成化十二年（1476年）正月十三日，贞熹王后撤帘归政，李娎开始亲政。由于贞熹王后在李娎即位之初所起的重要作用，因此她去世时，李娎不顾礼法，为祖母行三年之丧，以纪念其功德。

李娎亲政之际，恭惠王后韩氏已去世，他开始临幸后宫淑仪尹氏，在亲政那年（1476年）封她为王妃，并得到第一个嫡子李㦕。然而李娎又宠幸严银和郑金伊两个后宫，引发尹氏的嫉妒。在争宠过程中，李娎于成化十三年（1477年）三月于中宫殿发现一个小箱子，里面放着砒霜和巫蛊书籍，尹氏声称这是宫婢三月所进，三月则招供这是用来害严氏、郑氏等后宫的。李娎与三位大妃为之震怒，召集群臣，询问废妃事宜，并打算降为寿嫔，群臣反复请求看在元子（李㦕）的份上饶过尹氏，最终李娎暂时保留了尹氏的王妃地位。

但李娎和尹氏的关系并没有丝毫好转。成化十五年（1479年）六月初一日是尹氏生日，然而这天李娎临幸某位后宫的寝所，尹氏突然闯入，并将李娎脸部抓伤。怒不可遏的李娎遂在六月初二日召集群臣，不听一切劝阻，正式宣布将尹氏废为庶人，赶出宫廷，幽禁私第。同时贞熹王后（一说昭惠王后）亦颁布谚教，列举尹氏罪状。成化十八年（1482年）八月十六日赐死尹氏，以绝后患。

尹氏被废后，李娎立另一位淑仪尹昌年为王妃，是为贞显王后。废妃尹氏之子李㦕的地位并未动摇，并在成化十九年（1483年）二月立为王世子。

李娎是朝鲜王朝最崇儒的国王之一，他不仅早年在经筵接受教育，亲政以后也继续展开经筵，不仅与儒臣讲论经史，还商议国政。除了经筵政治，以言论三司（司宪府、司谏院、弘文馆）为中心的台谏政治也在李娎在位期间形成，李娎通过提高台谏地位与权利来对勋戚大臣把持的相权加以制衡，出现了王权、相权、台谏权三足鼎立的权力结构。在此过程中，李娎提拔了不少新进士人来掌权台谏权，在朝中形成了士林派，开始牵制李娎即位以来垄断国政的韩明浍、韩伯伦、郑昌孙、尹士昕、尹弼商、李克培等勋戚大臣（勋旧派）。

李娎在位时期的士林派主要以金宗直及其门人为主，由于其地域基本盘在庆尚道，故时人称之为“庆尚先辈党”。金宗直于成化十八年（1482年）被拜为弘文馆应教，从此进入中央政界，官至刑曹判书、知中枢府事，士林派开始迅速发展，在成化二十年（1484年）以后基本形成一股可以与勋旧派对抗的势力。除了金宗直以外，这一时期士林派的代表人物还有金訢、表沿沫、曹伟、俞好仁、金谌、杨熙止、金孟性、姜景叙、康伯珍、李义亨、姜谦、周允昌、崔溥、金骥孙等，他们大部分都是金宗直的门人或好友。

李娎虽然大幅提升台谏的地位和权力并将士林派安插其中，但也非一味纵容台谏和士林，他明确警告：“予之所为，卿等动辄言之，若是则权在台谏矣！”显示出对台谏权力膨胀的警惕。如果台谏官员强行忤逆自己的意志，他也会将台谏官员集体改差（调职），例如弘治四年（1491年）台谏反对北征的风波（参见“为政举措-外交” 部分）。到李娎在位后期，他和台谏的冲突越来越多，弘治七年（1494年）五月，围绕尹壕拜相问题，李娎和台谏展开激烈的正面交锋，台谏以尹壕为外戚（贞显王后之父）且无才无德为由强烈反对尹壕出任右议政，李娎则坚持让尹壕出任，并反问：“台谏之威重于人君，而人君之威反不及台谏欤？”此后数月间，台谏不断弹劾尹壕，并批评李娎有“拒谏之渐”。可见李娎在位最后一年，国王（王权）与士林（台谏权）的关系已相当紧张，并出现重新倾向于勋旧（相权）的趋势。

