成化十二年（1466年），孙燧被补为邑庠生。

弘治五年（1492年），孙燧以《易经》考中浙江乡试，夺得魁首。

弘治六年（1493年），孙燧考中进士。

弘治十年（1497年），孙燧被授予刑部贵州司主事的职位，他执法严谨，不轻率从事。刑部尚书白昂很器重他，让他掌管各司的奏章。僚属中有疑难的案件，必定向他询问。

弘治十四年（1501年），孙燧升为刑部江西司员外郎。

弘治十六年（1503年），孙燧又升为刑部江西司郎中。当时他奉命在南畿决断囚犯，又在江西考虑处理许多平反的案子，平反了许多冤案。当时杨一清听说孙燧通晓法律条文，就与他同船北上，对孙燧的学识大为赞赏。

正德二年（1507年），孙燧遭遇外艰（父丧），随后又遭遇内艰（母丧）。

正德六年（1511年），孙燧服丧期满，又重新被任命为刑部湖广司郎中。当时正赶上刘瑾作乱，司法部门多听从刘瑾的旨意行事，歪曲事实。适逢朝审要审理囚犯，杨一清在吏部任职，负责起草给明武宗的奏章。那些囚犯多不能坦白交待罪行，审问的人也无法回答。孙燧当时在旁边，询问此事，便把实际情况告诉了杨一清，于是杨一清请求释放了十几个值得同情的囚犯，也对孙燧更加敬重。十二月，升任福建右参政。孙燧奉命督储粮食，他斟酌时宜，革除宿弊，军饷不缺乏而百姓困顿得以缓解。他核实武平地区平定贼人的功劳，革除冒滥许多的情况，全以公心处理此事，不怕怨恨诽谤，又增置晦庵祠田五十多亩。

正德八年（1513年）九月，升贵州按察使。杨一清说：“这不是合适的安排。”于是在正德九年（1514年）正月，孙燧改任山东按察使。他处事如流、判案如神，牢狱中没有积压的案件，数月后牢狱就空了，没有冤枉的百姓。

正德十年（1519年）五月，升任河南右布政使。

当时，宁王朱宸濠阴谋叛乱，勾结太监和皇帝的宠臣，日夜刺探朝廷动向，希望朝廷发生变故，乘机起事。又威胁和利诱一些官吏，以便为他所用。他恼恨巡抚王哲不顺从他，下毒药使王哲得病，一年后去世。董杰接任，仅八个月又死。从此以后，凡在江西做官的人，都惶恐不安，以离开江西为幸事。董杰之后相继接任的任汉、俞谏，都只一年便罢官归家，导致了江西巡抚职位空缺。杨一清对陆完说：“这个巡抚职位是兵民所依靠以安定命运的职位，应该慎重选择人选。”陆完举荐了几个人选，杨一清都认为不妥当。接下来轮到孙燧时，杨一清说：“就是他了！他是不怕强暴、善于处理事情的人。”

正德十年（1519年）十月，明武宗升孙燧为右副都御史，巡抚江西。孙燧受命后叹息道：“这到了生死关头了。”把妻室儿女送回故乡，自己只带两个书童去上任。这时，朱宸濠谋反的行径已明显暴露出来，南昌人惶惶不安，说朱宸濠早晚会做天子。孙燧的左右都是朱宸濠的耳目，孙燧防备严密，使他们什么也窥探不出来。孙燧虽时向朱宸濠讲说忠义之道，而朱宸濠终不悔改。孙燧暗中察觉副使许逵为人忠信，可以托付重任，便与他商议。孙燧考虑到向朝廷告发是无济于事的，便借口御寇而预做防乱准备：先屯兵于进贤城，再屯兵于南康、瑞州两城；因建昌县多盗，从中分出一些地方而设立安义县，以渐渐消除忧患；奏请恢复饶、抚二州兵备，若能恢复，则请令湖东分巡兼管；九江为鄱阳湖之重地，最为要害，奏请加重兵备的权力，使他们兼管南康、宁州、武宁、瑞昌以及湖广之兴国、通城，以便控制形势。广信之横峰、青山诸窑场，地势险要人悍强，奏请设通判驻于弋阳，兼督附近五县兵马。又恐朱宸濠劫夺兵器，便以讨贼为名，将兵器转移到别处。朱宸濠窥探到孙燧是在对付他，使人贿赂朝中幸臣设法除去孙燧，而且送给孙燧以枣梨姜芥（即“早离江界”的谐音，意为让孙燧趁早离开江西）以示意，孙燧笑着退还。许逵劝孙燧先发制人，然后上报朝廷，孙燧曰：“为何要给贼以发难的借口，暂且等待。”

