宁远南面，为明军取得宁远大捷立下汗马功劳。四月，他因功升任宁远副总兵（副将），赏银十五两。

天启七年（1627年）五月，后金汗皇太极率军攻锦州，袁崇焕派他与尤世禄率四千精兵随满桂从宁远救援锦州，途中遭遇大队后金军而撤回宁远。其后又随满桂在宁远城外与后金激战，最终将其击退，是为宁锦大捷。八月，祖大寿因功加升一级，赏银三十两。十二月，升任宁远总兵官，仍管副将事。

崇祯元年（1628年）正月，皇太极派俘虏银住（曾为祖大寿部下）带着书信前往宁远，商议派遣使者吊唁明熹宗之丧，并且恭贺新君崇祯帝登基。祖大寿不答复，将此信上交明廷。五月底，他出动九千人协助辽东巡抚毕自肃重建锦州城。六月初七日，他与朱梅相换，由宁远总兵官调任前锋总兵官，挂征虏前将军印，镇守关宁锦防线最前沿的锦州。八月，他发兵出塞，在辽阳西侧的黄泥洼交战，斩118级。此时蓟辽督师袁崇焕刚复出上任，将因病辞职的宁远总兵官朱梅所辖的官兵归并于祖大寿麾下，让祖大寿充当抵御后金、收复辽东的先锋。九月，崇祯帝加祖大寿都督同知衔，挂征辽前锋将军印。

主词条：己巳之变、广渠门之战、遵永大捷

崇祯二年（1629年）十月，皇太极率军从蓟州边外入塞，史称己巳之变。袁崇焕闻讯，即率祖大寿驰援。祖大寿建议直奔蓟州，以护北京，袁崇焕听从。十一月二十日，祖大寿随袁崇焕在北京广渠门外与后金交战，将其击退。十一月二十四日和十二月初一日，祖大寿偕袁崇焕两次应召进宫，其中在第二次召见时突发袁崇焕被捕的事态，在场的祖大寿表现出明显的恐惧之状，辅臣成基命看到后，劝崇祯帝收回成命，崇祯帝不听。祖大寿回营三天，就与何可纲率一万五千名关宁军东奔，声称自己是出关打束不的（苏布地），实际上是奔向关外大营。十二月十一日，祖大寿抵山海关，遇到新任督师孙承宗所遣总兵马世龙带着圣旨和尚方剑劝他返回，祖大寿说：“奸臣用事，陷害忠良，我军力战杀贼，而功归于满桂，且不给军粮，故军心愤怨，不得已还来。今若赦袁爷（袁崇焕）、斩奸臣以慰军心，且给每名银五两，则当还入京师讨贼。”继续出关奔向锦州本营。十二月十五日，刚抵达山海关的孙承宗就派守备孙良继续招谕祖大寿。祖大寿又收到袁崇焕在狱中要他“勤王赎罪”的手书，再加上马世龙招抚了部分关宁将领，使祖大寿变得孤立，又经其妻（一说为母）的劝告，他终于接旨，听从调遣。十二月十八日，祖大寿抵达锦州，约定二十四日领兵西援。

崇祯三年（1630年）正月初四日，祖大寿率军进入山海关，孙承宗盛情迎接，行誓师礼。适逢后金军攻克永平，祖大寿仍驻山海关，派兵守住昌黎、抚宁。正月十八日，后金派明朝叛徒携带三封书信至祖大寿营中，要求讲和，祖大寿向孙承宗通报后，斩使焚书。接着，祖大寿麾下将领孟道、祖可法、黄惟正又在孛罗岭与后金军激战，将其击退，关宁军由此重获关内军民信任。崇祯帝听说后，发内帑银二万两犒师，褒奖祖大寿，升他为太子太保，孙承宗取崇祯帝奖谕中的“壮烈忠肝”四字，写下来做成金匾，挂在祖大寿厅事之上。其后孙承宗令祖大寿救援滦州，但滦州为叛徒所献，不久迁安也投降后金。加上皇太极刚入塞时就占领的遵化，关内有四城为后金所据，与祖大寿对峙。皇太极听说祖大寿的族人居住在永平三十里村，就命令军队去抓人，得到祖大寿的一个侄子及其亲戚家属。皇太极给祖大寿侄子一所住宅，并派兵监视，并派他的家人带着书信去探访祖大寿。但没得到回信。二月，皇太极出塞，留贝勒阿巴泰等驻守关内四城。三月下旬，阿巴泰派祖大寿的族叔致书询问其意向，但同样没有回信。