从弘治七年（1494年）八月下旬起，李娎就被痢疾折磨。秋冬之际，李娎长期不视朝，又出现浮肿症状，身体每况愈下。十二月二十四日午时，李娎薨于昌德宫大造殿，享年三十八岁。

李娎自认无功于国，故生前曾表示不上庙号，临终前也想自己拟定庙谥，还没想好就去世了。死后群臣还是为他上了庙号，但表沿沫为首的士林派主张用“仁宗”，尹弼商为首的勋旧派主张用“成宗”，最终燕山君选择了“成宗”作为李娎的庙号。谥号则是“仁文宪武钦圣恭孝”，明朝赐谥“康靖”（温良好乐曰康，宽乐令终曰靖），葬于宣陵。

朝鲜世祖年间，编纂了汇总朝鲜王朝典章制度的《经国大典》，睿宗时初步修成，但睿宗还没颁布就去世了。李娎继位后，宣布从成化七年（1471年）颁行《经国大典》，此后经过数次修改补充，于成化十年（1474年）、成化二十一年（1485年）两次颁布新版，最终以“乙巳大典”定型，成为朝鲜王朝以后四百年间所遵循的基本典章制度，后世都是在“乙巳大典”的基础上斟酌损益。

另一方面，世宗朝开始编纂的《国朝五礼仪》亦于成化十年（1474年）颁行于世，是为朝鲜王朝礼制之基础。

世祖朝罢集贤殿，将其部分职能转移至艺文馆，另设弘文馆，但仅限于保管图书。李娎亲政后，于是成化十四年（1478年）扩建弘文馆，使之具备之前集贤殿的学术研究机关的职能，并负责国王的经筵，在经筵上讨论国事，从而与司宪府、司谏院合称“三司”，成为朝鲜王朝的言论机关之一。

弘治元年（1488年），在士林派的推动下，李娎恢复了被世祖革除的基层组织——留乡所，将留乡品官组织起来，参与基层管理，士林派借机推广乡射礼、乡饮酒礼，巩固其社会基础。

李娎在位时期，改革职田法，实行官收官给制。世祖实行的职田法的征收方式跟之前科田法大致相同，都是耕种职田的农民直接将田租缴纳给受田官员，由此产生“滥收”之弊。李娎即位后，在贞熹王后的支持下，于成化六年（1470年）下令农民将田租缴纳给国家，再由国家按应得数量分配给受田官员，通过这种“官收官给制”来大幅减轻农民负担。

朝鲜之前的徭役制度是每五结田出一人服徭役，每人每年服役时间在10天以上。李娎即位后，于成化七年（1471年）改革“役民式”，规定每八结田出一人服徭役，每人每年服役时间不得超过六天，又规定如果因路途遥远而服役超过六天，则适当减免来年服役时间，从而减轻百姓的负担。

李娎崇尚文治，在位期间编纂并刊行了许多重要书籍。除了《经国大典》和《国朝五礼仪》外，他任内还编纂或刊行了《东文选》《乐学轨范》《东国通鉴》《东国舆地胜览》等，使朝鲜的文化事业得到充分发展。

与崇佛的世祖相反，李娎是一位排斥佛教的君主。即位之初，他按贞熹王后的要求，指示赴明谢恩使向明朝求取佛经，然而遭到台谏儒臣的一致反对，并表示不理解为什么佛教在那些儒臣口中是“邪道”。后来在儒臣的长期影响下，开始转向排佛。由于世祖优待佛教，许多人出家为僧，人数比肩军队，导致军额不足。李娎于成化十年（1474年）听从臣下建议，申明禁僧之法。成化十三年（1477年），废止祝寿斋（国王生日时僧人开祝寿斋会的制度）。弘治二年（1489年）听说有应试儒生权季仝在策问中提出“祀佛禳灾”，下御书申斥，将他流放平安道边疆。最重要的排佛政策是弘治五年（1492年）废止度僧法，不再颁发僧侣度牒，并搜查各寺无牒之僧，导致朝鲜“中外寺刹皆空”。信佛的仁粹大妃（昭惠王后）、仁惠大妃（安顺王后）再也无法忍受这种排佛政策，下旨干预，但李娎接受大多数大臣的建议，坚持废止度僧法。由于李娎听从士林派建议，贯彻排佛政策，造成朝鲜佛风大衰，两班家的丧礼上不再举行佛教僧斋，改行儒家礼法。总之，因为李娎积极“排抑异端（佛教）”，所以被史臣誉为“千载未有之圣主”。

