“六朝”时期的覆舟山，东际青溪，北临后湖，西近台城，周回不过三里，高不过百米，是一座普通的小山。山虽不高大，但地理位置很重要。战乱年代，它是宫城的屏障，与东面的龙尾坡、蒋陵同为军事要隘。它的得失，关系着宫城的安危。东晋时，在这一带曾发生两次规模较大的战役。晋成帝咸和三年（328年），历阳内史苏峻以讨中书令庾亮为名，攻入都城，史称苏峻之乱。苏峻率二万人渡江，冲开牛渚（今采石矶）的防线，绕到都城东北，进据蒋陵和覆舟山，打败了守将卞壶的部队。突破青溪大栅，居高临下，因风纵火，台城及诸营寺署一时荡尽。苏峻因攻占覆舟山而夺得胜利，控制了东晋朝廷。

晋安帝元兴二年（403年），荆州刺史桓玄篡晋，国号楚，史称“伪楚之乱”。三年春，彭城内史刘裕等讨桓玄，率二州之众1700人，由京口（今镇江市）西进至覆舟山东。桓玄守将卞范之等二万余人，在覆舟山西面，严阵以待。刘裕先采取虚张声势的办法，派士卒登山张旗，给卞军造成错觉，然后，“破釜沉舟”，决一死战。进攻前，命将士饱餐一顿，丢掉余粮，轻装待发，攻击开始，又身先士卒，因此，将士无不以一当百。攻上山时，正值东北风急，因风纵火，顿时，烟炎熛天，鼓噪之声震动京邑，打得卞范之的部队大溃。桓玄被迫从长江水路逃走。

六朝的宫城（台城）离覆舟山很近，覆舟山周围的土地属于上层贵族活动的范围。覆舟山的南面原来有一个西池，是东吴太子孙登的园林，也称太子湖。晋明帝为太子时重修西池，在里面训养武士。东晋的北郊坛（地坛）也在覆舟山之南。西面是东晋的芍药园，每年栽种芍药川供宫廷用药。

刘宋代晋以后，把覆舟山下的北郊坛移到宫城之北，辟为乐游苑，把西池也圈在里面，改名乐游池（其范围当在小营以北）。宋文帝刘义隆又以覆舟山以西之地为北苑，兴建楼观，经常召集群臣宴游赋诗，盛极一时。宋孝武帝刘骏时，在乐游苑内兴建正阳、林光两殿，还在山阴处凿藏冰井，每年冬天采冰储存，供宫廷夏天使用。这些建筑到梁武帝晚年，因侯景叛乱，兵困台城，遭受严重破坏。陈霸先建国以后，又重加修建。陈宣帝大建七年夏，因“甘露”频降，在覆舟山上兴建一座甘露亭，采集“甘露”，以宴群臣。南朝有名的文人如鲍照、颜延之、谢灵运、范哗、沈约等都在覆舟山、乐游苑活动过，留下不少绮丽的诗篇。

覆舟山下还建过佛寺。青园寺为东晋末年兴建，刘宋时改名龙光寺。高僧竺道生在这个寺居住过，后因其译著的佛经，对某些教义的领悟，与众僧不同，被视为异端邪说，受到攻击，愤而离开。法轮寺为刘宋时兴建。齐东昏侯永元二年，西平将军崔慧景反，攻入乐游苑，屯兵法轮寺。崔慧景虽是武将，也尚清谈，部下发生争执，他不去解决，却坐在寺内与客人大谈佛理，结果，部下叛离，兵败被杀。

覆舟山下也有墓地，据《建康实录》记载，晋永嘉六年，征南将军、荆州刺史山简死后，归葬于覆舟山之阳。一个小小的覆舟山周围有这么多的园林和建筑物，其盛况可想而知。可惜隋杨广灭陈时，这个六朝形胜之地，竟遭到摧毁性的破坏，只剩下一些残存的庙宇。

民国年间，在此建玄奘塔。玄奘塔下葬有唐代高僧玄奘的部分顶骨舍利。唐玄奘原葬于西安终南山紫阁寺塔，该塔后毁于战火。刘宋朝天圣五年(1027年)，建康天禧寺和尚可政去紫阁寺，寻得玄奘顶骨，带回建康玄奘塔

由于玄奘法师为中国佛教的发展做出了重大贡献，唐太宗曾亲自为他所译的佛经作序。他不畏艰险、矢志不渝的精神激励了千万中国人。梁启超称他为“天下一完人”，鲁迅誉之为“民族脊梁”。

1978年，覆舟山辟为公园，山上建筑为一殿一塔，配以凉亭。2003年成立玄奘寺。

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