在准备完毕后，孙承宗于崇祯三年（1630年）五月命令祖大寿出兵收复四城。五月初四日，祖大寿举行誓师礼，初六日晨从抚宁出师，十一日与总理关宁总兵马世龙、延绥总兵吴自勉、三屯总兵杨肇基、宁夏总兵尤世禄、固原总兵杨麒、临洮总兵王承恩会师于滦州城下，翌日黎明，包括祖大寿所率的汉夷官兵二万人在内的十多万明军开始攻城，祖大寿负责东北，以大炮轰塌城墙。经过一天激战，明军获胜，突然下起大雨，后金军在晚上冒雨逃走，中了明军埋伏，损失惨重。此役关宁军伤亡不小，但战果也最多，斩后金军首级753颗。驻守永平的阿敏听说明军收复滦州，仓皇弃永平、迁安二城逃走，祖大寿与马世龙奉孙承宗之命，追击后金，各斩99级。此外被张凤翼等攻击的占据遵化的后金军也弃城逃走，孙承宗于五月十六日令祖大寿发兵出塞追击，在红螺山一带斩18级。至此，四城全部收复，是为遵永大捷。在主客易位（明军攻、后金守）的情况下，“实赖祖帅提兵直上，军声已振于排山，繇[由]是诸将贾勇争先，胜势遂同于破竹，追奔逐北，草木皆兵，复永（平）恢迁（安），金汤如旧，真是论功独罪，名将无双”，被定为有功诸将之首。七月，崇祯帝加祖大寿少傅衔，以提督体统行事，恩准其一子为锦衣卫指挥同知。因为束不的等蒙古酋长充当后金向导，所以孙承宗命祖大寿等出兵讨伐，祖大寿自冷口出塞二百五十里，在骆驼山一带袭击蒙古，斩获颇多。同年十二月考选军政，崇祯帝以祖大寿“素著劳勋，正资防剿”为由，让他留任辽东前锋总兵官，不准辞职。

主词条：大凌河之战

崇祯四年（1631年）二月，祖大寿离开永平，出山海关，回到锦州任所。当时，明廷按照兵部尚书梁廷栋的建议，命祖大寿恢复广宁右屯卫，以为进取恢复之计，而留其部将兼妹夫吴襄率六千人仍驻永平一带。三月底，辽东巡抚丘禾嘉同祖大寿和宁前道陈新甲商议后，决定先恢复离后金更远的大凌河城，得到孙承宗赞成，于四月初六日上奏，四月二十六日得旨批准。五月初六日，孙承宗将旨意传给丘禾嘉。七月二十日，松锦烧造砖块完毕，随即祖大寿率兵四千人前往大凌河，发班军一万四千人筑城，用秦翼明所率石柱土兵一万人保护。当时，梁廷栋已去职，新任兵部尚书熊明遇反对筑大凌河城，崇祯帝在其建议下决定暂停大凌河工程。八月初二日，孙承宗接到兵部传令暂停修大凌河城、将班军撤到蓟州修城的咨文，遂让祖大寿安排撤军，先撤走了石柱土兵。