李娎继位之初，停止了世祖朝的扩军政策，废除以确保军额为目标的号牌法和军籍法，裁减了一些军队，尽管如此，他任内朝鲜各类军队数额合计148449人。李娎任内先后于成化十五年（1479年）和弘治四年（1491年）讨伐女真，前一次是应明朝要求出兵攻打建州女真，后一次是自行出兵攻打兀狄哈（野人女真），其中后者是朝鲜王朝五百年间规模最大的一次出境作战，但斩获甚微（参见“为政举措-外交”部分）。

李娎在位时期，对明朝的自主意识已不如祖父世祖强烈，因此被认为“事大之诚至矣”。李娎即位以前，朝鲜赴明使者常常私下购买弓角。成化十三年（1477年）发生朝鲜使者擅买弓角被明朝锦衣卫逮捕的事件。李娎派尹弼商、尹轾出使中国，恳请明宪宗允许朝鲜购买弓角以抗击女真、倭寇。由于朝鲜疏通了明宫中的朝鲜出身宦官郑同与恭慎夫人韩桂兰，所以明宪宗破武器输出之禁而予以批准，允许朝鲜每年从明朝买弓角50副以内。李娎嫌数量不够，又在成化十六年（1480年）派韩明浍、李季仝出使明朝，在奏请册封贞显王后的同时请求取消弓角购买数额。同样在韩桂兰等人的协助下，明宪宗将朝鲜购买弓角数额的上限扩大至150副。

成化十四年（1478年）八月，朝鲜祝贺皇太子生日的千秋使报告明朝太监汪直将讨伐建州女真，明朝有意要求朝鲜出兵协助。尽管李克培等大臣反对出兵，李娎也担心“军民凋残”而不愿遵命，但认为这样“于义不可”“中国必怒”而答应出兵。成化十五年（1479年）闰十月，明朝辽东指挥高清带着明宪宗敕书，正式提出出兵助剿的要求，于是李娎命世祖朝曾出兵助明攻建州的鱼有沼领兵一万人西征。另一方面借口天冷，向明朝请求推迟师期，并打算在明朝打败建州女真后再袭击建州女真，以便保存实力、减少损失。十一月，鱼有沼派从事官辛仲琚来到汉城，报告鸭绿江冰薄难渡等困难情形，请求罢兵。李娎虽一度同意罢兵，表示愿意“为民受（明朝之）责”，不过随后就改变主意，要求继续攻打建州女真，左议政尹弼商认为这会破坏与建州女真的关系，导致边境不宁，然而李娎认为“与其受责于中朝，宁结怨于野人”，并任命尹弼商为都元帅，负责西征事宜。台谏联合反对出兵，但李娎坚持事大之道，不愿得罪明朝，最终还是强行出兵。十二月初三日，李娎得知汪直抱怨朝鲜不出兵，便赶紧催促尹弼商出兵渡江，又派都承旨李季仝领兵两千增援，并向明朝解释失期原因。十二月初九日，尹弼商领兵3500人渡江，十三日攻入建州卫，此前建州卫已被明军扫荡，再加上被建州女真残部误认为友军，故朝鲜军轻而易举地取胜，斩首15人，俘虏22人（包括7名汉族女子），焚烧房屋，十六日全师而还，二十日凯旋汉城。李娎大喜，派吏曹参判鱼世谦带着奏本、首级和俘虏赴明献捷。明宪宗则派太监姜玉、郑同携敕书与彩缎、白金、纹锦、西洋布等各种赐品来朝鲜，嘉奖李娎的助剿之功。

