卡蒂普南在全国范围内蔓延开来，其成员被称为Katipuners，他们于1896年领导了菲律宾革命。在甲米地省的战斗者们赢得了早期的胜利。艾米利奥·阿奎纳多是甲米地省最有影响力和最受欢迎的领导人之一，他是Cavite El Viejo（现代的 Kiewit）的市长并控制着甲米地省东部的大部分地区。最终，阿奎纳多和他的派系取得了这一运动的领导权。正当战争紧张进行之时，革命队伍内部发生了分裂。以阿奎纳多为首的地主、资产阶级害怕农民革命会危及到自己的利益，为阻止革命深入发展，于1897年5月10日杀害了波尼法秀，篡夺了革命的领导权，并取消了“卡蒂普南”，起义阵营受到严重削弱。11月2日，起义军成立了菲律宾共和国，并宣布了临时宪法，阿奎纳多任总统。阿奎纳多在现代被官方视为菲律宾第一位总统。这时，总督里维拉看到镇压已无希望，便向起义者诱降。阿奎纳多在殖民者和买办资产阶级的威胁和利诱下，欲与敌妥协，于12月14日与殖民当局签订了《破石洞条约》。

阿奎那多从西班牙人处得到80万比索，同意缴械投降，自动解散政府，然后流亡香港。菲律宾独立战争遇到了暂时的挫折。但是，菲律宾人民争取民族独立斗争并未停止。起义军中不愿投降的将领马卡布洛斯等人率军反攻，解放了菲律宾中部的广大地区。

正当菲律宾人民同西班牙殖民者进行艰苦战争之际，美国发动了对西班牙的战争。这样，美国军队也参加了在菲律宾对西班牙的作战，并插手菲律宾独立战争。1898年5月2日，美国海军在马尼拉湾歼灭西班牙舰队。不久阿奎那多乘美国军舰返回菲律宾。阿回国后，即号召菲律宾军队向西班牙殖民军发起进攻。至5月底，菲军攻占了甲米地全省，全歼西军2800人，俘获西军司令培尼亚将军。

6月12日（即今菲律宾国庆节）阿奎纳多在甲米地发表独立宣言，宣布菲律宾独立，成立了以阿为首的中央政府。到1898年8月，除马尼拉和南部某些地区外，菲军几乎解放了全部领土。这时，美军却阻挠菲军收复马尼拉，在私下里同西班牙总督达成秘密协定，西班牙把马尼拉“转让”给美国，由美国海军陆战队在马尼拉登陆，并迫令菲军撤出马尼拉地区。尽管如此，菲军在各地继续向西班牙军发动进攻。1898年9月15日，菲议会在马拉洛斯举行，制定了宪法。11月29日，菲律宾通过了宪法。1899年1月23日，菲律宾共和国宣告成立，阿奎纳多任总统，马比尼任内阁主席。菲律宾共和国的成立，标志着西班牙在菲300年的殖民统治的结束。菲律宾独立战争中的反西班牙战争，以菲人民的胜利而告终。在美西战争战败后签订的巴黎和约中，西班牙殖民政府同意把菲律宾转让给美国，菲律宾革命者的斗争矛头开始转向反抗美国。

6月12日的菲律宾独立宣言并没有得到美国或西班牙的承认，而西班牙政府在1898年12月10日签署的《巴黎条约》中把菲律宾割让给了美国。

美国在菲律宾的军事策略从常规的对抗西班牙改为对起义的镇压。战略随对关键领域的控制和对平民游击队伍的隔离而改变。集中营或“保护区”的使用，而非美军全面投入战争，理论上防止了平民生命的不必要损失。然而，由于恶劣的卫生条件，许多的被拘禁者死于痢疾。

美国政府和媒体通过道德演说的使用来支持美国在菲律宾行动的正当性。美国人利他地卷入与西班牙的战争，去把古巴人、波多黎各人和菲律宾人从残暴的枷锁中解放出来。如果他们在菲律宾逗留了太长时间，那是为了保护菲律宾不受等待美国撤军的欧洲大鳄的侵扰，和指导他们学习美国式的民主。

菲律宾的武装力量估计在80,000到100,000人之间，以及成千上万的附属人员。武器和弹药的缺乏对菲律宾人来说是一个重大的阻碍。菲律宾第一共和国追求的目标，或者说终极状态，是一个具有主权的、独立的、社会稳定的，由知识分子寡头政治领导的菲律宾。当地的首领、地主和商人是控制当地政治的。当知识分子、principals和农民联合对抗并吞时战争最猛烈。为游击队提供人力的农民，与他们村庄的有不同的利益。与种族和地理的分裂相结合，联合是一项使人畏缩的任务。阿奎纳多和他的将军们的挑战是维持统一的菲律宾公众的反对派；这是革命者们战略上的重心。

菲律宾运作的重心是在战场维持100,000非正规军的能力。菲律宾的Francisco Markopoulos将军把菲律宾的战争目标描述为“并非击败美国军队，而是造成他们持续的损失。”他们寻求首先使用传统战术和增加美国的人员伤亡来促使麦金莱在1900年总统选举中的失败。他们的希望是公开承认自己是反帝国主义者的威廉·詹宁斯·布莱恩作为总统将会从菲律宾撤军。他们以更好适应拖延斗争的游击战术来追求这个短期目标。尽管这一目标在短期内鼓舞了革命者，麦金莱的胜利使他们士气低落并且使许多决心不稳的菲律宾人确信美国将不会很快离开。