皇太极听说祖大寿修筑大凌河城的消息后，于七月二十一日领兵出征，八月初六日抵达大凌河城南，听说“修筑大凌河城已经半月，城墙已完，雉堞完其半，有总兵祖大寿及副将八员，参、游约二十员，马兵七千，步兵七千，夫役商贾约万余人在焉”，于是在当夜开始围城。后金军陆续拔掉大凌河城周围台堡，并与锦州来的明军援兵交战，使其无法入援。在此期间，皇太极于八月十四日致书祖大寿，表示愿意讲和，一个月后再次劝降，约定“休戚与共，富贵同享”，祖大寿都没答应。九月十九日，皇太极让人伪装锦州援兵至，自己则埋伏于山内，祖大寿中计，率兵出城，被费扬武及叶臣等击败，皇太极所率伏兵赶来，明军赶紧撤回，后金斩17人，俘1人，从此祖大寿紧闭城门，不再出战。而孙承宗也调来在关内永平的吴襄及山海总兵宋伟救大凌河城，九月二十七日在大凌河城外十五里的长山遭遇后金军，明军大败，监军张春等被俘。祖大寿则害怕又中计，没有出援。十月初七日，皇太极命俘虏姜桂带着明朝被俘将官写给祖大寿、何可纲、张存仁三将的招降书前往大凌河城告知三万援兵兵败的消息并劝降，祖大寿率众官出城见面，表示：“尔不必再来，我宁死于此城，不降也！”遂将姜桂遣还。皇太极听说祖大寿等是因为害怕杀降才拒绝出降，便在十月初九日亲自致书祖大寿等，宣布了后金对汉人的恩养政策，解释说：“过去杀辽民确有其事，我深为懊悔，我们早就不那样做了。至于永平屠城，那是二贝勒阿敏所为，他因此也受到了严惩，希望你不要存此偏见。”但祖大寿等还是不信。此时锦州已“粮绝薪尽”，一些修城夫役和商贾以及羸弱的军士甚至被杀来吃掉。祖大寿派人出城侦察，发现被后金包围得水泄不通，难以突围，便动了投降的念头。

崇祯四年（1631年）十月十四日，皇太极又派俘虏姜新去劝降。祖大寿率众官出城相见，并派出一名叫韩栋的将领到金营中谈判。韩栋回去后报告后金军的情况，使祖大寿确信没有突围的可能性。十月二十五日，祖大寿最后下了决心，让义子祖泽润从城上通过射箭来送信，邀请曾为同僚的后金将领石廷柱进城商议降金事宜。翌日，皇太极就派石廷柱偕达海、库尔缠、觉罗龙什、宁完我、姜桂等前往锦州城下，祖大寿派韩栋邀请石廷柱过壕相谈，达海等以未获授权为由拒绝，祖大寿便送出祖可法到金营为质，石廷柱这才过壕与祖大寿见面。祖大寿称如果后金军还要继续前进，就打下锦州，让他与妻儿团聚，随后又派祖可法、张存仁、韩栋到后金大营，重申取锦州的建议。皇太极则回复后金军已疲惫，难以前进，取锦州应由祖大寿来做，前提是祖大寿要出城投降。祖大寿在第二天派施大勇向皇太极提议他亲自率兵假装逃回锦州。十月二十八日，祖大寿杀了拒绝投降的副总兵何可纲，在派人与皇太极和诸贝勒对天盟誓后，皇太极派库尔缠、龙什向祖大寿问取锦州之策，祖大寿要求与皇太极面谈，于是在当晚进入金营，与诸贝勒和皇太极一一行过女真人最隆重的抱见礼，然后与皇太极一起进入御营，坐在皇太极左边。皇太极为他举行宴会，以金杯酌酒，亲赐祖大寿，又赏给御服黑狐帽、貂裘及金玲珑鞓带、缎靴、雕鞍白马，并同意让祖大寿取锦州。

祖大寿见皇太极的第二天，就同岳托等去锦州，因大雾而未成，锦州明军出击，反被击败。十一月初一日，皇太极迎祖大寿于五里外，继续派他到锦州充当内应，约定发炮为号，第一声炮响代表他顺利入城，三四天后的第二声炮响代表内应工作已做好，皇太极可以接收锦州。当晚，祖大寿偕部将施大勇、祖泽远、祖克勇等27人逃回锦州。太监李明臣、高起潜及辽东巡抚丘禾嘉报告称他们在十月二十九日组织的突袭行动才给了祖大寿出逃的机会，但祖大寿则如实报告是将祖泽润作为人质后才得以“用计赚奴，图身出围”，并请罪辞职。崇祯帝赞赏祖大寿“忠智脱围”“忠略可嘉”，不批准他辞职。尽管如此，祖大寿不能不承担大凌河之败的责任，仍被削去少傅头衔，由左都督降为都督同知，继续出任辽东前锋总兵，驻守锦州（后恢复左都督军衔，并累升太子太师）。