正德十三年（1518年），江西大水，朱宸濠平素所蓄养的盗贼如陵十一、吴十三、闵念四等，出没于鄱阳湖。孙燧与许逵策划要将他们逮捕。三贼逃到沙井，孙燧计划自江外乘其不备予以逮捕，但是那夜大风大雨，未能成功，三贼躲藏于朱宸濠的祖坟中。孙燧秘密上疏，向朝廷报告盗贼的情形，并且说朱宸濠必反。连续上疏七次，都为朱宸濠半途截获，而未能到达朝廷。朱宸濠非常憎恨孙燧，设宴毒害他，孙燧未死。孙燧请求辞职，朝廷不准，他十分忧惧。

正德十四年（1519年），朱宸濠强迫镇巡官向朝廷奏陈其“孝行”，孙燧与巡按御史林潮想借此延缓朱宸濠反叛的阴谋，于是共同将朱宸濠的“孝行”奏于朝廷。朝廷正要降旨谴责孙燧等人，恰巧御史萧淮揭发了朱宸濠一切不轨行径，朝廷诏令重臣宣布。朱宸濠闻讯，便决意起兵反叛。

六月十三日（7月9日）是朱宸濠的生日，宴请镇巡三司。十四日（10日），孙燧与诸大吏去向朱宸濠道谢，朱宸濠预设伏兵，孙燧等来时，声称太后诏令他起兵讨贼。众人相顾失色，不知所措。孙燧向前说道：“这是说哪里话，请把诏书拿出来我们看！”朱宸濠说：“不必多讲，我要去南京，你给我扈驾。”孙燧大怒道：“你命不长了，天无二日，我岂能从你为逆！”他急起要走，但已走不出去了。朱宸濠入内殿，换上军装，指挥士兵缚住孙燧。许逵奋起喝道：“你们怎能侮辱天子大臣！”以身挡孙燧。朱宸濠也把许逵捆绑起来。二人大骂。朱宸濠把孙燧的左臂折断，与许逵一同拉出去了。许逵对孙燧说：我之所以劝您先发制人，是因为料定会有今日。”孙燧与许逵同被害于惠民门外。巡按御史王金、布政使梁宸以下，都向朱宸濠叩头，高呼万岁。

朱宸濠举兵反叛，任命三贼（陵十一、吴十三、闵念四）为将军，首先遣娄伯进军进贤，为知县刘源清所斩。朱宸濠召集了一伙盗贼来响应他的号召，然而三贼因为害怕当地的官吏而不敢轻举妄动。朱宸濠大肆搜索城中军械，城中军械早已转移了，以致其兵卒多持木棍。伍文定起兵抗贼，设孙燧、许逵二人的灵牌于文天祥祠内，率吏民祭祀恸哭。南赣巡抚王守仁也起兵平叛。叛军逃往安义，全部落网，无一逃脱。人们更思念孙燧的功绩。