1899年2月4日，美军经过充分准备后突然向马尼拉市郊的菲军发动进攻。2月5日，菲律宾共和国向美国宣战，菲人民抗美战争（菲美战争）正式爆发。菲军民英勇抵抗，用正规战和游击战等多种方式打击敌人。三年内歼灭美军近万人。1901年3月，在美军的镇压下，菲南部各岛先后被美军占领。1901年3月21日，在菲律宾最后的首都帕拉南失陷后，阿奎纳多被俘投降，并使许多游击区的司令斗志瓦解而缴械。菲律宾第一共和国失败，作为有组织的统一领导抗美战争告一段落。

战斗集中在马尼拉周围地区，2月4日，美军突袭马尼拉郊区的菲军。菲军奋起反抗，打死打伤美军250多人，菲军伤亡达3000多人。在美陆海军优势火力下，菲军撤离马尼拉郊区。美军歼灭菲军主力的计划失败后，就转而进攻共和国首都马洛洛。菲律宾动员16至60岁居民入伍，以正规军抵抗。菲军采取避战策略，主动撤退以避敌锋芒，伺机侵袭敌之侧背。美军以优势兵力攻下了怡罗恰罗、宿务、尼格罗、棉兰姥、苏禄等岛屿。菲军灵活机动，顽强抗击，在蒙廷卢帕一拉斯皮尼亚斯之战中，击溃了美军劳顿师，美军失踪达898人。一个师被击溃，这在美陆军对外战争史上是罕见的。在菲正规军的打击下，美军损失惨重。之后，美军改变策略，收买菲律宾地主资产阶级上层，在菲政府内部制造分裂，逼迫主战派马比尼下台，还刺杀了阿奎那多的弟弟，名将卢纳。从10月起，美军两个师加一个旅发动三路进攻。占领了北吕松各沿海城市，切断了费军的补给线，打垮了菲军主力。

在优势美军进犯面前，菲律宾人民斗志不减。11月22日，共和国政府宣布转入游击战。全国分为若干游击区。菲军民采取灵活机动的战术打击美军。菲律宾战士白天是老百姓，晚上拿起武器袭击敌人，美军疲于奔命。据麦克阿瑟报告：美军从1900年5月5日至1901年6月30日，与游击队交战1026次。美军司令奥蒂斯因镇压不力被撤职，麦克阿瑟继任。美军采取了血腥屠杀的残酷政策，公然在萨马岛屠杀10岁以上的所有居民。美军在“扫荡”中，烧杀抢掠，无恶不作。他们焚烧村庄枪杀战俘，把老百姓赶入“集中营”。美军还采取“和平攻势”，以“招降”等方式来瓦解菲律宾人民的反抗。美国派“菲律宾委员会”代表团来菲发动和平攻势。麦克阿瑟也释放了许多被俘的菲官员，还挟持亲美分子成立政府和党派。但这些都受到菲律宾人民的抵制。“和平攻势”并无取得显著的效果。在美军的野蛮镇压下，菲律宾南部各岛先后被美国占领。1901年3月23日，阿奎那多被俘投降，使得很多游击区的司令斗志消沉而缴械投降。

但即使在菲律宾第一共和国瓦解后，菲律宾人民仍然在继续英勇斗争。使得美国在美菲战争结束后的十几年的时间里，派重兵驻扎菲律宾，镇压菲人民的反抗运动。

1902年7月4日，美国驻菲总督阿瑟·麦克阿瑟宣布：美菲战争结束了。但是，菲律宾人民斗争仍未止息。1903年至1908年菲律宾共爆发50多次大的武装起义，出现近390个反美组织。

美国直到1906年才正式宣布菲律宾战争全部结束。菲律宾变成了美国的殖民地。美国为这场战争付出了惨重代价，至1901年6月30日止，共派往菲律宾军官3477人，士兵10.88万人，打了2811仗，死4243人，伤2818人，耗资10亿美元。菲律宾人民为独立和自由也付出了巨大代价，计战死1.6万人，因伤病致死及被屠杀20万人以上。菲律宾独立战争最终失败的原因主要是双方力量对比过于悬殊，但菲律宾人民不畏强暴争取独立的英雄业绩永为世人传颂。

此后，卡蒂普南组织的成员继续与美军战斗。Macario Sakay将军也在其中，他是一位资深的卡蒂普南成员并曾经担任塔拉加共和国的总统。塔加拉共和国是在总统阿奎纳多被捕后，于1902年宣告成立的。其他的团体，包括摩洛人和Pulahan信徒，始终保持敌对状态直到他们在1913年6月15日于巴格萨克山战役中失败。

对这场战争的反对启发马克·吐温在1898年6月15日建立了“反帝国主义联盟”。这场战争和美国的占领改变了菲律宾的文化景观，大约有34,000－1,000,000人员伤亡，作为国教的天主教会脱离了政府体制（国家政教分离），同时引进英语作为政府和一些企业的主要语言。1916年，美国给予菲律宾自主权并承诺最终成立自治政府，该承诺最终于1934年兑现。1946年，在第二次世界大战之后，美国承认菲律宾独立并通过了《马尼拉条约》。