祖大寿进入锦州当天，皇太极听到了第一声炮响，但之后就再也没听到第二声炮响。随后，祖大寿秘密派人给降将传话，又给皇太极带去密信，称自己心腹甚少，客兵甚多，防备甚严，事机渐露，因此无法献城，只能等来年再寻机会，并拜托皇太极照顾好他的子侄。皇太极于十一月初九日回复其“徐为图之，尚须勉力”，自己则先行撤军，最后保证“将军子弟，我自爱养，不必忧虑”。闰十一月二十四日，皇太极又写信要求祖大寿“将彼处险易明白修书，速遣妥员来报我等。我厉兵秣马，但候将军之消息。勿为此处之子弟及众官兵忧虑，尽我穷国之力养赡之。我等既同舟共济，有难同当，有福同享。倘蒙天眷而事成，则以将军为王，赐以权柄，当是自然。将军骤遭灾难，力所不支，难保自身，则请将军遣人约期，当遣人往迎”。

崇祯六年（1633年），祖大寿和皇太极没有任何往来的记录，后金也没有兵临锦州。后金群臣虽然看出祖大寿有疑心，但仍将他视为皇太极安插在明朝的棋子，只不过有难言苦衷导致他暂时无法发挥内应作用，预计将来攻山海关时还需要得到他配合。祖可法还说“祖总兵在锦州，京里屡调，数次不去”。崇祯七年（1634年）后金侵扰宣大之际，还听说崇祯帝三次调祖大寿入卫，但祖大寿都不应，直到逮捕其妻儿，祖大寿才被迫应召，对崇祯帝极为不满，甚至断言皇太极将得天下。不过，明朝方面则记载朝臣请求调祖大寿援宣大，崇祯帝担心锦州为后金袭击，屡次指示祖大寿“不得轻动”。

祖大寿自大凌河逃归后，一直效忠明朝，与后金（1636年后改国号大清）屡次发生小规模冲突，并在丙子之变时入关应援。不过，据说祖大寿担心自己在沈阳的家人，所以避免与清军交战。其后皇太极亲征朝鲜（丙子之役），祖大寿在沈阳的义子秘密报信说可以乘虚来捣，据说祖大寿“锐意进兵”，但诸将“畏怯，议论不一”，因此其军队渡过三岔河（辽河下游）虚晃一枪后就撤回。而皇太极仍相信祖大寿是自己人，在崇祯十年（1637年）亲征朝鲜归来后还写信给祖大寿，告知清军已攻破朝鲜与皮岛，并询问西征明朝的大计。不过祖大寿没有回应。

崇祯十一年（1638年）十月，清军第五次入塞（戊寅之变），崇祯帝再召祖大寿入援。祖大寿先以防备清军为由推脱，后在催促之下才应召入援。十一月初一日，行至中后所（今辽宁绥中），遭遇在宁锦一带策应攻明大军的清郑亲王济尔哈朗、多罗贝勒多铎所率清军，祖大寿入驻中后所城中，派兵到城西袭击多铎，杀九人（一说清军五百人折损过半）。此次袭击对清朝震动很大，清人至此确信祖大寿已是敌人，无不怀报复之心。正在巡边的皇太极接到战报后，于十一月初九日亲统大军至中后所，派使者给祖大寿带话：“自大凌河一别后已过数年。我不畏艰苦而来，就是希望与将军见上一面。至于将军是归降我大清还是仍留在大明，绝不勉强，将军自己决定去留。上次是我释放了将军，如借会见之名诱捕将军，我还凭什么取信天下之人呢？这些年将军虽然屡次与我军发生冲突，但我知道你是在执行命令，尽自己的职责，我不会放在心上的，请将军不要怀疑。如果不想亲自来，可以让心腹前来，应该知道我的内心想法。”第二天，皇太极又命令释放抓获的明军俘虏，让他带信给祖大寿，表示：“我在大凌河释放了你，我的大臣都说我看错了人。现在，将军应该出城与我相见，证明我没有看错你。如果将军不放心，我们各带一两名亲信随从，在两营的中间处会晤。我这么做，只是为了免于被嘲笑看错人罢了，同时也让将军的子侄和大凌河的将帅都知道将军是履行诺言的人。至于是否共事，都听将军说了算，我决不勉强。这都是我发自内心的话，我不会说谎，而且我在梦中都想和将军相见，不知道将军是否愿意一见？请将军想一想桃园结义的故事，马上回答。”祖大寿却始终没有露面。