虽然李娎协助明朝攻打建州女真，导致朝鲜与建州女真关系一度恶化，但建州女真损失惨重，无力大规模报复朝鲜，故朝鲜的边境大体保持稳定，成化十九年（1483年）九月，李娎允许建州卫都督李达罕（完者秃）遣子来朝鲜，恢复双方交往。弘治四年（1491年）正月，朝鲜东北边境外的兀狄哈（野人女真）千余人越过豆满江（图们江），占领造山堡，庆兴府使罗嗣宗将他们赶走，但在追击过程中战死；同时又有西北边境外的建州女真越过鸭绿江，入侵昌洲镇，虽被击退，但之后持续骚扰。尽管建州女真入侵次数比兀狄哈多，然而李娎担心攻打建州女真更有可能牵涉到明朝，故选择与明朝关系疏远的兀狄哈作为膺惩对象，任命永安道（后来的咸镜道）观察使许琮为都元帅，负责讨伐入侵造山堡的兀狄哈女真，以雪屠城杀将之耻。四月，许琮将入侵造山堡的具体部落锁定为居住在速平江（绥芬河）流域的都骨和尼麻车两个兀狄哈部落，并决定在十月中旬出师北征。许琮判断需要15000人的兵力，而李娎则提升至20000人，加上后勤人员合计61000余人，因此是朝鲜王朝规模最大的一次出境作战。众臣尤其是士林派对此强烈反对，但李娎不听，并强硬表态：“国家受辱于虏而不讨，则威灵不振，边患何时而息欤！”并将台谏集体改差（调职）、推鞫，又宣布“敢议北征者，置之大法”。许琮于弘治四年（1491年）十月十五日渡豆满江，在兀狄哈境内（今中国黑龙江省东南部）一番扫荡，十一月初二日回到朝鲜境内，由于兀狄哈人早就逃走，所以交战规模很小，朝鲜军也只斩获9级，唯一差强人意的就是“全师而还”，是朝鲜王朝前期历次出兵中战果最少的一次。尽管李娎承认“未成大捷”，并取消了原定的告庙礼，也没有通报明朝，但还是嘉奖了许琮以下将士。

另一方面，骚扰朝鲜的建州女真则于弘治四年（1491年）八月二十二日的高山里之战中被朝鲜军击败，弘治五年（1492年）正月入侵碧潼失败。弘治六年（1493年）二月，建州三卫致书朝鲜，自称“金皇帝”，重寻旧好，李娎表示只要建州女真酋长亲自来朝鲜就允许修好。但此时建州女真酋长已无力约束部众，此后也没有再来朝鲜，建州女真与朝鲜的关系因而日益疏远。

李娎在位时期，虽然日本方面的使节频繁来朝鲜，但由于应仁之乱仍未平息，所以朝鲜派遣对日通信使的计划搁浅。其后听说应仁之乱平息，于成化十五年（1479年）派李亨元、李季仝为正、副通信使，走到对马岛时听说日本又有兵乱，加上李亨元病重，于是终未成行。此后一百余年间，朝鲜再未向日本派过通信使。

李娎在位时期，据记载琉球向朝鲜派遣了13次使节，但除了成化七年（1471年）琉球第二尚氏王朝的尚圆王以第一尚氏王朝的尚德王名义通过日本僧人自端西堂派到朝鲜的使节在琉球文献《历代宝案》中可以印证外，其他都无从印证，基本都是日本博多一带商人冒充的“伪使”（也有学者认为是琉球反尚圆势力或其他地方势力冒充的）。这种现象是因为朝琉往来一般以日本人为中介的惯例和朝鲜对琉球使者一贯采取“厚往薄来”的方针而造成的。虽然从世祖末年开始，朝鲜方面就不断有人质疑琉球使节的真伪问题，但除了成化八年（1472年）自称琉球“喜里主”所派的使者因没有国王符验而被拒绝接待外，李娎对其他琉球“伪使”都来者不拒，依照国王使的待遇接待这些琉球“伪使”，赏给丰厚的礼物或《大藏经》等。直到弘治六年（1493年）才认真对待这个问题，决定取消“伪使”的国王使待遇，根据情况按巨酋使、对马特送使或常倭来接待，翌年来的琉球“伪使”就被降格为巨酋使，礼物少了很多。从此以后，琉球“伪使”来朝鲜的频度大减，中宗以后连“伪使”都不再出现，朝琉两国转而以北京为渠道展开护送漂流民等交涉。

当时，除了冒充琉球使节以外，日本商人还炮制了子虚乌有的“久边国”及国主“李获”（也有学者认为是琉球久米岛），于成化十四年（1478年）和成化十八年（1482年）冒充该国使节来朝鲜，但被朝鲜方面识破，第一次只给予巨酋使待遇，其后则拒绝接待（不许入京）。