正德十五年（1520年），江西的守臣将孙燧的事迹上奏朝廷，没有得到批复。

明世宗即位后，赠给孙燧礼部尚书官衔，谥号忠烈，和许逵一同祭祀在南昌，赐祠名旌忠，各荫庇一个儿子。

孙燧在揭发朱宸濠谋反过程中的功绩如下：

明世宗朱厚熜：①故都察院右副都御史孙燧，性资刚毅，志向高明，发迹贤科，历官都宪。心劳抚治，每怀匪懈之恭；势值艰危，益秉不回之操。慨宗藩之无上！忽祸变之在前。持正论以阴折其奸谋，出危言以暴扬其大逆。甘从刀锯，死有重于泰山；不愧圣贤，心盖昭如白日。（《都察院右副都御史赠资善大夫礼部尚书谥忠烈公诰命》）②惟尔性资英毅，器宇恢闳。发迹贤科，累升都宪。劳心抚治，才誉彰闻。预防逆藩，曲尽心力。仓卒遇变，视死如归。愤激抗词，凛然英烈。精忠大节，追配古人。扬于大庭，赠官赐谥。更超常格，延赏后昆。尔身虽亡，惟名不朽。灵其如在，尚克歆承。（《谕祭都御史赠礼部尚书忠烈公文》）③惟尔才猷素着，抚治多劳。临难捐躯，忠义愤激。追惟往事，良用恻然。奄及葬期，载颁论祭。尔灵不昧，尚克鉴歆。（《谕祭都御史赠礼部尚书忠烈公文》）

谢迁：大丈夫死事非难，死而成天下之事为难。夫决死生于瞬息，眇性命如鸿毛，凡抱忠肝义胆者能之，徒死而或无益於事，君子犹未歉也。若夫自任之重，之死靡悔，殄免逆于当时，树风声于来世，岂不诚大丈夫哉！求之于今，若都宪一川孙公其人也……公立志每以古人自期，律己廉慎，而接物谦和，从政明恕练达，故敬历中外垂三十年，最考剡荐无异词。（《大明故巡抚江西都察院右副都御史赠礼部尚书谥忠烈孙公神道碑铭》）

王纶：呜呼！二公镇按江西，福及生民，不幸遇此谋叛，一旦委身保国，其忠义大节，炳若日星。纶隐居林下，不远三百余里，哭临致祭，吊我忠魂。公其有知，尚克享之。（《祭旌忠祠文》）

杨一清：呜呼！忠我根于天性，夫人所同。而事变沓至，亦必有倡之者。方禄山叛唐，河北无坚城，颜杲卿兄弟奋起，应者如云。杲卿死，义士愤激，张、许相继死，城守郭、李因之，卒成再造之勋。贼濠酿乱，已非一日，章缝之士，利唱威怵，往往风靡。逮其逆谋一露，公及许副使死之，人知逆顺，濠始褫魄丧气。而王伯安、伍时泰二君慷慨倡义，身婴逆锋，不旋踵而大难平焉。然则谓公为今之杲卿，死节则同，而其苦心积虑，防变于未萌，有杲卿之所难者矣！（《明故都察院右副都御史赠礼部尚书谥忠烈孙公墓志铭》）

罗侨：呜呼！二公之生不同而死则同，二公之位不同而心则同。孙公守大臣之节，许公奋烈士之风。当奸雄垂涎，虎狼局究，谁谓国无人也，而有如二公之忠。谓若人可多得也，而二公之外，何靡然而劫从？故识忠贞必于世变，而观节义必于势穷。万世之下，自有是非之公。而二公之死，殆赫赫然与日月争光，庐阜争雄。江右之间，庙祀聿崇。二公亦庶几瞑目于地下而奚恫耶！神兮如在，欣鉴予衷！（《祭旌忠祠文》）

曾大有：惟公大信不约，蹈厉无群，揲逆竖方张之虐焰，表清朝熙洽之人文，藁街玉骨，阴复玄云。男匍女髽，巷哭声闻。如失怙恃，如溺如焚。朝廷祀典，褒厥忠勋。呜呼！千年肸享人不荤，骏奔尸祝思劬勤，潮头白马来神君。我将絮酒，有艾其芬。拜瞻新庙，斋祓三熏。神其如在，陟降居歆。（《祭旌忠祠文》）

郑岳：逆藩蓄乱，盖已有年。威劫守臣，毒流江壖。我罹其殃，幸全首领。永清再謫，益骄以逞。自古乱贼，忠正为仇。一朝发难，势不但休。孙公许公，甘心就载。惟黄及马，义亦不辱。生而幸免，死而完节。不朽者存，于今为烈。惟皇轸念，首诏褒录。尚书都宪，恤典优缛。念惟四公，并宜血食。少参主政，恩当次及。我猥起废，复抚是邦。瞻拜遗像，目瞬心降。议饰新祠，用称明诏。先兹告虔，抚膺一吊。（《祭旌忠祠文》）