崇祯十二年（1639年）春，祖大寿在山东、北直隶一带抗击清军，不过“未奏肤功”。而皇太极则于二月进攻松山，并在三月十五日致书于锦州城内的祖大寿之妻，说祖大寿有四点得罪明廷（己巳之变时东奔、大凌河投降、戊寅之变时违命逗留、入援时未与清军力战），难以保全，让她开导祖大寿降清。三月二十日，祖大寿回到关外宁远，派松山副将杨震、祖克勇与锦州副将徐昌永、杏山游击李得维等率一支约六七百人的部队从长城外前往锦州。三月二十三日，在乌欣口地方被清将阿尔萨兰等击败，杨震等被擒。接着皇太极亲攻锦州的明军山寨，杀徐昌永，俘祖克勇。不久清军撤回，祖大寿回到锦州驻守。

主词条：松锦之战

崇祯十三年（1640年）三月，皇太极命郑亲王济尔哈朗修义州城（今辽宁义县），企图以此为据点长期围困锦州，使其不得耕种。五月，皇太极到义州视察，杏山的蒙古人苏班岱等请求归降，皇太极命济尔哈朗等率军一千五百人前去迎接。祖大寿得知清军人少，命令游击戴明与松山总兵吴三桂、杏山总兵刘肇基合兵七千人出击，在杏山城西交战，明清双方均宣称自己获胜。七月，皇太极命睿亲王多尔衮、肃亲王豪格带兵围困锦州，并致书祖泽远，骂其忘恩负义，要求其劝父（实为堂伯）祖大寿归顺清朝。十二月，蓟辽总督洪承畴主张从关外三镇（祖大寿、吴三桂、刘肇基）麾下挑选精兵30000人（马兵10000、步兵20000），明廷令祖大寿等回奏，祖大寿回奏锦、松、杏三城及附属各堡共有兵22050人，堪战者不过10100人，同时报告马匹自八月以来已断绝豆料，只能吃荒草，“饥瘦莫可名状”，其守城情形之艰难由此可见一斑。另一方面，明廷对祖大寿也未必放心，据说安排洪承畴出关也是“名援之，实制之”，一旦祖大寿献出锦州、再次投降，洪承畴可以在关外独当一面，及时止损。

多尔衮、豪格对锦州的围困十分松懈，以致祖大寿尚能从城外获得部分接济。崇祯十四年（1641年）三月，皇太极在让多尔衮、豪格与济尔哈朗轮番交替时将多尔衮、豪格贬为郡王。三月二十四日，锦州外城的东关副总兵那木气（诺木齐，蒙古人）等预谋投降，让人带着信溜出城，约为内应。祖大寿知道后，前往外城剿杀这些蒙古人，清军前来援助那木气等，明军杀清军武备院卿穆护萨、护军参领觉罗兰泰、参领宏科，但最终不敌清军，锦州外城陷落，明军退守内城。当时，有几名小兵逃出锦州包围圈，传来祖大寿“宜车营逼之。毋轻战”的建议，然而明廷还是催促洪承畴尽快出关救锦州。八月，祖大寿听说洪承畴率十三万大军来援，率军分三道从锦州突围，但只冲出清军两道包围，未能突破第三重，只好撤回城内。与此同时，皇太极御驾亲征，包围洪承畴所在的松山，大败突围的明军。至此，松山、锦州两城都孤立无援。面对清军对锦州围而不攻，祖大寿呼吁尽快交战，以决胜负，皇太极不听。十月，祖大寿表示“请罪投降”，但必须皇太极亲自来，皇太极怀疑其言有诈，认为围久自降，因而没有理会。十二月二十五日，皇太极派祖大寿的堂侄祖泽洪至锦州索取妻儿，顺便劝降祖大寿，祖大寿亦不理，祖泽洪只好离开锦州。