相传在李娎九岁那年，与兄长李婷侍奉世祖与贞熹王后（一说在宫中庑下读书），突然一阵惊雷，震动殿中一柱（一说把一个小宦官霹死了）。贞熹王后、李婷等都大惊失色，世祖和李娎却纹丝不动。因此世祖对贞熹王后说：“有朝一日要把国事托付给这孩子，不要忘了我的话！”

史载李娎喜欢游玩，经常不顾台谏劝阻命驾巡游，遇到好风景，李娎还会下轿坐地，或者命人奏乐跳舞。

李娎早年“本不饮一杯酒”，但后来越来越嗜好酒色。他每天的日常活动是三次出席经筵、三次问安大妃，然后就召见宗室到后苑射箭喝酒，并大张妓乐，有人认为燕山君后来荒淫无道就是从小受父亲李娎耳濡目染之故。

一些人对李娎的嗜酒看不下去了，便采取各种方式劝他戒酒。有一次李娎酒酣后，将自己喜爱的玉杯赐给某宗室饮酒，这名宗室喝完后佯装起舞，将此玉杯打碎，用来劝谏李娎，但李娎也不怪罪。李娎喜欢喝烈酒，有一个老宦官担心李娎贪杯伤身，便偷偷兑水进烈酒中。李娎喝了后发现不对，质问这名宦官，宦官如实陈述，但被李娎罢黜。

李娎不仅嗜酒，而且还喜欢与后宫佳丽一起喝，导致身体受害，有一次他与后宫佳丽喝酒一夜，竟至吐血，将白屏风全部染红，最终不到四十岁就英年早逝。

李娎对宗亲非常友好，尤其是亲兄月山大君李婷，经常召他入宫宴会，出宫后经常寄去书简，酬唱诗歌，表达兄弟友爱之情，如“幽亭𣊟流水，高树俯潺湲。骅骝嘶青草，春在翠微间”“绝壁立千仞，松风鸣未休。凭栏无限意，依约故山秋”“新瓜初嚼水精寒，兄弟情亲忍独看”“问兄何事送羲娥，遥想洋琴与渭歌”“期会亲戚，聘招佳妓。义虽君臣，恩则兄弟”等等。

癸酉靖难时，有一个宦官立下很大的功劳，世祖御笔恕其三死。李娎继位后，这个宦官杀人，被判处死刑，宦官拿出世祖的免死御笔，贞熹王后也要求赦免，但李娎说：“先王之教是一时的恩惠，杀人者死是万世的公法，怎么可能因为一时的恩惠而废弃万世的公法呢？”贞熹王后反对，李娎则不屈不挠，表示如果贞熹王后执意不听，自己愿意退位。最终贞熹王后只好听从李娎，将此宦官处死。

还有一次，李娎拜谒文庙，回来后生病，贞熹王后询问巫女的意见，巫女说是孔庙中的神灵作祟，贞熹王后便命令宫人率巫女们在文庙大成殿举行驱邪仪式，被成均馆儒生赶走，作法乐器也被打碎。贞熹王后大怒，将这些成均馆儒生下狱，准备全部处死，告知李娎。李娎推开枕头，跳起来说：“我们的太学生徒竟然如此有气节！”命令全部释放，并亲自召见，赐宴于勤政殿广场，每人赏胡椒一升。

李娎以精通书法著称，他的笔法“妩媚端重”，颇有赵孟頫之风，又留意于画画，每天有空时就挥翰题书，被世人视为珍品。

李娎有3位王妃、13位有名号的后宫嫔御，后宫数量仅次于朝鲜太宗；有封号的子女30人（子16人，女14人），居朝鲜王朝之首，加上夭折未有封号者，至少有34名子女可考，其亲属成员如下表：

李娎死后葬于宣陵，位于今韩国首尔特别市江南区，后贞显王后与他以同原异冈的形式合葬，而恭惠王后则葬于顺陵。壬辰倭乱期间，宣陵与李娎之子中宗李怿的陵墓靖陵一同被日军盗掘，李娎与贞显王后的遗体都被日军烧毁。

李娎的诗文被收录于《列圣御制》第5—6卷中，共有诗204首，文37篇，是朝鲜肃宗以前留下诗文数量最多的国王。其诗歌主要是与月山大君等王族和臣下的酬唱之作。代表作有《潇湘八景》诗16首，歌咏中国潇湘八景，被广为传诵。