胡世宁：唯若孙公，有遏贼之动，而未白于时。（《祭旌忠祠文》）

伍文定：①于维孙公，令望无数。才裕器宏，礼恭德秩。蚤际明时，外中数历。都宪而西，声名益籍。体国谆诚，爱民纯一。激浊扬清，平冤理直。剔蠹绳奸，周储扫积。人之爱之，饥渴饮食。顾拂豪宗，芝兰荆棘。逆孽是虞，谋渊兵集。冰炭衅成，竟遭贼殪。蹈义如归，纲常有翼。言者阐幽，帝怀孔恻。礼佑衮荣，武阶世涉。西江有水，流惠罔极。南海有山，高名并屹。义旅一兴，罪人斯得。殆天命之有终，亦忠魂之攸执。公果亡乎？神其可射！（《孙忠烈公像赞》）②方孙公之抚江右也，孜孜为国，念念为民，柔而不茹，得欢心于遍省，刚焉不吐，恒弗悦于豪宗……二公良瞑目矣。英风直气，亦必上告皇天，下告后土，及我祖宗三列圣之灵，使我讨逆之师，捷若风霆，罪人早得，以安上下二公不死之神也，盍啚之。（《吉安配享文山祠告文》）

许赞：姚江东注，稽镇西昂。笃生明公，载钟其祥。质厚而重，气正而刚。学精而赡，德邃而扬。持此以致，用以历数。秋台宪府，藩岳都堂。明刑释枉，肃政振纲。阜财裕民，弭乱安邦。栋梁乔岳，震撼击撞之孔固；严霜烈日，弛张阖闾之有方。故能落濠逆之胆，固社稷之障，视死如归，处变如常。可谓充浩然之气，立矫然之强者也。呜呼！斯气也，理也，光岳之精，人极之良，公尽负之而来，亦全抱之而往。公虽逝矣，其丕忠英烈，犹足以照斯世、扶斯人，耿耿乎与日月而同光！（《孙忠烈公像赞》）

陈洪谟：公举壸纲，饬厉庶官，谟实不才，奔走其间。惟时豺狼萌吞天之欲，而窃垂其涎，乃威劫利㗖，巧伺奇觇，实欲掣吾之肘，而哽吾之咽。惟时我公知国之已晚，而思扑其焰，谓藩臬之有人，或万全于一旦。故谟之在职也，公眷之，虽密谋而无隐；谟之误迁也，公留之，至特章而力荐。夫以公之沈谋伟略，冠绝一时，顾何须于不才。而谟之驽蹇，亦何足以副公之知？公乃倦恺于眷且留者，盖公之不忘于贼，犹贼之不忘于公也。（《吉安配享文山祠告文》）

唐龙：①夫不叙杀身成仁之美者，君子斥之则不敏，恶乎敢辞？古之人臣不幸而婴国家之难，务宣力訏谟，厄而制之。制之而或格于势，至溃焉，斯就陨身之义矣。故唐天宝之乱，颜杲卿徇诸郡，并勒兵以从。张巡乘城分队，坚守江淮，共谓羯奴可挞也。夫何食尽而救不至，遂挺身刀锯，矻矻以死。公地下诚得与二臣者游矣。（《忠烈编叙》）②维忠屹屹，中流之石。维神严严，君子孔瞻。神斯邈矣，厥归伊何？维天星辰，维地江河。（《祭旌忠祠文》）

崔铣：大臣受一方之寄，得专刑赏，蹇欲其图大于微，有如濠之不逞者。当孙公莅江西，外内臣多昏酣于贿遗。孙公举刺建白多寝，一死烈烈，非公志之全。然所设重险，明正义，饬兵畜用，选登才智，嗣起者实借兹成，故禽濠如摧朽云。（《洹词》）