崇祯十五年（1642年）二月十八日，松山城破，洪承畴等被俘，其中洪承畴以及祖大乐（祖大寿堂弟）、祖大名（祖大寿再从弟，祖礼之孙）、祖大成（祖大寿之弟）等祖家子弟被留下活口，其余明朝文武大员都被处死。按照皇太极的指示，祖大乐与洪承畴被押赴盛京，祖大名和祖大成则被放归锦州。与此同时，被围困了整整一年的锦州粮尽，昔日大凌河城中杀人相食的惨状再度重演。三月初，祖大寿先让祖泽远派人与清营接洽，希望与祖泽洪谈判，被济尔哈朗拒绝。第三天，祖大寿又派人表示如果见到祖大乐就投降，济尔哈朗便让祖大乐入锦州。又过了一天，祖大寿派三名使者要求盟誓后出降，济尔哈朗等断然拒绝，扣留二人后让另一人到锦州传话。祖大寿随即遣中军官高勋、副将祖泽远来，说之前是“小人妄言”，不是祖大寿的意思，祖大寿愿意无条件投降。第二天即三月初八日，祖大寿率众官到济尔哈朗军营请降。三月初十日，皇太极接到捷报，指示祖大寿部下除了蒙古人全部处斩外都留下，并要求祖大寿派人劝降杏山、塔山。五月初五日，皇太极在盛京崇政殿接见洪承畴、祖大寿等明朝降将，祖大寿跪地谢罪，皇太极对他说：“你上次背叛我一是为了你的主子，二是为了你的妻子儿女和宗族。我曾经对内院诸臣们说过，祖大寿一定不能死，如果以后再次投降，我也决不会杀他。事情过去就过去了，只要以后能够尽心尽力地侍奉我就可以了。”

祖大寿投降之际，他过去的战友张存仁以其“背盟狡诈”建议皇太极处死祖大寿，即使不杀也得监禁起来，以免以后明朝守城将领都像祖大寿那样到山穷水尽才肯出降。皇太极认为留着祖大寿还可以招降他在宁远驻守的外甥吴三桂，因此仍对祖大寿予以厚待，将他编入八旗，授汉军正黄旗总兵官（后称精奇尼哈番）。但祖大寿还是受到一定的防范，被软禁于家中，不得任意出入。

清崇德七年（1642年，明崇祯十五年）十月，清军第六次入塞（壬午之变），皇太极命祖大寿给吴三桂写信劝降。祖大寿先按皇太极指示写了一封劝降信，然后自己又写了一封密信，密信中有“虎前酣睡者，非木石之人，今竟全然不得空”“勤努力，观形势，慎防御，力守边门，众皆一心”等语，吴三桂因而在回信拒降的同时表示“老舅之志，英雄所为也”“舅父忠诚之心依旧存也，于彼处忧劳、念官民之故国亦可知也”，并将此上奏崇祯帝。

清崇德八年（1643年，明崇祯十六年）正月十九日，祖大寿接到了吴三桂通过蒙古人索内转递的回信，并上交皇太极，皇太极亲自写信招降吴三桂。在此几天前，祖大寿向皇太极建议发兵取中后所，逮捕吴三桂的家属，由此取宁远、破山海关进而得北京。十月，按照祖大寿的献计，济尔哈朗攻取中后所等三城，明朝在关外只剩吴三桂驻守的宁远一城。

清顺治元年（1644年，明崇祯十七年），清军入关，据说祖大寿就在多尔衮军中，吴三桂也是以他和洪承畴为中介来求援于多尔衮。同年九月，南明使者左懋第、陈洪范一行来北京，祖大寿的儿子祖泽溥也在使团中，祖大寿通过祖泽溥带话说：“少有机会，无不效力。”不过他并没帮上南明的忙，其子祖泽溥也降清。

顺治十三年四月十五日（1656年5月8日），祖大寿死于北京。六月，顺治帝按汉官一品大臣例赐祭，并加祭二次。后追赠镇国将军，并遣永平知府罗廷玙致祭。

祖大寿的军事生涯很长，从万历朝鲜战争一直到松锦之战，长达五十年之久，先后与日本、蒙古、女真人交手，身经百战。他从后金兴起时就参加抗金，在孙承宗、袁崇焕的领导下构筑关宁锦防线并在此坚守近二十年，也是抵抗后金（清）最久的明朝将领。他参与过的对后金（清）的战事至少有辽沈之战、广宁之战、宁远之战、宁锦之战、己巳之变、遵永大捷、大凌河之战、丙子之变、戊寅之变、松锦之战等，其中只有遵永大捷是他挂帅指挥并取得完胜的战役。由于孙承宗、袁崇焕奉行“以辽人守辽土”的政策，而祖大寿作为辽将，不仅能战，还具有很强的沟通协调能力，只要将士出现争端，由他出面就能解决，而且与士卒同甘共苦，在当时的边将中难能可贵，因而得到袁崇焕的器重，得以迅速崛起，在崇祯年间成为关宁军的统帅。到大凌河之战前，孙承宗称祖大寿所领的关宁军“实为天下雄锐，其动定便关重轻”。到崇祯十年（1637年），祖大寿一共统领五十三营、六万八千马步兵。关宁军不仅负责抵御清军，还有祖大乐、祖宽等被调入内地镇压农民起义，被卢象升誉为“最劲，杀贼亦最多”。正因为如此，祖大寿才成为崇祯帝不敢轻动、皇太极极力争取的对象，左右着明末辽东的战局走向。

袁崇焕：大寿英勇矫捷，腔子玲珑，言下辄解，且与士卒通肺腑、同甘苦，边将所无。宁远一守一战，俱大寿冠军……辽人复辽，此其首选矣。

皇太极：

宁完我：庸才，无能为。

张存仁：祖帅跋扈畏非，岂肯轻离巢穴？事若缓，则虑持久，事若急，则虑身家……臣确知彼心惟便是图，本无定见，一当危急，束身归命矣。

石廷柱：第明国京都，倚祖大寿为保障。

李㴭：

弘历：如洪承畴、祖大寿、李永芳等，在胜国虽为不忠于主，在本朝则为宣力之臣，特命入于《贰臣传》之甲编。

蔡东藩：

陈涴：他坚持与清军战斗二十多年，为保卫辽东疆土、苟延明朝残喘立下了汗马功劳。但为了保全身家性命，他两次降清，带给清朝大批汉将，又为清朝的建立作出贡献。

崇祯元年（1628年），蒙古拱兔部落（即察哈尔部下属之多罗特部）被后金击溃，蓟辽总督王象乾命祖大寿收编此部余众。此后祖大寿为关宁军统帅期间，其麾下最强悍的部队就是由这些蒙古降人组成的降夷左、右两营，分别由桑昂（清译桑噶尔寨）、那木气（清译诺木齐）统领，祖大寿素来对其非常倚重。

大凌河之战后，据说崇祯帝认为这些蒙古人“杀人而食，败则先奔”，实属无用，两次要求祖大寿杀了他们。祖大寿之子听说后私下写信劝其父不要杀蒙古人。蒙古人听说这道命令后则准备发动兵变，活捉祖大寿，归顺后金，事情泄露，祖大寿对桑昂说：“我待你们如同兄弟，你们为何这样？”桑昂回答说是自救，于是祖大寿与之盟誓，但其部队中的蒙汉官兵从此相互猜忌，而且在祖大寿麾下的拱兔诸子也没有参加盟誓，因此皇太极趁机离间祖大寿与蒙古人之间的关系。

松锦之战期间，那木气率部以锦州外城降清，祖大寿对剩下的蒙古人更加提防，派汉人监视。后祖大寿投降，皇太极认为锦州未降的蒙古兵铁了心不会归清，下令全部处斩。在此过程中，不愿降清的蒙古人打算杀掉祖大寿全家，祖大寿听说后秘密写信给清将，诱使他们出城赴宴，然后伏杀，这些蒙古人赤手空拳与清兵搏斗，甚至夺其剑马，但最终还是全部被杀。后来出使清朝的朝鲜王子李㴭曾目睹其尸骨、耳闻其事迹，感慨“如此忠勇，华人所罕，骸骨只今堆积于锦州东川边”，并讽刺祖大寿“纵归黄泉，其不愧于蒙兵乎？”