严嵩：议者归公平日防御素周，贼一举辄败，而公被执时抗对不屈，闻者凛然，知逆顺大义确不可易。借使公不受害，则濠之逆状未明，众志之皇惑靡定，濠得窃弄旦夕。即祖宗灵赫在上，万无能一济，乃据险屯重，不遽扑灭，为祸可胜言哉！故公之一死，其为紧也大。视诸乘势讨贼，其难易不侔也。（《直庐稿》）

邵锐：逆藩倡乱，虐焰孔扬。不有君子，益助而张。允毅守臣，义形于色。仇彼凶残，卫我社稷。有烈继作，亦死于忠。其迹若异，而趋则同。悠悠苍天，曷其有极。嗟我士民，追感有尽。翼翼新庙，有赫其临。曷申我私，神鉴在心。（《祭旌忠祠文》）

秦钺：于惟群公，生禀正气。慷慨成仁，从容就义。遗像俨然，庙食于兹。左扶右植，三网四维。公祠我室，实相邻并。启思翼行，我则多幸。召命有严，将与公辞。我行日远，悠悠我思。精神感通，千里尺咫。惟公有灵，相有终始。（《祭旌忠祠文》）

费寀：呜呼！寀不及登公之堂，而公尝有礼于寀，岂非以嫉恶之公愚偶同于知哉？呜呼已矣！公之浩气宜局岳为山，以奠于洪州，奠于四薄，永永其不骞也。西风薄酹，为网常悲而已。（《祭旌忠祠文》）

舒芬：二公刚大独完，义理充实，穷达能齐，死生能一。故宦辙所至，政皆可传。而事变之临，甘从刀锯以为天下义兵之先。呜呼！宸濠逆谋久已有形，仓卒一发，以有援兵。使二公不死，则人怀疑惧义兵孰起？使二二公苟生，则卖国权奸今日孰得而仪刑？要之社稷安全，虽宗祖之泽，而贼灭于反掌，则皆二公之力。（《祭旌忠祠文》）

石金：二公昔事兹上，各持风裁。铲革保厘，阴霾渐开。孤行既揭，逄彼逆节。白笏霜飞，九死不折。鲸鲵就封，新庙孔崇。丹青肖象，飒然英风。公化如归，公神如水。汗竹摛之，以赫厥美。纲常世衰，狂澜久頹。弗拟迎神，神其我悲。（《祭旌忠祠文》）

据《明史》记载，孙燧生来就有不同凡响的资质，两只眼睛闪闪发光，夜里眼睛有光。他死的那一天，天空忽然变得阴暗凄惨，狂风骤起，一连好几天，城中百姓非常惊恐。大家跑去收敛孙燧和许逵的尸首，尸体还没有腐烂，有一团黑云笼罩着他们，苍蝇蚊子也不靠近。

据《明史》记载，孙燧的儿子孙堪听到父亲的死讯后，率领两个弟弟孙墀、孙升赶赴南昌。正巧遇上朱宸濠已被擒获，他们扶着灵柩返回。兄弟三人在墓旁筑起草庐守丧，吃素三年。墓旁长出几株芝草，一根茎上开出九朵花。服丧期满后，因为父亲死于国难，又穿丧服三年，当时人称他们为“三孝子”。

孙燧为文典雅，著有《四圣糟粕》十卷，《诗文启札》六卷，《奏议》四卷，《案牍稿》十卷，《恤刑录》二卷，《巡抚榜文》一帙。《恤刑录》是孙燧作为刑部郎中在恤刑时甄别出来宜加减省的上呈案例，详细记录了案件发生、审判等过程，是研究当时社会概貌的重要史料。现存《恤刑录》残本一册，藏于宁波天一阁博物馆，为海内所仅存。

张廷玉等《明史·卷二百八十九·列传第一百七十七·忠义一》

谢迁《大明故巡抚江西都察院右副都御史赠礼部尚书谥忠烈孙公神道碑铭》

杨一清《明故都察院右副都御史赠礼部尚书谥忠烈孙公墓志铭》

陈有年《忠烈公年谱》

2023年电视剧《天下正道》：张大明饰演孙燧。