松锦之战时，祖大寿的军队从锦州城头向南发炮，洪承畴的军队则由南向北发炮，清将多尔衮受到夹击，差点被击毙。祖大寿投降后，多尔衮向他谈及当时的险状，祖大寿说：“果有此事？如炮火击中大王坐骑，后果不堪设想！”后来成为摄政王的多尔衮对诸学士说：“当时两仇相敌，唯恐打不中，祖大寿言不由衷，实在可笑！”

学者李洵、绵贯哲郎、曹循等认为，崇祯年间祖大寿麾下的关宁军的主体由以祖大寿为中心的亲属网络（即所谓“祖家将”）构成，是一支具有军阀色彩的“祖家军”。不过，学者曾磊则认为虽然关宁军中多有祖大寿亲族，但这只是因为明代卫所制度下长期实行军将世袭替补的制度所造成的现象，实际上所谓“祖家将”并非都身居高位，大量关宁军重要将领都跟祖大寿没有亲缘关系。关宁军的粮饷、人事等方面始终由明廷所派文官监督和管理，因此祖大寿谈不上军阀。

据学者常虚怀考证，祖大寿曾用名祖天寿，而且整个祖氏“大”字辈的人都曾是“天”字辈，他推测改名时间在崇祯元年（1628年），原因是崇祯帝为了标榜“敬天”而下令群臣中名字含“天”字者都得改。不过王在晋则称是孙承宗在第一次出任督师时给祖大寿改的名，即天启二年（1622年）到天启五年（1625年）之间。

民国八年（1919年），加拿大皇家安大略博物馆委托英籍皮货商克罗夫茨在中国采购一套完整的明清高官显爵墓葬。克罗夫茨到北京后，有自称祖大寿后裔的人向他兜售位于北京清河永泰庄的据称是祖大寿的墓。民国十年（1921年），克罗夫茨将该墓地面上共计150吨重的物件整体倒卖给了加拿大皇家安大略博物馆，包括高六米的上有精美石雕的石门、石供桌、高高拱起的坟丘、成对的石人和石骆驼。

不过，对于该墓是否是祖大寿本人墓葬，历来存在争议，因为可以确定祖大寿墓是在故乡宁远而非北京。有观点认为，永泰庄是祖大寿初葬地，三年后迁葬宁远。还有观点认为祖大寿一开始就归葬宁远，永泰庄墓地为其养子祖泽润家族墓地，与祖大寿本人无关。

祖大寿死后，其故居改建成祖大寿祠，街道也叫“祖家街”，后被清廷用作右翼宗学。现址为北京市第三中学，祖家街更名富国街，但街上的公交站仍以祖家街命名。祠堂建筑保存完好，为北京市文物保护单位。

祖大寿石坊位于辽宁兴城，俗称“头道牌楼”，建于崇祯四年（1631年），用灰白花岗岩建造，高11.5米，宽15米，檐顶筑一石塔。正楼下有三重额枋，上层正面（南）阴刻“忠贞胆智”，北面阴刻“廓清之烈”，中层刻“四世元戎少傅”，下层刻祖大寿本人及诰赠其三代祖先的结衔。乾隆帝在东巡路过兴城时曾作诗《题宁远祖氏石坊》讽刺道：“燧谨寒更烽候朝，鸠工何暇尚逍遥。若非华表留名姓，谁识元戎事两朝？”

祖大寿去世后，归葬故乡宁远（今辽宁兴城）城西，称“镇国将军祖公茔”。1974年，祖大寿墓被推为平地，墓地石像生被重锤砸碎，神道碑和龟趺被火药炸毁，随后运往西河铁路桥附近，并用推土机推入河中，出土的墓志以及其他随葬品下落不明。2013年，祖大寿墓谕祭碑部分残碑出土，藏于兴城文庙。